简介:作为植物特有的转录因子家族,TCP基因处于植物多种信号传导途径的中心节点位置。对蒺藜苜蓿全基因组进行检索,共获得21个TCP基因序列。蒺藜苜蓿TCP成员间在蛋白质大小、等电点等方面具有明显的差异。对蒺藜苜蓿TCP基因进行基因结构、染色体定位和系统进化分析,发现蒺藜苜蓿TCP基因结构较为简单,一般不含有内含子,仅一个外显子。21个基因中仅有5个基因有内含子。系统进化关系上其中4个基因亲缘关系非常近。这4个基因位于1号、4号、7号染色体上TCP基因聚集存在的位置。蒺藜苜蓿TCP基因在各个器官间特异性的表达。TCP基因参与蒺藜苜蓿根瘤发育的过程,也响应外界盐胁迫和病菌侵染刺激。本研究发现的蒺藜苜蓿TCP基因家族信息,可为蒺藜苜蓿乃至豆科植物育种提供有价值的信息。
简介:水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率(Ks)比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。
简介:本研究以建立的虹鳟(Oncorhynchusmykiss)全雌全同胞家系为研究对象,受精卵在12℃避光孵化至上浮,上浮后设置了四个温度处理组进行饲育,分别为12℃、15℃、18℃、20℃和水温4~7℃之间(平均水温约为6℃)常规涌泉水流水养殖对照组。30d后,所有处理组均转入与对照组相同条件的流水养殖。生长性能数据采集于上浮后的30d、60d、90d、120d,测量各实验组以及对照组稚鱼体重、体长等生长性状,对测量数量进行单因素方差分析(OneWayANOVA),并采用Tukey-KramerHSD检验(P〈0.05)进行各实验组均值间的多重比较。方差分析结果表明30日龄,体重性状单因素方差均值18℃组的最高,依次为15℃、20℃、12℃,对照组最低。体长性状15℃组的最高,依次为12℃、18℃、20℃,对照组最低。多重比较结果显示,对于体重性状,18℃、15℃组,处于最高水平;对于体长性状,15℃组处于最高水平。在60d时,12℃、15℃、18℃、20℃四个处理组的体重性状均仍然显著高于对照组(P〈0.001),此时15℃组的单因素方差均值仍处于最高,90d和120d时仍保持这种状态。上述结果显示,15℃可能是虹鳟全雌家系初浮稚鱼的最适生长温度,只需在稚鱼上浮后给予30d15℃的水温调控,虹鳟全雌家系即可在之后持续的3个月中保持显著的生长优势。
简介:为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G+C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。