简介:摘要目的探讨宏基因组测序在儿童细菌性脑膜炎(BM)病原学诊断中的应用价值,改善儿童BM的诊疗效果。方法收集2018年2月1日至2020年1月31日江西省儿童医院所有BM病例,同时采集其血和脑脊液等生物样本进行传统病原学检测和宏基因组测序,以传统病原学检测结果为金标准,明确宏基因组测序在儿童BM诊断的特异性和敏感性。结果入组45例,其中男31例,女14例;年龄(74.74±58.67)个月。宏基因组测序明确病原学共26例,阳性率为57.78%。其中肺炎链球菌8例,大肠埃希菌、脑膜炎奈瑟菌、葡萄球菌、沙门菌、复合分枝杆菌各2例,中间链球菌、化脓性链球菌、巴黎链球菌、液链球菌、流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、曲霉菌各1例。传统的病原学阳性率为17.78%,宏基因组二代测序技术(mNGS)阳性率为57.78%,P=0.014,Kappa值为0.273。二者比较发现,mNGS技术在儿童BM诊断中灵敏度为100.00%,特异度为51.35%,阳性预测值为30.76%,阴性预测值为100.00%,Youden指数为51.36%,误诊率为48.64%,漏诊率为0。结论宏基因组学检查具有极高的敏感性,可提高儿童急性BM的病原学诊断率,尤其在临床高度怀疑感染,而传统病原学无法明确病原时应尽早选择。
简介:摘要目的明确1例临床诊断为结节性硬化症(tuberous sclerosis complex,TSC)患者的致病基因,为临床诊断及遗传咨询提供依据。方法应用高通量测序分析先证者TSC1与TSC2的外显子区域,确定候选致病位点,应用Sanger测序对患者及家系成员的候选位点进行验证,依据美国医学遗传学与基因组学学会(American College of Medical Genetics and Genomics, ACMG)指南,对位点致病性进行判定。结果先证者的TSC2 (NM_000548.5)存在c.52delC(p.Leu18CysfsTer28)杂合变异,为移码变异,该位点在公共数据库均未见频率报道;Mutation Taster软件预测该变异为有害变异;先证者父母均未发现该变异,依据ACMG指南,该变异为疑似致病性变异(PVS1 +PM2)。结论TSC2基因c.52delC变异为为该患者致病的原因,本研究结果丰富了TSC患者TSC2的变异谱,为该家系产前诊断和遗传咨询提供理论依据。
简介:摘要目的探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义(P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制(P<0.05)。结论肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。
简介:摘要目的对1例超声心动图表现为B型主动脉夹层及胸主动脉瘤的患者及其家系进行基因检测,明确其可能的致病变异基因。方法对先证者进行全外显子测序,重点分析遗传性主动脉疾病相关致病基因,依据ACMG指南,判定变异的致病性。并应用Sanger测序对患者及家系成员的候选位点进行检测。结果二代测序结果经生物信息学分析,在患者的基因组中检测到原纤维蛋白-1(Fibrillin-1, FBN1)(NM_000138.3)基因存在c.A8378G(p.Y2793C)杂合变异,该位点在公共数据库均未见频率报道;SIFT、PolyPhen2和Mutation taster软件分析预测该变异为有害变异;在该家系内,该变异位点与临床表型共分离,依据ACMG指南,该变异为可能致病性变异(PM2+PP1+PP3+PP4+PP5)。结论FBN1 (NM_000138.3)基因c.A8378G变异是该患者致病的原因,本研究结果丰富了家族性主动脉瘤/夹层患者FBN1基因的变异谱,为临床诊断和遗传咨询提供理论依据。