简介:目的通过生物信息学分析方法筛选滑膜肉瘤组织中关键lncRNA、microRNAs和mRNA,阐述其互相作用机制以及关键信号通路。方法通过GeneExpressionOmnibus(GEO)在线数据库检索并下载人滑膜肉瘤转录组数据,并应用基因本体论分析(GeneOntology,GO)、京都基因和基因组百科全书(KyotoEncyclopediaofGenesandGenomes,KEGG)、竞争性内源RNA(competingendogenousRNAs,ceRNAs)互作网络分析和蛋白互作网络分析(Protein-ProteinInteraction,PPI)对差异表达基因进行深入分析。结果共4个数据集纳入本项研究包括GSE28866,GSE18546,GSE2719和GSE42977,包含21个滑膜肉瘤组织和56个正常对照组织,在这些数据集中共获取了12个差异表达的lncRNA,119个差异表达的miRNA和1637个差异表达的mRNA。构建ceRNA调控网络并展示lncRNA-miRNA-mRNA之间的调控作用,发现6个lncRNA(RP11-123K19.1,RP11-261N11.8,MEG3,FOXD2-AS1,CTD-2228K2.7,LINC00982)和7个miRNA(hsa-miR-142-5p,hsamiR-548c-3p,hsa-miR-1224-5p,hsa-miR-133b,hsa-miR-206,hsa-miR-378-3p,hsa-miR-765)在滑膜肉瘤病变中具有重要作用。KEGG分析示滑膜肉瘤病变与47个信号通路显著相关(P〈0.05),特别是癌症中转录失调的信号通路(P=5.56×10-8)。PPI互作网络分析展示了154种蛋白质,6种转录因子和10个信号通路之间的相互作用。结论通过对在线数据库进行生物信息学分析,滑膜肉瘤的多个关键分子靶点和信号通路被确认,有助于对滑膜肉瘤病变分子发病机制进行深入研究。
简介:目的探讨人脑星形细胞瘤发生发展中相关基因及分类特征基因的表达。方法用含13939种人基因的BioStarH140S芯片,以正常脑及18例胶质瘤组织总RNA制备的探针杂交芯片,ScanArray4000扫描信号,提取脑及不同级别星形细胞瘤的差异基因并行生物信息分析,Hierarchical聚类提取差异基因的特征。结果星形细胞瘤中筛选出438条(3.14%)差异表达基因;信息分析与细胞信号、细胞骨架和运动、癌基因及抑癌基因等多类基因密切相关;与分类相关的特征基因有MAP7、DBCCR1、PCDHA5、KCNAB1、NAPIL2等。表达谱将星形细胞瘤分成两类,与临床组织病理分类基本一致。结论芯片是基因分析和筛选肿瘤标志性基因的有效手段,可客观分析星形细胞瘤发展及预后;分类特征基因为星形细胞瘤侵袭性和预后判断提供依据,有助于临床诊治。
简介:目的人STEAP4基因是一个参与胰岛素敏感性调节的肥胖相关差异表达基因,本研究旨在探讨胰岛素抵抗相关脂源性细胞因子TNFα对人成熟脂肪细胞中STEAP4基因的调节作用。方法体外培养人前体脂肪细胞,在诱导人前体脂肪细胞分化成熟的基础上,应用不同浓度(0、5、10、25、50ng/mL)人重组TNFα干预成熟脂肪细胞24h,采用实时荧光定量RT-PCR技术、Westernblot技术检测干预后人成熟脂肪细胞STEAP4基因在核酸和蛋白表达水平的变化。结果不同浓度TNFα(5、10、25、50ng/mL)干预24h能显著上调人成熟脂肪细胞中STEAP4基因的mRNA表达,与未干预对照组差异有显著性(P〈0.05);50ng/mLTNFα干预时STEAP4基因在人成熟脂肪细胞中的mRNA表达水平最高。与基因表达结果相一致,不同浓度TNFα(5、10、25、50ng/mL)干预24h能显著上调人成熟脂肪细胞中STEAP4蛋白的表达,与未干预对照组差异有显著性(P〈0.05);干预浓度提高到25ng/mL时干预效果最为明显。结论TNFα能显著上调人成熟脂肪细胞中STEAP4基因核酸和蛋白的表达。
简介:胰岛素样生长因子2(insuline-likegrowthfactors2,IGF2)在脊椎动物的生长和发育中具有十分重要的作用.本研究利用分子克隆技术,从泰国斗鱼(Bettasplendens)雄鱼的肝脏组织中克隆鉴定出泰国斗鱼IGF2cDNA开放阅读框序列全长989bp,其中开放阅读框为629bp,共编码209个氨基酸残基.通过多重序列比对分析,泰国斗鱼IGF2的氨基酸序列与其他鱼类的IGF2具有较高的同源性,显示出序列的保守性.此外,利用RT-PCR检测IGF2在泰国斗鱼雌雄个体不同组织中的表达,结果表明IGF2在泰国斗鱼各组织中的表达具有显著的组织表达差异性,同样也存在着性别表达差异性.本研究结果为深入研究泰国斗鱼的igf2基因在生长发育中的调控机理提供研究基础.
简介:背景与目的:研究发现,miR-7对胶质瘤细胞的增殖分化有重要影响,本实验构建mir-7-3基因慢病毒表达载体,为进一步研究mir-7-3基因的功能及其在肿瘤治疗中的应用提供基础。方法:采用PCR技术从含有mir-7-3基因的质粒pENTR-MIRNAVECTOR扩增目的基因mir-7-3,并将基因克隆到慢病毒载体表达质粒Lenti-GFP-RNAiVECTOR[含增强型绿色荧光蛋白(EGFP)基因]中,构建慢病毒载体表达质粒Lenti-GFP-mir-7-3,酶切、测序验证mir-7-3基因后,将Lenti-GFP-mir-7-3质粒和包装质粒pRsv-REV,pMDlg-pRRE,pMD2G共同转染人胚胎肾上皮细胞系293T细胞,获得携带mir-7-3基因和EGFP基因的重组慢病毒FIV-CMV-EGFP-mir-7-3,取浓缩纯化后的病毒上清感染293T细胞,荧光显微镜观察293T细胞的荧光表达。结果:CLenti-GFP-mir-7-3共转染包装细胞293T能产生高浓度的重组慢病毒FIV-CMV-EGFP-mir-7-3,荧光显微镜下能直接观察到EGFP,FIV-CMV-EGFP-mir-7-3中携带有正确的mir-7-3基因,。结论:成功构建了携带mir-7-3基因的重组慢病毒载体;为进一步从分子水平探讨mir-7-3基因治疗胶质瘤奠定了基础。
简介:胶质瘤临床化疗效果不理想,大多对常用化疗药物不敏感,已有用肿瘤细胞系及临床观察研究发现肿瘤甲基化类抗癌药耐药与MGMT表达相关。本研究将体外药敏结果与同一病人肿瘤组织中MGMT表达水平进行相关性分析,以期进一步证实MGMT表达在胶质瘤耐药中的作用。方法:采用MTT法对34例胶质瘤病人新鲜标本,进行了3种脑肿瘤常用化疗药物的体外敏感性测定。并采用RT-PCR方法检测MGMT的表达,随后将肿瘤标本中的MGMT表达与体外药敏试验结果进行相关性分析。结果:RT-PCR结果显示MGMT在获得有效RNA的26个胶质瘤标本中的表达状况为:8例几乎不表达,相对表达值范围是0~2;有8例弱表达,相对表达值范围是2~5;有10例强表达,相对表达值均大于5。三种脑肿瘤常用化疗药物中MeCCNU对大多数胶质瘤不敏感,但DDP和VM-26相对敏感的较多。DDP和MeCCNU的IC50与MGMT基因表达之间呈正相关(r=0.613、P=0.001;r=0.696、P=0.002),VM-26的IC50与MGMT表达无显著相关。结论:临床标本中,多数有MGMTmRNA的表达,其强弱有较大的差异。MeCCNU和DDP的IC50和MGMT的mRNA之间有显著的相关性,支持MGMT基因表达与胶质瘤对烷化剂类耐药相关。因此,检测MGMT的表达也可以为临床胶质瘤病人个体化化疗提供参考。
简介:慢性粒细胞白血病(CML)的免疫治疗是清除白血病微小残留病并最终根治CML的方向之一,包含BCR-ABL融合区的多肽具有良好的免疫原性,在体内、外可诱发BCR-ABL特异的T细胞克隆。以BCR-ABL融合肽瘤苗激发特异性T细胞应答CML免疫治疗有希望成为根治CML残留白血病的有效手段。本实验通过基因工程技术,设计一个280bp的融合抗原基因片段,包含HLA-A2,HLA-A3,HLA-DR11等3
简介:目的评价P53、血管内皮生长因子(VEGF)、上皮钙黏附蛋白(ECD)、α连环蛋白(αCA)及β连环蛋白(βCA)在结直肠癌转移潜能和预后判断中的价值.方法应用免疫组织化学ABC法检测76例结直肠癌组织中P53、VEGF、ECD、αCA及βCA的表达.结果(1)结直肠癌组织中P53表达阳性率为47.4%,伴有肝转移的结直肠癌P53阳性表达率明显高于无肝转移者(P<0.05);VEGF表达阳性率为57.9%,VEGF表达阳性的结直肠癌易发生淋巴结转移和肝转移(P<0.01);ECD、αCA和βCA表达在结直肠癌组织中均明显减弱,且与结直肠癌的分化程度密切相关(P<0.01);ECD表达与结直肠癌转移无明显的相关关系(P>0.05);αCA、βCA表达减弱与结直肠癌淋巴结转移显著相关(P<0.01),但与肝转移发生无相关(P>0.05).(2)P53与VEGF表达显著相关(P<0.05).(3)Cox模型多因素分析表明,P53和VEGF表达阴性的结直肠癌患者预后较好,而αCA和βCA表达减弱者预后较差(P<0.01).结论结合分析P53、VEGF、αCA及βCA的表达有助于对结直肠癌转移方式、转移潜能及预后的判断.
简介:据2012年7月31日GovanJM(AngewChemIntEdEngl,2012Jul31.doi:10.1002/anie.2012.3222.)报道,美国北卡罗来纳州立大学的研究人员利用细胞内自然产生的过氧化氢开发出一种开启基因表达的方法。该方法也可用作一种高度敏感的过氧化氢检测器,从而可能有助于科学家们确定这种分子在细胞健康和疾病中所发挥的作用。在功能正常的细胞中,过氧化氢作为一种信使发挥作用:它携带信号进入细胞以便让细胞对外部刺激或事件作出反应。一旦信息传递完毕。过氧化氢就扩散开来并消失掉。过氧化氢通过氧化或修饰蛋白中的某些氨基酸从而影响蛋白的功能。研究人员研究目的是是否能够利用过氧化氢的氧化能力来控制基因表达.为此他们利用一种让萤火虫发光的基因作为测试对象,设计出一种分子:它对过氧化氢比较敏感,而且能够让活的哺乳动物细胞中的萤火虫荧光素酶基因表达。当过氧化氢存在时.荧光素酶基因表达.从而导致细胞发光。
简介:目的构建6种分别携带GJB2基因错义突变A40G、V37I、L90P、L90V、V84L和W44C的真核表达载体,转染HEK293细胞,建立6种错义突变的稳定表达细胞系。方法以野生型Cx26-EGFP融合蛋白质粒为模板,用Stratagene公司定点突变试剂盒构建错义突变表达载体,直接测序鉴定序列正确性,选取含有突变的载体转染HEK293细胞,G418选择性培养2周,流式细胞仪筛选表达阳性细胞,扩增培养形成稳定表达人Cx26突变的HEK293细胞系。培养细胞用4%多聚甲醛固定,鬼笔环肽和4',6-二脒基-2-苯基吲哚衬染细胞核,荧光显微镜下检测结果。结果6种突变表达载体经过测序,均含有相应突变,无多余突变出现,转染后均可在细胞间形成缝隙连接,呈现绿色荧光。结论成功构建6种携带GJB2基因错义突变的真核表达载体,为进一步研究错义突变致聋原因奠定了实验基础。
简介:摘要目的通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例,WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块;针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路;以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例,行差异表达基因分析;筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验),筛选预后相关基因,Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强(R=0.46,P<0.05),为共表达基因,包含基因1 216个,富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰,RNA相关酶的活性等过程);差异表达基因分析显示,MYCN扩增组相较于非扩增组,基因表达上调47个,表达下调123个;WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因,行生存分析显示同预后相关的基因(P<0.05)有12个,其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱,或为神经母细胞瘤独立预后因素。结论LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因,与较差的预后相关,是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。