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  • 简介:目的:对北京地区成人呼吸道感染患者中人冠状病毒(HCoV)HKUl的感染状况进行初步分析,了解其流行分布、临床特点,并确定流行株的基因型别。方法:2011年1月~2012年1月从北京地区成人呼吸道感染患者中收集鼻咽拭子标本559份,利用靶向棘突蛋白S与核心蛋白N的2种巢式PCR方法进行HCoV—HKUl筛查,并对阳性片段进行序列测定,以确定其基因型别;同时,对阳性标本进行常见呼吸道病毒的共感染筛查,进而分析HCoV—HKUl感染的临床表现和流行病学特点。结果:559份鼻咽拭子标本中检出HCoV—HKUl阳性9例(1.61%),其中3例合并HCoV-0C43感染;感染患者临床表现为急性呼吸道症状,以发热(88.9%)、咽痛(66.7%)、寒颤(68%)、流涕(55.6%)和咳嗽(44_4%)为主,其中1例有系统性红斑狼疮史;阳性基因片段系统进化分析发现这9例感染均为HCoV—I-IKUlB型。结论:北京地区近年成人呼吸道感染患者中HCoV—HKUl感染率较低(1.61%)。其流行株基因型为B型。

  • 标签: 人冠状病毒 HCoV—HKU1 呼吸道感染 成人 基因型
  • 简介:水稻白叶枯病是世界性水稻病害,严重威胁水稻的高产和稳产。为了挖掘水稻抗白叶枯病新基因,本研究对一个野生稻基因导入系W6023进行了白叶枯病多菌系接种鉴定及抗谱分析,发现W6023具有广谱抗病性。用强致病菌PXO99诱导W6023及其感病轮回亲本IR24后进行转录组测序,分别获得105644962和91022599条序列,通过GO注释及KEGG富集分析,发现差异表达基因主要富集在次生代谢产物的生物合成、植物激素信号转导及糖代谢途径等方面。在这些差异表达基因中,发现203个基因的表达有显著差异,其中在W6023中上调表达的基因有114个(56.2%),下调表达的有89个(43.8%),而且35.9%分布在第11染色体上。生物信息学分析发现在203个差异表达基因中有16个属于类抗病基因,如NBS-LRR等;14个直接或间接与水稻体内过氧化物的代谢相关,如编码过氧化物酶和金属硫蛋白等;6个编码抗病相关转录因子,如WRKY和NAC等;18个为信号传导相关基因,编码钙调素结合蛋白和萜类合成酶等。随机选择6个W6023中上调表达和3个IR24中上调表达的基因进行RT-PCR及qRT-PCR分析,结果与转录组测序结果一致,表明本研究获得的转录组测序数据结果是可靠的,为以后更深入挖掘W6023的抗病基因及分子机理研究提供了基础。

  • 标签: 水稻 抗病基因 白叶枯病 转录组测序 差异表达基因
  • 简介:目的:人肌球蛋白7A(MYO7A)基因是遗传性耳聋分子筛查的候选基因之一。从已知的MYO7A非同义单核苷酸多态性(nsSNPs)位点数据库中筛选可能与致病表型相关的nsSNPs位点,以提高MYO7A基因耳聋分子诊断的有效性和准确率。方法:首先,从NCBI数据中心的dbSNP数据库(dbSNP)和DeafnessVariationDatabase数据库获得MYO7A基因的SNPs数据和基因的相关信息;然后,通过SIFT、PolyPhen-2、PANTHER、PhD-SNP、MutationTaster、SNP&GO和MutPred软件进行nsSNPs表型致病性分析,预测潜在致病位点;接着,应用ClustalX2和GeneDoc软件进行同源氨基酸序列比对,分析潜在致病的nsSNPs位点保守性;最后,应用SwissModel平台选择性地对某些突变蛋白质的三维结构进行建模,并分析结构域的变化。结果:预测出MYO7A的104个高风险致病的nsSNPs位点,包括25个已报道的耳聋相关nsSNPs位点;高风险致病的nsSNPs位点中,有42个位于肌球蛋白马达(myosinmotor)结构域,其中12个预测有致病风险的nsSNPs位点与MYO7A基因致聋的突变研究报道一致。肌球蛋白马达结构域中包含30个新预测的潜在致病性nsSNPs位点,其中仅L366P位点在7个预测软件中具有高度一致性。通过对L366P位点位点突变前后的三维模型构建,发现存在蛋白结构的改变,且同源性比对结果显示了该位点的高度保守性。结论:MYO7A的L366P为潜在高风险致病性nsSNP位点,推测该基因突变可能与耳聋表型相关。本研究所采用的分析筛选方法对MYO7A基因突变的临床筛查及其他致病基因的nsSNPs筛选具有重要的参考价值。

  • 标签: 人肌球蛋白7A 非同义单核苷酸多态性 遗传性耳聋 基因型 表型
  • 简介:目的:探讨中国汉族人群甘露糖结合凝集素相关的丝氨酸蛋白酶(MASP2)基因单核苷酸多态性(SNP)的连锁不平衡和单体型,为相关研究提供更为详实的数据。方法:选取30例广州汉族无关个体,用重新测序的方法进行MASP2基因SNP的发掘,构建连锁不平衡(LD)模式,与HapMap公布的其他4个人群数据相比,并选择4个标签SNP(tagSNP)在232例北京汉族个体和291例广州汉族个体中分析MASP2的多态性和单体型。结果和结论:对MASP2的重测序共检测出16个SNP,LD分析显示来自中国不同地区人群的LD模式基本相同,与来自美国和日本的人群存在差异;北京和广州地区汉族人群tagSNP的等位基因和基因型频率分布不存在显著差异。

  • 标签: 甘露糖结合凝集素相关的丝氨酸蛋白酶 单核苷酸多态性 连锁不平衡 单体型
  • 简介:采用SSR技术对黄淮麦区以1B/1R类品种为抗源育成的38个小麦品种进行聚类分析。39个SSR引物共扩增出186条谱带,其中143务为多态性条带,占76.9%。每个引物可扩增出1~9条多态性条带,平均3.7条。位点多态性信息含量PIC变幅为0.320-0.857,平均为0.634。聚类分析表明,在遗传距离GD值0.32水平上38个小麦品种可聚成六大类。品种间遗传距离GD变幅为0.10769~0.48571。SSR标记揭示出这38个具有黑麦血缘的小麦品种遗传变异较小,遗传基础比较狭窄。

  • 标签: 小麦 SSR 遗传多样性 聚类分析
  • 简介:在对长尖叶蔷薇和大花香水月季转录组测序的基础上,利用生物信息学方法,从其转录组数据中共获得23条MLOunigenes并对其进行了分析。结果显示它们之间的氨基酸数量、碱基数、分子量差异较小,多数为疏水性蛋白,平均亲水系数为-0.157-0.190,富含亮氨酸和丝氨酸。亚细胞定位主要分布于质膜中,包含5-9个跨膜结构;二级结构主要由α-螺旋组成。其中,等电点小于7的仅有1条,2条蛋白具有信号肽。这23条MLO蛋白具有15个长度在15-50个氨基酸间的保守基序。它们的系统进化关系分析结果揭示了MLO基因在长尖叶蔷薇与大花香水月季间具有较高的同源性和保守性。将这23条unigenes与来自于月季和拟南芥的MLO基因进行聚类分析,确定了6条可能参与抗白粉病的候选基因,对这6条候选基因进一步分析发现仅有2条unigenes符合MLO型白粉病基因的典型结构特征。最后,通过qRT-PCR试验验证,结果表明:这2条候选基因的相对表达量,在受到白粉病菌侵染后呈积极上调趋势。上述研究结果表明这2条候选基因很可能参与了寄主—白粉病菌的互作过程。

  • 标签: 长尖叶蔷薇 大花香水月季 MLO基因 抗白粉病 生物信息学 QRT-PCR
  • 简介:目的观察国产两性霉素B抢先治疗血液病患者侵袭性肺部真菌感染(以下简称IFI)的疗效与不良反应。方法回顾性分析我院2004年12月~2008年12月间,45例免疫功能低下IFI患者接受国产两性霉素B治疗的临床资料。结果45例患者均应用两性霉素B治疗两周以上,最长应用时间为14周,中位数6周。总有效率为86.7%,不良反应主要有低钾血症、发热、转氨酶升高、肾功损害、胃肠道反应,根据WHO药物毒性分级标准均为I~II级毒性。结论国产两性霉素B对于血液病患者IFI临床诊断的抢先治疗疗效肯定,不良反应可耐受。

  • 标签: 两性霉素B 血液病 侵袭性真菌感染 抢先治疗
  • 简介:为创制结球甘蓝-大白菜异附加系、异代换系、易位系,利用二倍体大白菜(AA,2n=20)为母本与四倍体结球甘蓝(CCCC,2n=36)杂交,通过胚挽救获得了异源三倍体杂交种(ACC,2n=28);利用SSR对杂交种进行鉴定,6株F1均能扩增出父本的特征带,表明这6株是真杂交种。异源三倍体基因组原位杂交结果表明,未加封阻时,大白菜与结球甘蓝染色体均有较强的杂交信号;当加入适当比例的封阻时,来自大白菜和结球甘蓝染色体上的杂交信号强弱有明显差别;封阻过度时,大白菜与结球甘蓝染色体的杂交信号都十分微弱。说明大白菜与结球甘蓝基因组具有较高的同源性。

  • 标签: 大白菜 结球甘蓝 异源三倍体杂交种 SSR 基因组原位杂交
  • 简介:目的探讨国产两性霉素B单药或联合其他抗真菌药物治疗恶性血液病合并侵袭性真菌病(IFD)患者的有效性、安全性。方法回顾性分析2013年4月~2016年4月我科收治的54例恶性血液病首次合并IFD患者采用国产两性霉素B及联合其他抗真菌药物的临床资料。结果54例患者经治疗后总有效率为88.9%。两性霉素B组、两性霉素B联合伏立康唑组、两性霉素B联合卡泊芬净组有效率分别为76.2%(16/21例)、96.4%(27/28例)、100%(5/5例)。本组患者以中性粒细胞的恢复、吸烟史为主要易感因素(P<0.05)。肺部CT多可见斑片状磨玻璃影63.0%(34/54例)、实变11.1%(6/54例)、结节14.8%(8/54例)。本研究主要不良反应为低钾血症、肝脏损害。结论国产两性霉素B对于恶性血液病合并IFD患者仍为经济、安全、有效的抗真菌经典药物,单药治疗效果不佳时联合其他抗真菌药物可增强疗效,虽不良反应发生率有所增加,但予治疗则可以控制,从而达到更积极的抗真菌治疗、提高治疗有效率、降低病死率的目的。

  • 标签: 两性霉素B 恶性血液病 侵袭性真菌病
  • 简介:穗粒数是决定小麦产量的三因素之一,因此通过远缘杂交创造多粒新种质,对于拓宽小麦育种的遗传基础和促进育种水平的持续提高具有重要意义。本研究以通过多年多点鉴定证明具有多粒特性(粒数/穗〉80)的31份普通小麦一冰草(Agropyroncristatum,2n=4x=28,PPPP)衍生后代为材料,通过田间接种白粉病生理,J、种E09进行抗病性鉴定、采用SDS—PAGE方法进行高分子量麦谷蛋白亚基(HMW—GS)组成分析以及株高、有效分蘖等农艺性状调查,发现26份材料表现抗白粉病,12份材料具有优质高分子量麦谷蛋白亚基组合,亚基组成为(2*,7+8,5+10)或(1,7+8,5+10)。其中,8份材料的穗粒数大于80粒、株高小于75cm、抗白粉病且具有优质高分子量麦谷蛋白亚基组合,这为未来培育兼具高产、优质、抗白粉病小麦新品种提供了重要的物质基础。此外,对多粒、抗白粉病和优质亚基的可能来源进行了讨论。

  • 标签: 小麦-冰草 创新种质 多粒 抗白粉病 高分子量麦谷蛋白亚基(HMW—GS)
  • 简介:随着环境污染加剧和人们对自身健康关注度的提高,功能性食品在全球范围内蓬勃发展。彩色稻米作为稻米家族中的一员,由于富含微量元素、花色苷、生物碱等功能性成分,已成为当前功能性食品研究开发的热点之一。本研究利用粳稻品种龙锦1号/香软米1578杂交组合214个F_5家系,对水稻糙米总花色苷含量、粒色等级和千粒重的变异及其相关性进行了分析。糙米粒色等级变异范围为1~9,平均值为4.98,变异系数为57.87%;糙米总花色苷含量变异范围为0~5459.34mg/kg,平均值为834.47mg/kg,变异系数为191.96%;糙米千粒重变异范围为11.96~26.24g,平均值为17.75g,变异系数为12.89%。糙米总花色苷含量、粒色等级和千粒重在F5家系中不符合正态分布,表现为右偏态,其中糙米总花色苷含量的偏斜程度最大。糙米总花色苷含量和千粒重的峰度系数为正值,表明为尖顶峰;而糙米粒色等级的峰度系数为负值,表明为平顶峰。糙米总花色苷含量与粒色等级呈极显著正相关,相关系数为0.69;糙米总花色苷含量、粒色等级均与千粒重呈极显著负相关,相关系数分别为-0.20和-0.34。与高亲龙锦1号相比,27个家系的糙米总花色苷含量极显著提高,占214个F_5家系的12.62%,为高花色苷水稻种质创新奠定了基础。

  • 标签: 糙米总花色苷含量 糙米粒色等级 糙米千粒重 高花色苷水稻 种质创新
  • 简介:目的:采用巢式PCR对甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链基因进行扩增,对获得的基因进行序列分析,并找出克隆鼠Igκ轻链和重链可变区基因的通用方法。方法:设计22对扩增鼠Igκ轻链可变区和重链可变区基因的引物,对6株鼠抗人甲型H1N1流感病毒血凝素单克隆抗体的轻链和重链可变区基因进行克隆并测序,与NCBI公布的鼠免疫球蛋白序列比对分析。结果:巢式PCR方法可以有效避免单克隆抗体克隆过程的假基因,并且得到的单克隆抗体的氨基酸序列均符合鼠免疫球蛋白可变区特征。结论:建立了克隆鼠免疫球蛋白轻链和重链可变区基因的通用方法,为后期克隆鼠源性单克隆抗体的可变区基因提供了基础,并为研究甲型H1N1流感病毒血凝素与抗体的结合位点提供了实验数据。

  • 标签: 甲型H1N1流感病毒 单克隆抗体 可变区 巢式PCR 序列分析