简介:目的建立椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)分型方法,并对4株模式菌株和19株分离菌株进行分型。方法选用4种低频限制性内切酶(ApaⅠ、EcoRⅠ、HindⅢ和PstⅠ)和2种高频限制性内切酶(MseⅠ和TaqⅠ)进行组合,对FAFLP预扩增和选择性扩增体系进行优化,用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析,并与VITEK2GN生化结果和16SrDNA序列分析进行比较。结果ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为7个群,菌株间最低相似度为80.85%,最高相似度为98.77%。PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为10个群,菌株间最低相似度为48.68%,最高相似度为99.67%。两种FAFLP组合均能将菌株进行完全区分,而VITEK2GN和16SrDNA序列分析无法将菌株进行完全区分。结论ApaⅠ-G/TaqⅠ-G组合与PstⅠ-T/TaqⅠ-G组合FAFLP对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率,本研究建立的FAFLP分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源。
简介:目的利用限制性酶切片段长度多态性(RFLP)及变性高效液相色谱法(DHPLC)筛选和鉴定脑胶质瘤易感基因--切除修复鼠缺陷交叉互补基因2(ERCC2)的单核苷酸多态性(SNPs).方法应用PCR扩增179例胶质瘤病人肿瘤及血液标本和44例正常对照组血液标本ERCC2基因第23外显子及其邻近的部分内含子序列,采用限制性酶切及DHPLC技术对扩增片段进行基因变异检测,直接测序不同类型的PCR片段,并与参考序列进行对比分析.结果在此片段中验证了一个已知白种人存在的SNP位点.结论黄种人亦存在rs13181,并影响蛋白编码;可能与胶质瘤的发病有关联.DHPLC相对于RFLP来说是一种高效、经济、简便、可靠的SNPs筛选方法.
简介:目的:建立一种适合以红花cDNA为模板进行相关序列扩增多态性(SRAP)扩增的体系,筛选最佳的SRAP-PCR反应条件。方法:提取红花RNA并反转录成cDNA,以此为模板,使用正交设计表设计PCR反应中的3个重要因素Taq酶、三磷酸脱氧核苷(dNTPs)、引物的反应浓度。随后设计Mg^2+的反应浓度以及模板含量,分别进行单因素试验。结果:本研究建立的红花cDNA-SRAP扩增条件为:25μL反应体系中含模板cDNA20ng,1×PCR缓冲液2.5mmol/L,Mg^2+2.0mmol/L,TaqDNA聚合酶0.04U/μL,dNTPs0.2mmol/L,引物0.2μmol/L。优化后扩增结果稳定性好,条带清晰,多态性好。结论:该体系为红花功能基因的研究奠定了基础。
简介:摘要目的L-myc基因EcoRI多态性位于非编码区的第二内含子内,引起短型(S)和长(L)型两种基因型。研究结论不一,一般认为短型基因的携带者具有更高的肿瘤易感性和更差的预后。本研究的目的是探讨这一多态性在中国人群中与胃癌的关系。方法90名胃癌患者和100名健康个体的资料被用于研究。多聚酶链反应(PCR)和EcoRI限制性内切酶反应被用于实验。结果L-myc基因型的分布在肿瘤(LL26.7%;LS40.0%;SS33.3%)和正常人群(LL8.0%;LS68.0%;SS24.0%)中没有显著差异。L-myc短基因型与肿瘤淋巴结的转移相关(P<0.05),而与其它临床资料无关。这一多态性与胃癌的易感性也无关。结论研究结果提示在中国胃癌患者中L-myc基因EcoRI多态性影响胃癌淋巴结转移的发展。
简介:目的了解A组乙型溶血性链球菌的基因分型状况.方法采用随机扩增多态性DNA技术(RandomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD),对1988~1994年度,从广东城市和农村,1993~1994年度,从湖北、吉林9~11岁学龄儿童分离的179株GAS进行RAPD分析.结果①同一T型的菌株有特征性条带,但有些亚型带型间差异较大;②不同T型间可有相同的带型;③分型率比T分型高,达到96.6%;④有主导RAPD型菌株流行的情况存在.结论RAPD方法对GAS分型及流行病学中有一定的应用价值,可以区别同一血清型不同地区来源的GAS.
简介:目的建立基于随机扩增多态性DNA分析(RandomlyamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)的霍乱弧菌简便快速分子分型方法。方法选择16株霍乱弧菌代表性菌株,包括O_1群、O_(139)群和非O_1/非O_(139)群等血清群,通过40条随机引物的RAPD-PCR实验,筛选出理想的随机引物,要求其产生的DNA指纹图谱多态性高,并有足够的分辨力进行分子分型。结果通过一系列RAPD-PCR实验和统计学聚类分析,从40条随机引物中筛选出2条最符合要求的引物。16株霍乱弧菌的分析结果显示,2条引物对于O_1群和O_(139)群产毒株、O_1群非产毒株和非O_1/非O_(139)群均有很好的聚类分辨率。结论本研究筛选获得了2条随机引物并建立了基于RAPD的分子分型方法,该方法简便、省时、省力,适用于地方疾控部门和口岸检疫部门的基层实验室开展霍乱监测和流行病学溯源工作。
简介:摘要目的探讨Investigator®DIPplex系统中30个插入/缺失(insertion/deletion,InDel)位点在福建畲族群体的遗传多态性及其在福建畲族群体的遗传学应用。方法应用Investigator®DIPplex系统对200名福建地区畲族健康无关个体进行30个InDel位点的等位基因分型,计算等位基因频率、群体遗传学参数,并与国内外其他群体进行比较。结果经Bonferroni校正,30个InDel位点在福建畲族群体中均符合Hardy-Weinberg平衡(P>0.05)。各位点杂合度为0.45~0.82,多态信息含量为0.2~0.37,个体识别力为0.385~0.645。30个InDel位点的累积个体识别率为0.999 999 999 996 8,三联体累积非父排除率为0.986 245 8,二联体累积非父排除率为0.954 322 5。福建畲族群体InDel位点的等位基因频率与华东汉族、西藏藏族、维吾尔族、哈萨克族等4个国内群体相比,分别在3个、8个、6个、6个位点上差异具有统计学意义;与波兰、美国、德国、非洲等4个国外群体相比,分别在19个、13个、13个、11个位点上差异具有统计学意义。结论Investigator®DIPplex系统中的30个InDel位点在福建畲族群体分布具有较好的遗传多态性,可独立应用于福建畲族个体识别的遗传学研究。