简介:摘要目的研究一株新型鼠类星状病毒的基因组特点和进化关系。方法采集221只山东省鼠类肠道内容物,采用高通量测序方法进行病毒组研究。结果发现一株新型星状病毒,并获得该病毒接近全长基因组,命名为RoAstV/CHN/S3。RoAstV/CHN/S3具有典型的星状病毒基因组结构,相似性分析表明与啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型关系最为相近。ORF2的氨基酸遗传距离结果显示,RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物和猪星状病毒4型的遗传距离为0.557~0.655,哺乳星状病毒属内种之间的遗传距离为0.338~0.783,推断其可能为新种。根据ORF1a、ORF1b和ORF2的系统发育树结果,RoAstV/CHN/S3与啮齿类动物星状病毒、猪星状病毒4型聚为一簇,表明这些啮齿类动物星状病毒和猪星状病毒4型具有共同祖先,也提示潜在的祖先跨种传播。对221只鼠类的肠道内容物筛查结果显示,4只鼠类为阳性,阳性率为1.8%,其中3只为褐家鼠,1只为黑线姬鼠,均来自山东省济宁市。结论新型星状病毒RoAstV/CHN/S3的发现丰富了星状病毒的多样性,为新发突发传染病的防控提供了重要的数据信息。
简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。
简介:【摘要】目的:本研究旨在探讨宏基因组二代测序(mNGS)在预测院内感染方面的应用价值,并与常规微生物学检测(CMT)进行比较。方法:我们回顾性分析了2022年1月至2022年12月在我院收治的75例疑似院内感染患者。所有样本都同时进行了CMT和mNGS检测。结果:通过CMT确诊感染的有30例(40%),而通过mNGS确诊的有45例(60%)。统计分析显示,mNGS在诊断准确性(P=0.01)、报告时间(P=0.004)、病原体种类检出(P=0.003)以及混合感染检出率(P=0.01)方面均显著优于CMT。结论:mNGS在院内感染的预测和诊断方面具有高度的应用价值,表现出对多种病原体以及混合感染的高灵敏度和准确度,且能在更短的时间内给出结果。
简介:摘要结直肠癌(colorectal cancer, CRC)是最常见的消化道肿瘤之一,肝脏是晚期CRC最常见的转移部位,结直肠癌肝转移(colorectal liver metastasis, CRLM)是影响患者长期预后的主要不利因素。研究表明,CRLM通常与基因突变状态密切相关。传统影像学方法在CRLM基因突变状态的预测、诊疗及预后等方面仍然具有一定的局限性。近年来,影像基因组学在预测CRLM的基因突变状态,进而指导CRLM治疗决策制订、提高远期预后及总体生存率、预测治疗敏感性等方面已经展示出极大的潜力及广阔的应用前景。
简介:摘要目的探讨1例先天型佩梅病的基因型与表型特征。方法回顾性分析1例先天型佩梅病患儿的临床、影像学及遗传学特点。结果患儿生后四肢肌张力显著减低,眼球水平震颤渐明显,运动发育落后,6月龄头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化。临床全外显子检测未发现致病性变异,捕获测序拷贝数变chrX:102 192 246-103 045 526区域检测到大小约853 kb的片段重复,在DECIPHER数据库中被报道与佩梅病相关,经QPCR验证该变异来源于母亲,为致病性变异,确诊先天型佩梅病。结论生后四肢肌张力低、眼球震颤、运动发育落后、头颅MRI提示脑白质未见髓鞘化应考虑到先天型佩梅病可能,进行基因检测时注意单基因点变异及拷贝数变异,以明确诊断有利于遗传咨询。
简介:摘要基因测序作为新型冠状病毒确诊的两种方法之一,其检测原理区别于实时荧光定量PCR(RT-PCR),在临床应用中有其优势及挑战。病原宏基因组测序(mNGS)是目前临床上最常用的病原基因测序方法。mNGS对病原广覆盖的特点不但使其对于新型冠状病毒这类新发病原体的快速鉴定具有其他方法学无可比拟的优势,还可以同时为其他病原和混合感染的精准诊断提供依据。但另一方面,由于mNGS操作复杂、检测时间相对较长等原因,在新型冠状病毒的检测上无法实现大范围推广、快速诊断的目的。因此,mNGS可与RT-PCR技术联合使用,实现优势互补。
简介:摘要虫媒传播疾病是危及生命的严重传染性疾病,快速且精准病原学诊断是临床及时有效治疗并降低病死率、减少后遗症的前提。虫媒病实验室诊断以靶向性的血清学检测和聚合酶链反应为主,对少见虫媒病原体检出困难。目前,宏基因组二代测序技术(mNGS)已从科研走向临床应用。mNGS检测感染标本中全部生物的核酸序列并进行生物信息学分析,在少见病原体诊断和溯源方面具有显著优势。但同时mNGS也面临着整个操作流程中可能引入的背景微生物污染、数据库限制造成的错误结果、临床治疗亟需的病原体耐药性和宿主免疫状态等信息的挑战。该文主要就mNGS技术、其在虫媒病原体诊断应用及其所面临的挑战与难题等方面进行系统论述。随着mNGS在检测流程、检测结果分析和解读等方面不断优化,将为临床感染病病原学诊断带来新的发展与革新。
简介:摘要目的了解引起河南省2021年11月COVID-19暴发疫情的新型冠状病毒(SARS-CoV-2)基因组特征,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法收集病例急性期咽拭子标本,应用实时荧光RT-PCR方法对SARS-CoV-2核酸进行检测。选取SARS-CoV-2核酸阳性样本进行高通量基因序列测定和全基因组序列比对分析。结果核酸检测显示,70例阳性标本ORF1ab基因Ct值的中位数为26.41(15.58~39.27),N基因Ct值的中位数为24.43(12.04~39.74)。测序结果显示,同武汉参考株(NC_045512)序列相比,测序成功的63例本土病例SARS-CoV-2基因组序列存在47~49个核苷酸突变位点,共享47个突变位点和41个氨基酸变异位点,其中S蛋白区核苷酸突变位点9个,氨基酸变异位点为12个。指示病例与河南省10月14日俄罗斯输入病例和江西省10月本土病例共享47个突变位点,基因组高度同源,属于VOC/Delta变异株(AY.122进化分支)。结论应对境外输入性COVID-19进行持续监测,适当延长隔离观察期限,降低输入性COVID-19引起本地暴发与流行的风险;通过分析病毒基因组特征及核苷酸和氨基酸变异情况,进行快速溯源,为我省后续精准防控提供有力依据。
简介:摘要目的对引发2022年5月山东省荣成市COVID-19疫情的SARS-CoV-2进行全基因组测序,分析核苷酸和氨基酸变异情况并进行溯源。方法应用高通量测序技术对15份来源于某水产进口公司相关COVID-19聚集性病例鼻咽拭子样本和3份环境样本进行病毒全基因组测序。使用病毒序列和变异分析软件,对测序原始数据进行全基因组序列拼接和变异位点分析并对病毒进行分型,利用进化分析软件构建系统发育树,并结合病例流行病学调查结果,追溯病毒的潜在来源。结果成功获得13条来源于病例样本的SARS-CoV-2全基因组序列,长度为29 653~29 780 bp,平均测序深度为1 756~6 565 X,基因组覆盖度为99.20%~99.63%;Pangolin分型结果显示13个SARS-CoV-2基因组均属于VOC/Gamma(P.1.15)分支;与武汉参考株(NC_045512.2)相比,13条SARS-CoV-2全基因组序列分别存在40~41个核苷酸突变位点;在7个蛋白质结构域(ORF1a、ORF1b、S、ORF3a、ORF8、ORF9b及N蛋白),存在23~24个氨基酸变异位点。进化分析显示该病毒序列与来自阿根廷的参考株(EPI_ISL_4082233)共处于同一子分支上。结论本研究从荣成市一起冷链进口水产关联的COVID-19聚集性疫情病例样本中测序获得13个Gamma变异株全基因组序列,及时将病毒来源指向于2021年的南美进口海鲜。本研究所采用的测序方法和分析结果可以为SARS-CoV-2的变异分析和病例溯源提供参考,也提示我们SARS-CoV-2在冷链物品表面的存活与传播能力不容小觑,有待进一步探索。