简介:AbstractThe present pandemic has posed a crisis to the economy of the world and the health sector. Therefore, the race to expand research to understand some good molecular targets for vaccine and therapeutic development for SARS-CoV-2 is inevitable. The newly discovered coronavirus 2019 (COVID-19) is a positive sense, single-stranded RNA, and enveloped virus, assigned to the beta CoV genus. The virus (SARS-CoV-2) is more infectious than the previously detected coronaviruses (MERS and SARS). Findings from many studies have revealed that S protein and RdRp are good targets for drug repositioning, novel therapeutic development (antibodies and small molecule drugs), and vaccine discovery. Therapeutics such as chloroquine, convalescent plasma, monoclonal antibodies, spike binding peptides, and small molecules could alter the ability of S protein to bind to the ACE-2 receptor, and drugs such as remdesivir (targeting SARS-CoV-2 RdRp), favipir, and emetine could prevent SASR-CoV-2 RNA synthesis. The novel vaccines such as mRNA1273 (Moderna), 3LNP-mRNAs (Pfizer/BioNTech), and ChAdOx1-S (University of Oxford/Astra Zeneca) targeting S protein have proven to be effective in combating the present pandemic. Further exploration of the potential of S protein and RdRp is crucial in fighting the present pandemic.
简介:摘要环状RNA(circular RNA, circRNA)是一类最新发现的非编码RNA,因具有特殊结构及可以在疾病中发挥调控作用而成为最近的研究热点。许多研究表明circRNA与心力衰竭的病理生理机制密切相关,特别是在心力衰竭中的关键环节——心脏重塑,circRNA表现出调控甚至是逆转心脏重塑的巨大潜力。文章对circRNA的功能及其在心力衰竭进展中的作用进行综述,并从心脏重塑3个重要环节(心肌细胞改变、心肌间质纤维化、血管再生)总结circRNA发挥的调控作用,总结目前circRNA在心力衰竭方面作为生物标志物的研究进展,为开发新的治疗靶标和生物标志物提供新思路。
简介:摘要为探讨胃癌组织中miRNA-539和miRNA-4317的表达和两者对胃癌患者预后的预测价值,选择2014年3月1日至2017年12月31日于儋州市人民医院行胃癌根治性切除术治疗的胃癌患者115例,检测其胃癌组织和相应癌旁正常组织(距离癌组织边缘>3 cm)中miRNA-539和miRNA-4317的表达水平,并分析两者与患者临床病理特征和预后的关系。结果显示,胃癌组织中miRNA-539、miRNA-4317的表达均分别低于相应癌旁正常组织(分别为4.72±1.94比8.96±3.45、2.18±1.04比6.15±2.80),差异均有统计学意义(t=16.703、15.624,P均<0.01);腹膜转移、肝转移、miRNA-539相对表达量<6.10和miRNA-4317相对表达量<3.15是胃癌预后不良的独立危险因素(P均<0.05)。表明胃癌组织中miRNA-539和miRNA-4317低表达与胃癌患者生存期短有关,可能对预测胃癌患者预后不良具有参考价值。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA(lncRNA)胸腺生成素反义RNA 1(TMPO-AS1)对食管癌细胞恶性生物学行为的影响及其机制。方法2016年6月至2019年12月,实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测20例食管癌组织和癌旁组织中lncRNA TMPO-AS1和微小RNA(miR)-501-3p的水平,食管癌Eca109细胞分为lncRNA TMPO-AS1干扰组(转染si-NC和si-TMPO-AS1);miR-501-3p过表达组(转染miR-NC和miR-501-3p);lncRNA TMPO-AS1过表达组(转染pcDNA和pcDNA-TMPO-AS1);lncRNA TMPO-AS1和miR-501-3p共抑制组(转染si-TMPO-AS1+anti-miR-NC和si-TMPO-AS1+anti-miR-501-3p)。噻唑蓝(MTT)法、流式细胞术和Transwell实验分别检测食管癌Eca109细胞增殖、凋亡率、细胞迁移和侵袭能力,蛋白质印迹法(Western blot)检测相关蛋白水平,双荧光素酶报告系统验证lncRNA TMPO-AS1与miR-501-3p的调控关系。两组间比较采用独立样本t检验,多组间比较采用单因素方差进行分析。结果食管癌组织组中的lncRNA TMPO-AS1水平(2.64±0.26)高于癌旁组织(1.00±0.09,t=26.657,P<0.05),miR-501-3p水平(0.44±0.04)低于癌旁组织(1.00±0.07,t=31.063,P<0.05);干扰lncRNA TMPO-AS1的Eca109细胞24 h增殖(0.36±0.03)低于si-NC组(0.39±0.03,t=2.121,P<0.05),48 h增殖(0.45±0.04)低于si-NC组(0.75±0.07,t=11.163,P<0.05),72 h增殖(0.57±0.05)低于si-NC组(1.16±0.09,t=17.191,P<0.05),迁移细胞数[(54.14±5.65)个]低于si-NC组[(113.02±9.87)个,t=15.531,P<0.05],侵袭细胞数[(47.69±5.01)个]低于si-NC组[(96.32±9.88)个,t=13.169,P<0.05],细胞凋亡率[(22.15±2.22)%高于si-NC组[(6.98±0.69)%,t=19.576,P<0.05];过表达miR-501-3p的Eca109细胞48 h增殖(0.51±0.05)低于miR-NC组(0.77±0.07,t=9.067,P<0.05),72 h增殖(0.65±0.06)低于miR-NC组(1.15±0.09,t=13.867,P<0.05),迁移细胞数[(61.23±6.33)个]低于miR-NC组[(115.25±9.25)个,t=14.458,P<0.05],侵袭细胞数[(53.14±5.33)]低于miR-NC组[(98.32±8.47)个,t=13.543,P<0.05],细胞凋亡[(19.58±1.74)%]高于miR-NC组[(7.23±0.77)%,t=19.471,P<0.05],差异均有统计学意义。结论lncRNA TMPO-AS1通过靶向miR-501-3p促进食管癌细胞的恶性生物学行为,可被视为食管癌患者的潜在治疗靶标。
简介:摘要环状RNA(circRNA)是由前体mRNA反向剪接形成的具有封闭结构的环状分子,可充当微小RNA(miRNA)"海绵",与蛋白质、RNA结合形成复合物,发挥调控宿主基因表达、蛋白翻译的功能,在生理学和病理生理学中具有重要意义。多种眼科疾病中均存在特异性circRNA的异常表达,其通过"海绵"作用调控靶基因表达可引起多种眼部细胞功能异常,导致新生血管形成、血管渗漏、炎症反应、视网膜神经退行性变、晶状体混浊、肿瘤生长等病理改变,在眼病的发生和发展中可能起重要作用。本文就近年来circRNA在眼科疾病中的表达特点及其在眼病病理过程中介导的基因调控网络进行综述,探讨circRNA作为眼科疾病生物标志物及新型治疗靶点的意义。
简介:摘要线粒体疾病受线粒体DNA和核基因组的双重调控,对线粒体DNA的变异解读一直充满挑战,本文将美国贝勒医学院临床医学遗传诊断室于2020年发表的线粒体信使RNA(mRNA)变异分类标准进行解读,以期为我国临床医生提供线粒体mRNA变异解读的最新依据。
简介:摘要目的基于生物信息学方法挖掘胆道闭锁(BA)差异表达基因(DEGs)并初步构建微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络,探索其在BA中的分子调控机制。方法从基因表达综合数据库(GEO)下载数据集GSE46960,利用GEO2R在线工具分析BA和正常肝组织之间的DEGs,利用注释、可视化和富集发现数据库(DAVID6.8)对DEGs进行富集和功能注释。基于蛋白质互作数据库(STRING11.0)和Cytoscape_v3.7.1软件构建蛋白质相互作用(PPI)网络,分析其关键基因。通过人类miRNA疾病数据库(HMDD_V3.2)查询与BA相关且经过验证的miRNA,并利用miRNA目标预测数据库(miRDB)预测其靶基因。将预测的靶基因和GSE46960中的差异表达基因求得交集,获得miRNA、mRNA相互作用关系。利用Cytoscape软件构建miRNA-mRNA调控网络图。结果从GSE46960数据集中共获得565个DEGs,其中352个为上调基因,213个为下调基因。其中上调的DEGs显著富集于细胞外基质受体相互作用、黏着斑激酶、阿米巴病通路、磷酸酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路中,下调的DEGs显著富集于新陈代谢、抗生素的生物合成、视黄醇代谢通路中。根据PPI网络,筛选出10个关键基因。在DEGs基础上成功构建了BA miRNA-mRNA分子调控网络。结论通过生物信息学筛选出的DEGs及构建的miRNA-mRNA调控网络有助于全面了解BA发生的分子机制,为探索联合miRNA及DEGs作为临床诊断及治疗的分子靶点提供了新方向。
简介:摘要目的探讨长链非编码RNA核仁小RNA宿主基因8(lncRNA SNHG8)对肾癌细胞增殖、侵袭、迁移和顺铂敏感性的影响及其分子机制。方法实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测SNHG8和微小RNA(miR)-224-3p表达水平;蛋白质印迹(Western blot)法检测基质金属蛋白酶-2(MMP-2)、细胞增殖核抗原Ki-67(Ki-67)、裂解半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(cleaved Caspase-3)和多药耐药基因1(MDR1)蛋白表达;四甲基偶氮唑盐比色法(MTT)检测细胞存活率和顺铂半数抑制浓度(IC50);Transwell检测细胞迁移和侵袭;流式细胞术检测细胞凋亡;荧光素酶报告实验检测SNHG8和miR-224-3p的靶向关系。两组比较采用t检验。结果肾癌细胞系ACHN、786-O和A498中SNHG8高表达(1.05±0.09比4.58±0.47、6.19±0.52、5.37±0.48,t=22.130、29.219、26.538,P<0.05),miR-224-3p低表达(1.02±0.08比0.53±0.07、0.41±0.06、0.47±0.08,t=13.829、18.300、14.584,P<0.05)。与si-con组相比,si-SNHG8组,肾癌细胞786-O中MMP-2、Ki-67、MDR1表达降低,cleaved Caspase-3表达升高,细胞存活率降低[(69.86±6.37)%比(96.42±9.26)%,t=7.089,P<0.05],迁移和侵袭数[(175.64±12.20)个比(292.70±20.45)个、(92.81±8.38)个比(147.24±15.93)个,t=14.748、9.072,P<0.05]降低,凋亡率升高[(19.48±2.28)%比(4.28±0.64)%,t=19.256,P<0.05],顺铂IC50值降低(1.47±0.14比7.81±0.22,t=19.454,P<0.05)。过表达miR-224-3p后,肾癌细胞786-O中MMP-2、Ki-67、MDR1表达降低,cleaved Caspase-3表达升高,细胞存活率降低[(67.36±8.65)%比(98.24±9.53)%,t=7.198,P<0.05],迁移和侵袭数[(155.81±16.67)个比(274.73±28.61)个、(72.96±8.35)个比(156.61±14.28)个,t=10.774、15.170,P<0.05]降低,凋亡率升高[(18.49±2.28)%比(4.67±0.63)%,t=17.527,P<0.05],顺铂IC50值降低(1.79±0.15比6.72±0.26,t=49.273,P<0.05)。结论沉默SNHG8可抑制肾癌细胞786-O增殖、迁移、侵袭,促进细胞凋亡,增强其对顺铂的敏感性;其机制可能与miR-224-3p有关。
简介:摘要非编码RNA(ncRNA)过去被认为是一类不具备蛋白编码功能的基因转录产物,但越来越多的研究表明部分ncRNA能够编码产生功能性多肽,且通过测序、质谱等技术可以证实此类ncRNA和多肽往往具有较高的保守性和同源性。本文以“非编码RNA”和“多肽”为关键词在多个数据库进行了相关研究的检索,对编码多肽的ncRNA特征、编码多肽的检测方法、生物学功能及其临床应用价值进行了综述。结果表明这些功能性多肽参与了包括调节肿瘤发生发展、调节肌肉活动以及调节免疫应答等过程,将来可将ncRNA来源的多肽作为一类新型的标志物在疾病早期诊断、疗效判断及预后观察等方面发挥重要作用,同时将ncRNA编码的多肽作为靶点亦可为肿瘤的个体化精准治疗提供新的思路。
简介:摘要目的探讨急性脑梗死(ACI)患者血清微小RNA-1(miR-1)和微小RNA-155(miR-155)的表达与ACI疾病程度及预后的关系。方法选取台州市立医院2018年4月至2019年8月收治的ACI患者173例为研究组,并根据美国国立卫生研究院卒中量表(NIHSS)评分分为轻度组(78例)、中度组(54例)、重度组(41例)三个亚组。同期选取体检健康者180例作为对照组。采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测所有受试者血清miR-1和miR-155表达水平。根据90 d内患者改良Rankin量表(mRS)评分将患者分为预后不良与预后良好组。评估血清miR-1和miR-155表达对ACI预后的预测效能以及ACI不良预后的危险因素。结果研究组高血压史[56.65%(98/173)]、收缩压[(134.02±27.35)mmHg]、舒张压[(88.45±9.52)mmHg]、总胆固醇[(3.78±0.82)mmol/L]、低密度脂蛋白胆固醇[(2.08±0.73)mmol/L]、血清miR-1(2.07±0.37)和miR-155(1.56±0.32)表达水平均显著高于对照组[39.44%(71/180)、(119.37±22.14)mmHg、(81.46±14.13)mmHg、(3.59±0.68)mmol/L、(1.74±0.69)mmol/L、(1.01±0.22)、(1.02±0.24)],高密度脂蛋白胆固醇[(1.24±0.22)mmol/L]显著低于对照组[(1.31±0.26)mmol/L],差异均有统计学意义(χ2=10.462,t=5.542、5.429、2.373、4.498、32.865、17.982、2.725,均P<0.05);随着疾病程度的增加,ACI患者血清miR-1、miR-155表达水平逐渐升高(t=10.212、13.050、3.092、7.027、3.983、4.099,均P<0.05);预后不良组高血压史[64.47%(49/76)]显著高于预后良好组[42.27%(41/97)](χ2=8.419,P<0.05),收缩压[(136.51±12.56)mmHg]、舒张压[(89.53±6.65)mmHg]、NIHSS评分[(7.26±0.58)分]、血清miR-1(1.32±0.15)、miR-155(1.21±0.12)表达水平均显著高于预后良好组[42.27%(41/97)、(132.19±9.32)mmHg、(86.34±5.62)mmHg、(6.44±0.62)分、(1.01±0.07)、(0.99±0.05)](t=2.597、3.418、8.880、10.695、4.633,均P<0.05);受试者工作特征曲线(ROC曲线)分析结果表明血清miR-1和miR-155表达预测ACI预后的曲线下面积(AUC)分别为0.814(95%CI:0.745~0.884)、0.839(95%CI:0.780~0.897),二者联合对预测ACI预后的AUC为0.944(95%CI:0.912~0.976);logistic回归分析表明入院NIHSS评分、miR-1与miR-155升高是ACI预后不良的危险因素(P<0.05)。结论miR-1和miR-155表达水平与ACI患者疾病严重程度有关,可能是ACI预后不良的预测指标。
简介:摘要目的探索晚期膀胱癌发展过程中与差预后相关的RNA,构建一个长链非编码RNA-微小RNA-mRNA(lncRNA-miRNA-mRNA)网络并加以实验验证,以研究其在晚期膀胱癌发展中的分子调控作用。方法收集肿瘤基因组图谱(TCGA)和NCBI-GEO数据库431例和492例膀胱癌患者组织样本,Ⅲ、Ⅳ期、高级别、高级别≥病理亚分期2期(pT2期)为晚期膀胱癌,Ⅱ、Ⅰ期、低级别为早期膀胱癌;进行差异表达分析、权重基因共表达网络分析、功能富集分析、生存分析、miRNA靶向预测和Pearson相关分析。利用可视化软件构建网络。统计学方法使用t检验、Fisher精确检验、Pearson相关分析、Log-Rank检验比较组间差异,BH法计算错误发现率校正P值,以FDR<0.05、P<0.05为差异统计学意义。随后,收集22例膀胱癌患者组织样本,高级别肌层浸润性≥T2期、高级别或浸润性TaT1期为晚期膀胱癌,低级别非浸润性TaT1为早期膀胱癌;进行实时荧光定量聚合酶链反应(qPCR)、免疫印迹法和免疫组织化学实验。组间比较采用t检验。结果获得相似表达模式的8个长链非编码RNA、28个mRNA和8个微小RNA,并以此构建出核心lncRNA-miRNA-mRNA调控网络,该网络与晚期膀胱癌的侵袭、进展、转移及差预后相关。晚期膀胱癌组织Ⅵ型胶原α1(COL6A1)、Ⅱ型钙粘附蛋白(CDH11)、金属蛋白酶和血小板反应蛋白模体Ⅰ型(ADAMTS12)、长链非编码RNA-01705(LINC01705)、长链非编码RNA-01929(LINC01929 RNA)相对内参表达倍数值高于早期膀胱癌组织(-1.213比-4.212,t=4.170,P<0.01;-10.75比-14.64,t=4.602,P<0.01;-7.594比-11.93,t=5.152,P<0.01;-10.18比16.55,t=4.493,P<0.01;-11.62比-15.08,t=2.869,P<0.05),差异均有统计学意义。晚期膀胱癌组织COL6A1、CDH11、ADAMTS12蛋白平均吸光度值高于早期膀胱癌组织(0.213 8比0.090 9,t=2.302,P<0.05;0.183 9比0.078 9,t=5.992,P<0.01;0.279 1比0.147 8,t=4.527,P<0.01),差异均有统计学意义。膀胱癌组织人-微小RNA-6875-5p(hsa-miR-6875-5p)、人-微小RNA-6784-5p(hsa-miR-6784-5p)、人-微小RNA-128-2(hsa-miR-128-2) RNA相对内参表达倍数值低于正常组织(-15.78比-12.41,t=4.995,P<0.01;-15.53比-12.68,t=3.226,P<0.05;-13.79比-11.43,t=3.400,P<0.01),差异均有统计学意义。膀胱癌细胞系T24中COL6A1蛋白相对内参灰度比值低于正常膀胱上皮细胞系SV-HUV-1(0.677比1.000,t=7.584,P<0.01),差异有统计学意义;膀胱癌细胞系T24、EJ CDH11蛋白相对内参灰度比值低于正常膀胱上皮细胞系SV-HUV-1(0.656比1.000,t=6.056,P<0.01),差异有统计学意义。结论LncRNA-miRNA-mRNA网络在晚期膀胱癌的发展中起关键作用。
简介:摘要目的通过生物信息学分析筛选与胃癌预后相关的微RNA(miRNA),构建风险评分模型并进行验证。方法从人类癌症基因组图谱数据库下载491例样本的人类基因组miRNA测序数据(胃癌组织样本446份,正常胃组织样本45份)和相应的临床病理信息。通过R 4.0.2软件edgeR包对miRNA表达谱进行差异分析,将所得差异表达谱按1∶1的比例随机分为训练集和测试集。采用单因素Cox回归分析和最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归分析筛选预后相关miRNA,进一步对筛选出的预后相关miRNA进行多因素Cox回归分析并构建预后风险评分模型。采用Kaplan-Meier曲线、受试者操作特征曲线、曲线下面积(AUC)动态变化曲线评估模型的预测效能。结果以|log2差异倍数|>1.5、P<0.01为标准,筛选出175个胃癌组织中差异表达miRNA。通过单因素Cox回归分析和LASSO回归分析筛选出6个与胃癌患者总生存率相关的差异表达miRNA,使用多因素Cox回归分析成功构建5-miRNA风险评分模型:风险评分=0.183×hsa-miRNA-184+0.086×hsa-miRNA-675-0.231×hsa-miRNA-2115+0.548×hsa-miRNA-3943-1.455×hsa-miRNA-1246。在训练集、测试集、总体数据集中,高风险组患者的累积生存率均低于低风险组,差异均有统计学意义(χ2=18.90、9.50、26.70,P均<0.05),模型预测效能优于TNM分期,且分层分析显示模型能有效预测早期胃癌。单因素和多因素Cox回归分析显示模型风险评分、年龄和M分期是胃癌患者预后不良的独立危险因素[风险比(95%可信区间)分别为1.19(1.07~1.32)、1.20(1.06~1.40),1.50(1.01~2.23)、1.90(1.28~2.90),1.34(1.15~1.57)、2.10(1.05~4.40);P均<0.05]。结论基于5个miRNA构建的5-miRNA风险评分模型预测胃癌患者预后的准确性高,是独立的预后因子。