简介:Longnon-codingRNAs(lncRNAs)refertoagroupofRNAsthatareusuallymorethan200nucleotidesandarenotinvolvedinproteingeneration.Instead,lncRNAsareinvolvedindifferentregulatoryprocesses,suchasregulationofgeneexpression.DifferentlncRNAsexistthroughoutthegenome.LncRNAsarealsoknownfortheirrolesindifferenthumandiseasessuchascancer.HOTAIRisanlncRNAthatplaysaroleasanoncogenicmoleculeindifferentcancercells,suchasbreast,gastric,colorectal,andcervicalcancercells.Therefore,HOTAIRexpressionlevelisapotentialbiomarkerfordiagnosticandtherapeuticpurposesinseveralcancers.ThisRNAtakespartinepigeneticregulationofgenesandplaysanimportantroleindifferentcellularpathwaysbyinteractingwithPolycombRepressiveComplex2(PRC2).Inthisreview,wedescribethemolecularfunctionandregulationofHOTAIRanditsroleindifferenttypesofcancers.
简介:Inordertostudythefunctionalstructureofthetranscriptionterminatorsandthemechanismoftemination,asurveyofthechromatinstructure,includingthelocationofDNaseIhypersensitivesitesandthenucleosomearrangement,ofyeastADH1andFLPterminatorswasmade.TheresultsshowthatthereisnorelationshipbetweenthefunctionoftheterminatorsandtheexistenceofDNaseIhypersensitivesites.However,itisfoundthatthereisalwaysanucleosmoeattheimmediateupstreamofthetranscriptionalterminationsites.Asacontrol,thechromatinstructuresofthepBR322DNAfragmentsontheyeastshuttervectorsarealsoinvestigatedatthesametime.TherandomnucleosomearrangementonthebacterialDNAinyesastagreeswiththepublishedreports.Anewhypothesis,aboutthemechanismoftranscriptionalterminationisputforwardandthereasonofdifferentnucleosomearrengementontheDNAswhichareoriginallyfromdifferentspeciesinyeastisdiscussed.
简介:目的:通过对TRIzol一步法进行改进,建立一种从富含胶原蛋白、多糖及色素的仿刺参体壁提取总RNA的有效方法。方法:样品在液氮中研磨并用TRIzol匀浆后再进行抽提;对TRIzol一步法提取的总RNA进行DNaseⅠ消化和酚氯仿抽提,用2.5mol/L的醋酸钾沉淀,并加入适量糖原(10mg/mL)与RNA共沉淀。结果:琼脂糖凝胶电泳和紫外分光光度法以及RT-PCR检测结果表明,改进的方法能够有效去除基因组DNA、蛋白、多糖及色素的污染,RNA的产率提高。结论:制备的总RNA纯度高,完整性好,能够满足mRNA差异显示RT-PCR等分子生物学研究的要求,是一种提取仿刺参体壁及其他富含黏多糖、胶原蛋白和色素的动物组织总RNA的有效方法。
简介:摘要目的探讨血清微小RNA-206(miR-206)、微小RNA-590-3p(miR-590-3p)水平与室性心律失常患者预后的关系。方法选取2016年7月至2019年2月于河北燕达医院住院治疗的117例室性心律失常患者(室性心律失常组),同期选取104例健康体健者作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测两组血清中miR-206和miR-590-3p水平;分析室性心律失常患者血压、血脂水平与血清miR-206、miR-590-3p水平的相关性;比较室性心律失常患者不同预后组血清miR-206和miR-590-3p水平;分析室性心律失常患者预后不良的影响因素。结果室性心律失常组与对照组的性别、年龄、体质指数、肌酐、高血压、高脂血症和吸烟比例比较,差异均无统计学意义(均为P>0.05)。室性心律失常组的miR-206、miR-590-3p、收缩压、舒张压、总胆固醇、三酰甘油和低密度脂蛋白胆固醇水平显著高于对照组,而高密度脂蛋白胆固醇水平低于对照组(均为P<0.05)。室性心律失常患者miR-206与miR-590-3p水平呈正相关,且与收缩压、舒张压、总胆固醇、三酰甘油和低密度脂蛋白胆固醇水平呈正相关,与高密度脂蛋白胆固醇水平呈负相关(均为P<0.05)。预后不良组患者的血清miR-206和miR-590-3p水平均显著高于预后良好组(均为P<0.05);miR-206升高(OR=6.98,95%CI:2.96~16.45,P=0.001)、miR-590-3p升高(OR=7.07,95%CI:4.33~11.54,P=0.002)和总胆固醇升高(OR=6.27,95%CI:4.38~8.97,P=0.008)是室性心律失常患者预后不良的危险因素,高密度脂蛋白胆固醇升高(OR=0.42,95%CI:0.21~0.84,P=0.004)是室性心律失常患者预后不良的保护因素。结论室性心律失常患者血清miR-206和miR- 590-3p水平升高与预后不良密切相关,可作为评估预后的参考指标。
简介:摘要脑缺血/再灌注损伤(cerebral ischemia/reperfusion injury, CI/RI)是脑卒中患者血栓再通后常见的临床病理生理现象,其发病机制涉及多个环节,其中线粒体作为"能量站"扮演了关键角色。缺血性脑卒中诱导脑内大量微RNA (microRNAs, miRNAs)和长链非编码RNA (long non-coding RNAs, lncRNAs)的表达改变,提示miRNAs和lncRNAs与缺血性脑卒中复杂的病理过程有关。此外,研究发现相关miRNAs和lncRNAs可通过调节线粒体参与CI/RI的发生、发展过程。文章综述线粒体在CI/RI中的作用,以及miRNAs和lncRNAs调节线粒体参与CI/RI的最新研究进展,旨在从miRNAs和lncRNAs水平探讨线粒体调控CI/RI的机制,为CI/RI的防治提供新的靶点和思路。
简介:摘要目的探讨急性脑梗死(ACI)患者血清微小RNA-1(miR-1)和微小RNA-155(miR-155)的表达与ACI疾病程度及预后的关系。方法选取台州市立医院2018年4月至2019年8月收治的ACI患者173例为研究组,并根据美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分分为轻度组(78例)、中度组(54例)、重度组(41例)三个亚组。同期选取体检健康者180例作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测所有受试者血清miR-1和miR-155表达水平。根据90 d内患者改良Rankin量表(mRS)评分将患者分为预后不良与预后良好组。评估血清miR-1和miR-155表达对ACI预后的预测效能以及ACI不良预后的危险因素。结果研究组高血压史[56.65%(98/173)]、收缩压[(134.02±27.35)mmHg]、舒张压[(88.45±9.52)mmHg]、总胆固醇[(3.78±0.82)mmol/L]、低密度脂蛋白胆固醇[(2.08±0.73)mmol/L]、血清miR-1(2.07±0.37)和miR-155(1.56±0.32)表达水平均显著高于对照组[39.44%(71/180)、(119.37±22.14)mmHg、(81.46±14.13)mmHg、(3.59±0.68)mmol/L、(1.74±0.69)mmol/L、(1.01±0.22)、(1.02±0.24)],高密度脂蛋白胆固醇[(1.24±0.22)mmol/L]显著低于对照组[(1.31±0.26)mmol/L],差异均有统计学意义(χ2=10.462,t=5.542、5.429、2.373、4.498、32.865、17.982、2.725,均P<0.05);随着疾病程度的增加,ACI患者血清miR-1、miR-155表达水平逐渐升高(t=10.212、13.050、3.092、7.027、3.983、4.099,均P<0.05);预后不良组高血压史[64.47%(49/76)]显著高于预后良好组[42.27%(41/97)](χ2=8.419,P<0.05),收缩压[(136.51±12.56)mmHg]、舒张压[(89.53±6.65)mmHg]、NIHSS评分[(7.26±0.58)分]、血清miR-1(1.32±0.15)、miR-155(1.21±0.12)表达水平均显著高于预后良好组[42.27%(41/97)、(132.19±9.32)mmHg、(86.34±5.62)mmHg、(6.44±0.62)分、(1.01±0.07)、(0.99±0.05)](t=2.597、3.418、8.880、10.695、4.633,均P<0.05);受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析结果表明血清miR-1和miR-155表达预测ACI预后的曲线下面积(AUC)分别为0.814(95%CI:0.745~0.884)、0.839(95%CI:0.780~0.897),二者联合对预测ACI预后的AUC为0.944(95%CI:0.912~0.976);logistic回归分析表明入院NIHSS评分、miR-1与miR-155升高是ACI预后不良的危险因素(P<0.05)。结论miR-1和miR-155表达水平与ACI患者疾病严重程度有关,可能是ACI预后不良的预测指标。
简介:摘要目的探索晚期膀胱癌发展过程中与差预后相关的RNA,构建一个长链非编码RNA-微小RNA-mRNA(lncRNA-miRNA-mRNA)网络并加以实验验证,以研究其在晚期膀胱癌发展中的分子调控作用。方法收集肿瘤基因组图谱(TCGA)和NCBI-GEO数据库431例和492例膀胱癌患者组织样本,Ⅲ、Ⅳ期、高级别、高级别≥病理亚分期2期(pT2期)为晚期膀胱癌,Ⅱ、Ⅰ期、低级别为早期膀胱癌;进行差异表达分析、权重基因共表达网络分析、功能富集分析、生存分析、miRNA靶向预测和Pearson相关分析。利用可视化软件构建网络。统计学方法使用t检验、Fisher精确检验、Pearson相关分析、Log-Rank检验比较组间差异,BH法计算错误发现率校正P值,以FDR<0.05、P<0.05为差异统计学意义。随后,收集22例膀胱癌患者组织样本,高级别肌层浸润性≥T2期、高级别或浸润性TaT1期为晚期膀胱癌,低级别非浸润性TaT1为早期膀胱癌;进行实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)、免疫印迹法和免疫组织化学实验。组间比较采用t检验。结果获得相似表达模式的8个长链非编码RNA、28个mRNA和8个微小RNA,并以此构建出核心lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,该网络与晚期膀胱癌的侵袭、进展、转移及差预后相关。晚期膀胱癌组织Ⅵ型胶原α1(COL6A1)、Ⅱ型钙粘附蛋白(CDH11)、金属蛋白酶和血小板反应蛋白模体Ⅰ型(ADAMTS12)、长链非编码RNA-01705(LINC01705)、长链非编码RNA-01929(LINC01929 RNA)相对内参表达倍数值高于早期膀胱癌组织(-1.213比-4.212,t=4.170,P<0.01;-10.75比-14.64,t=4.602,P<0.01;-7.594比-11.93,t=5.152,P<0.01;-10.18比16.55,t=4.493,P<0.01;-11.62比-15.08,t=2.869,P<0.05),差异均有统计学意义。晚期膀胱癌组织COL6A1、CDH11、ADAMTS12蛋白平均吸光度值高于早期膀胱癌组织(0.213 8比0.090 9,t=2.302,P<0.05;0.183 9比0.078 9,t=5.992,P<0.01;0.279 1比0.147 8,t=4.527,P<0.01),差异均有统计学意义。膀胱癌组织人-微小RNA-6875-5p(hsa-miR-6875-5p)、人-微小RNA-6784-5p(hsa-miR-6784-5p)、人-微小RNA-128-2(hsa-miR-128-2) RNA相对内参表达倍数值低于正常组织(-15.78比-12.41,t=4.995,P<0.01;-15.53比-12.68,t=3.226,P<0.05;-13.79比-11.43,t=3.400,P<0.01),差异均有统计学意义。膀胱癌细胞系T24中COL6A1蛋白相对内参灰度比值低于正常膀胱上皮细胞系SV-HUV-1(0.677比1.000,t=7.584,P<0.01),差异有统计学意义;膀胱癌细胞系T24、EJ CDH11蛋白相对内参灰度比值低于正常膀胱上皮细胞系SV-HUV-1(0.656比1.000,t=6.056,P<0.01),差异有统计学意义。结论LncRNA-miRNA-mRNA网络在晚期膀胱癌的发展中起关键作用。
简介:比期望,非编码的RNA(ncRNA)基因才是更众多的。然而,与计算算法或生物实验识别ncRNAs仍然是一项困难的任务。最近的报告建议了ncRNAs可以也出现在表示顺序标签(EST的)数据库。不过,内部遗传因子的EST几乎没收到很少注意并且糟糕由于他们的低丰富被注解。这里,我们为从人的EST发现ncRNA基因开发了计算策略。我们首先收集了位于的EST内部遗传因子的区域并且别让详细注解。内部遗传因子的区域被划分成非重叠的50-nt窗口,从UCSC数据库获得的PhastCons分数被分到这些窗口。我们使有超过0.8的PhastCons分数并且有至少三支持EST充当种子的窗户保存。相应于种子的EST的每簇被装配进长contig。我们使用了二个标准从这些contigs为ncRNA抄本屏蔽:第一是最长预言的开的读物框架是不到300nt,第二是可能的Pol-II倡导者在contigs在上游或下游的2,000nt以内存在。作为结果,118新奇ncRNA基因从人的低丰富EST被识别。七个随机选择的候选人,六在由RT-PCR出现的人的2BS房间被抄录。我们的工作证明EST为检测新奇ncRNA基因是“隐藏的财富”。
简介:摘要目的通过生物信息学分析筛选与胃癌预后相关的微RNA(miRNA),构建风险评分模型并进行验证。方法从人类癌症基因组图谱数据库下载491例样本的人类基因组miRNA测序数据(胃癌组织样本446份,正常胃组织样本45份)和相应的临床病理信息。通过R 4.0.2软件edgeR包对miRNA表达谱进行差异分析,将所得差异表达谱按1∶1的比例随机分为训练集和测试集。采用单因素Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选预后相关miRNA,进一步对筛选出的预后相关miRNA进行多因素Cox回归分析并构建预后风险评分模型。采用Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征曲线、曲线下面积(AUC)动态变化曲线评估模型的预测效能。结果以|log2差异倍数|>1.5、P<0.01为标准,筛选出175个胃癌组织中差异表达miRNA。通过单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出6个与胃癌患者总生存率相关的差异表达miRNA,使用多因素Cox回归分析成功构建5-miRNA风险评分模型:风险评分=0.183×hsa-miRNA-184+0.086×hsa-miRNA-675-0.231×hsa-miRNA-2115+0.548×hsa-miRNA-3943-1.455×hsa-miRNA-1246。在训练集、测试集、总体数据集中,高风险组患者的累积生存率均低于低风险组,差异均有统计学意义(χ2=18.90、9.50、26.70,P均<0.05),模型预测效能优于TNM分期,且分层分析显示模型能有效预测早期胃癌。单因素和多因素Cox回归分析显示模型风险评分、年龄和M分期是胃癌患者预后不良的独立危险因素[风险比(95%可信区间)分别为1.19(1.07~1.32)、1.20(1.06~1.40),1.50(1.01~2.23)、1.90(1.28~2.90),1.34(1.15~1.57)、2.10(1.05~4.40);P均<0.05]。结论基于5个miRNA构建的5-miRNA风险评分模型预测胃癌患者预后的准确性高,是独立的预后因子。
简介:摘要环状RNA(circRNA)是一类通过反向剪接生成的新的内源性非编码RNA,具有miRNA"海绵"、调节转录和剪接、调节蛋白之间的相互作用等功能。最近的研究表明,circRNA在视网膜微血管功能障碍、糖尿病视网膜病变、老年性黄斑变性、增生性玻璃体视网膜病变、高同型半胱氨酸血症所致眼病和眼部恶性肿瘤等眼底疾病的发生和发展过程中发挥着重要作用。在病理状态下,circRNA的差异性表达改变了相应基因的转录和翻译,从而改变细胞的活性和功能。CircRNA可能成为眼底疾病新的标志物和预后指标,其靶向干预也可能成为眼底疾病潜在的治疗方法。
简介:摘要精子发生对成年雄性动物完成生育功能来说至关重要,这一复杂的生理过程需要相关基因适时适度的表达,大量的表观遗传调控因子参与其中,包括明星分子环状RNA。环状RNA具有表达丰富、进化保守、细胞或组织特异性以及更高的抗外切酶或核糖核酸酶降解能力等多种特征。它可以调控亲本基因的表达,作为mRNA陷阱、miRNA或蛋白质的海绵体来发挥作用,也可以通过结合RNA结合蛋白来参与精子的发生过程,包括生殖干细胞的形成、精子的形成、精浆的组成及睾丸组织的形成。本文就目前环状RNA参与精子发生的研究进展进行综述。