简介:目的建立基于随机扩增多态性DNA分析(RandomlyamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)的霍乱弧菌简便快速分子分型方法。方法选择16株霍乱弧菌代表性菌株,包括O_1群、O_(139)群和非O_1/非O_(139)群等血清群,通过40条随机引物的RAPD-PCR实验,筛选出理想的随机引物,要求其产生的DNA指纹图谱多态性高,并有足够的分辨力进行分子分型。结果通过一系列RAPD-PCR实验和统计学聚类分析,从40条随机引物中筛选出2条最符合要求的引物。16株霍乱弧菌的分析结果显示,2条引物对于O_1群和O_(139)群产毒株、O_1群非产毒株和非O_1/非O_(139)群均有很好的聚类分辨率。结论本研究筛选获得了2条随机引物并建立了基于RAPD的分子分型方法,该方法简便、省时、省力,适用于地方疾控部门和口岸检疫部门的基层实验室开展霍乱监测和流行病学溯源工作。
简介:目的:建立一种适合以红花cDNA为模板进行相关序列扩增多态性(SRAP)扩增的体系,筛选最佳的SRAP-PCR反应条件。方法:提取红花RNA并反转录成cDNA,以此为模板,使用正交设计表设计PCR反应中的3个重要因素Taq酶、三磷酸脱氧核苷(dNTPs)、引物的反应浓度。随后设计Mg^2+的反应浓度以及模板含量,分别进行单因素试验。结果:本研究建立的红花cDNA-SRAP扩增条件为:25μL反应体系中含模板cDNA20ng,1×PCR缓冲液2.5mmol/L,Mg^2+2.0mmol/L,TaqDNA聚合酶0.04U/μL,dNTPs0.2mmol/L,引物0.2μmol/L。优化后扩增结果稳定性好,条带清晰,多态性好。结论:该体系为红花功能基因的研究奠定了基础。
简介:目的了解A组乙型溶血性链球菌的基因分型状况.方法采用随机扩增多态性DNA技术(RandomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD),对1988~1994年度,从广东城市和农村,1993~1994年度,从湖北、吉林9~11岁学龄儿童分离的179株GAS进行RAPD分析.结果①同一T型的菌株有特征性条带,但有些亚型带型间差异较大;②不同T型间可有相同的带型;③分型率比T分型高,达到96.6%;④有主导RAPD型菌株流行的情况存在.结论RAPD方法对GAS分型及流行病学中有一定的应用价值,可以区别同一血清型不同地区来源的GAS.
简介:本研究利用MISA工具筛选灯盏花基因组测序获得的462622条scaffolds,对其SSR位点信息进行分析,Primer3设计SSR引物,随机选取200对引物对60株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明:从灯盏花基因组中搜索到的231852个SSR位点中,二核苷酸基序是主要的重复类型,占总SSR的47.14%;AT/AT是最多的二核苷酸重复基元,占二核苷酸重复基元的74.60%,AAT/ATT是出现最多的三核苷酸重复基元,占三核苷酸重复基元的15%。PCR扩增发现,200对引物中有30对(15%)表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记,利于开展灯盏花的遗传育种研究。
简介:摘要目的建立一种简便方法,用于乙型肝炎病毒基因(HBVDNA)多态性分析。方法将标记生物素的dUTP在双重聚合酶链反应(PCR)时掺入DNA样品目的断片,并将目的断片杂交于含HBV核苷酸序列(1896、1814、1762、1764、P区552)的野生型及突变型探针的DNA芯片上,用亲和素-碱性磷酸酶进行显色,并转印于尼龙膜上,再用光学扫描仪读取结果。结果42例乙型肝炎患者HBV核苷酸序列1896、1814、1762、1764、P区552位点突变率分别为40%、31%、50%、50%、10%;该法检测敏感度为5.6×102病毒拷贝数/毫升;特异性高;强、弱阳性批内变异系数(CV)分别为15.1%和19.8%。结论生物素-亲和素系统用于HBVDNA多态性芯片显色,该法简便,不需特殊设备,易于推广应用。
简介:利用SSR标记分析陆地棉野生种系的遗传多样性,对材料间相似系数的变异系数进行显著性测验和矩阵相关性测验,探讨引物和多态性位点数对研究结果准确性的影响。90对多态性引物在42份供试材料间共检测出530个等位位点,其中多态性位点440个,占83.01%。多态信息含量范围为0.046~0.888,平均为0.649;Shannon多样性指数在0.113~2.289之间变动,平均为1.248。显著性测验显示,当引物按PIC值降序排列时,利用25对引物或者150个多态性位点即可获得较准确的结果;升序排列时,至少需要50对引物或200个多态性位点才能获得较准确的结果。矩阵相关性测验显示,降序时20对、升序时50对引物或者达到150个多态性位点聚类即可达到90对引物时的精度。此外,在引物量较少时,扩增位点数较多的引物所提供的信息量更大,随着引物量的增加,这种差距趋于不明显;等位位点总数较少时,引物数量更重要,随着位点数的增加,引物信息含量的重要性已高于引物数起主导作用。综上,若要客观反映出42份陆地棉野生种系的遗传关系,有必要选用多态性引物30对,扩增多态性位点150个以上,增加引物到50对以上为佳。
简介:摘要目的调查海南黎族21个非DNA联合索引系统(combined DNA index system, CODIS)基因座的遗传多态性,探讨其在法医亲子鉴定、个体识别及群体遗传学研究中的意义。方法采用荧光标记复合扩增和毛细管电泳技术,对339名海南黎族无关个体的21个非CODIS基因座进行基因分型,并计算遗传学参数。结果21个非CODIS基因座在339例海南黎族无关个体中共检出173个等位基因,489种基因型,基因频率在0.0010~0.5434之间,基因型频率在0.0020~0.3274之间,杂合度分布在0.639~0.833之间,个人识别能力为0.803~0.948,三联体非父排除率为0.416~0.584,二联体非父排除率为0.140~0.238,多态信息含量为0.57~0.81,累积个人识别能力大于0.999 999 999 999 99,三联体累积非父排除率为0.999 999 883 211 752,二联体累积非父排除率为0.987 266。结论D6S474的21个短串联重复序列基因座在海南黎族群体中具有良好的遗传多态性,在个体识别及亲子鉴定中是一个高效的检测系统,可作为补充基因座用于单亲、疑难、亲缘鉴定和突变亲子鉴定案件中。
简介:摘要目的探讨Investigator®DIPplex系统中30个插入/缺失(insertion/deletion,InDel)位点在福建畲族群体的遗传多态性及其在福建畲族群体的遗传学应用。方法应用Investigator®DIPplex系统对200名福建地区畲族健康无关个体进行30个InDel位点的等位基因分型,计算等位基因频率、群体遗传学参数,并与国内外其他群体进行比较。结果经Bonferroni校正,30个InDel位点在福建畲族群体中均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。各位点杂合度为0.45~0.82,多态信息含量为0.2~0.37,个体识别力为0.385~0.645。30个InDel位点的累积个体识别率为0.999 999 999 996 8,三联体累积非父排除率为0.986 245 8,二联体累积非父排除率为0.954 322 5。福建畲族群体InDel位点的等位基因频率与华东汉族、西藏藏族、维吾尔族、哈萨克族等4个国内群体相比,分别在3个、8个、6个、6个位点上差异具有统计学意义;与波兰、美国、德国、非洲等4个国外群体相比,分别在19个、13个、13个、11个位点上差异具有统计学意义。结论Investigator®DIPplex系统中的30个InDel位点在福建畲族群体分布具有较好的遗传多态性,可独立应用于福建畲族个体识别的遗传学研究。
简介:摘要目的探讨交叉引物等温扩增技术在恶性疟疾快速检测中的应用效果,为交叉引物等温扩增技术在恶性疟疾快速检测中的应用提供理论依据。方法选取2014年5月-2016年7月在医院接受治疗的60例恶性疟疾患者作为此次研究对象,提取血液样品120份,每例2份,分为观察组和对照组,观察组采用交叉引物等温扩增技术进行检测,对照组采用胶体金技术检测,分析比较两组恶性疟疾原虫灵敏度和特异性检测情况,分析比较两组恶性疟疾原虫密度检测情况。结果观察组的灵敏度为71.7%,对照组为63.3%,观察组明显高于对照组,两组之间差异显著,具有统计学意义(P<0.05);两组的特异性检测都为100.00%,无差异,不具有统计学意义(P>0.05);恶性疟疾原虫密度区间为10-100、101-1000、1001-10000和10001-100000等,观察组检测情况明显高于对照组,两组之间差异显著,具有统计学意义(P<0.05)。结论交叉引物等温扩增技术在恶性疟疾快速检测中的应用效果显著,能很好的检测出恶性疟疾的灵敏度和特异性,筛选出感染恶性疟疾的患者,适应于恶性疟疾的快速检测。