简介:目的建立10个肺癌相关基因的多重甲基化特异性聚合酶链反应(PCR)检测方法并运用于临床标本的检测。方法选取19例肺癌患者病灶组织标本,患者中男性16例,女性3例;平均年龄57.3岁。1例肺部良性病变患者组织标本为男性,年龄52岁。通过质粒构建及甲基化转移酶和亚硫酸盐修饰制备10个基因的甲基化和非甲基化标准品。通过选择甲基化特异性引物来识别甲基化模板,挑选10对甲基化特异性引物并平均分成2组,经最佳聚合酶及最佳退火温度的选择,建立多重甲基化特异性PCR体系,并应用于19例肺癌组织的检测,计算10个基因的甲基化率。结果在成功构建10个基因的甲基化和非甲基化标准品的基础上,建立了它们的多重甲基化特异性PCR检测方法。临床标本检测结果显示10个肺癌相关基因的甲基化率分别为p16INK4A92%,H-cadherin89%,E-cadherin和DAPK76%,TIMP-363%,RARβ50%,MGMT39%,RASSF1A21%,GSTP111%,hMLH10%。2次实验结果重复性较好。结论这种分2组多重甲基化特异性PCR的方法能一次性检测10个基因甲基化状态,可以应用于临床标本的检测。
简介:【背景】美洲斑潜蝇是一种严重威胁瓜果蔬菜、烟草、棉花等经济作物和花卉生产的入侵性害虫。由于潜叶蝇类害虫体型较小、生活方式隐蔽、形态相似,本文针对其难以快速准确地进行形态鉴别的问题,以美洲斑潜蝇为研究对象,以菜田常见的4种潜叶蝇类害虫为参照,采用种特异性PCR方法(species-specificPCR,SS-PCR),研究其快速分子检测鉴定技术。【方法】调用GenBank中一段936bp的美洲斑潜蝇线粒体DNA(mtDNA)细胞色素氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)的序列(Gen-Bank登录号为EU219613),并根据此基因片段的碱基序列设计引物1对,其扩增片段大小为294bp。【结果】种特异性检验结果显示,该引物只对美洲斑潜蝇的COⅠ基因具有扩增能力,对其他种类如南美斑潜蝇、三叶斑潜蝇、葱斑潜蝇、豌豆潜叶蝇等没有扩增能力。该引物不仅对成虫具有良好的扩增效果,对蛹、幼虫以及单粒卵也具有同样的扩增效果,其最低检出阈值为1/3840头成虫。【结论与意义】SS-PCR技术体系可用于美洲斑潜蝇的鉴定识别与检测监测,对阻止其进一步扩散蔓延具有重要意义。
简介:摘要目的探讨双重实时荧光PCR技术检测手足口病肠道病毒的应用效果。方法用单一实时荧光PCR先检测标本中的肠道病毒通用病毒核酸,肠道病毒通用病毒核酸阳性再分别用双重实时荧光PCR及单一实时荧光PCR检测CoxA16型和EV71型特异性核酸,比较两种方法检测结果。结果240份标本中肠道病毒通用型核酸阳性157份,双重实时荧光PCR法CoxA16阳性111份,EV71阳性1份,其他肠道病毒45份,单一实时荧光PCR法CoxA16阳性109份,EV71阳性1份,CoxA16+EV71阳性2份,其他肠道病毒45份。EV71和其他肠道病毒符合率为100%。结论双重实时荧光PCR检测技术可以准确检测手足口病肠道病毒,且特异性强、灵敏度高,又可以快速得到检测结果,是一种快速检测手足口病病毒的方法。
简介:摘要目的探讨丙型肝炎病毒(HCV)抗体、HCVRNA联合检测用于丙型肝炎诊断的临床价值,并研究本地区丙型肝炎的感染和流行情况。方法采用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测HCVRNA、解离-增强时间分辨荧光免疫分析法(DELFIA)定量检测HCV抗体。结果715例初诊为丙型肝炎的患者中,HCV抗体阳性85例(11.89%),HCVRNA阳性107例(14.96%),两者共同阳性76例(10.63%),其中男性49例(64.47%),女性27例(35.53%),主要集中在35-45岁之间。结论单独检测HCV抗体或HCVRNA均有一定的缺陷,二者联合检测可提高丙型肝炎的检出准确率;RT-PCR技术灵敏度较高,对HCVRNA检出率较高。丙型肝炎在门诊就诊者中阳性检出率较高,且以中青年为主,男女性别感染检出率无差异。
简介:摘要目的探讨荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA的拷贝数与涂片抗酸染色镜检阳性程度的相关性。方法对5例现症麻风患者不同时期和16例多菌型治愈者的44份皮肤组织液样本,同时进行荧光定量PCR检测和做涂片抗酸染色镜检,按荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA结果的拷贝数和对应涂片抗酸染色镜检结果分为阴性(-)、1+、2+、3+、4+、5+、6+进行统计分析。结果32份皮肤组织液涂片阴性样本中,4份样本荧光定量PCR检测阳性,麻风杆菌DNA拷贝数多为103数量级;12份涂片阳性样本中,对应荧光定量PCR检测全部阳性,麻风杆菌DNA拷贝数多为104~105数量级,和涂片阳性程度基本呈正相关,荧光PCR检测阳性率比涂片抗酸染色高,但经统计学分析差异无显著性,(P>0.05)。结论荧光定量PCR检测麻风杆菌DNA拷贝数与涂片抗酸染色镜检阳性程度有较好的相关性,可以作为麻风病临床诊断和治疗的实验方法。
简介:摘要目的探讨肾综合征出血热患者血清中HV-RNA的RT-PCR检测的可行性,以及扩增的部分HV靶基因的测序分析。方法设计并合成了两套分别互补于HVM基因片段和S基因片段的引物,建立检测肾综合征出血热患者临床血清标本中HV基因的RT-PCR方法,并对扩增的部分HV靶基因进行测序分析和比较。结果206份HFRS患者血清经RT-PCR扩增后,得到特异性的M和S靶基因片段,对急性期HFRS患者血清经RT-PCR检测,结果显示,S基因片段引物对HV靶基因检出率为60.93%,M基因片段引物检出率为40.63%,S基因片段引物的扩增效果显著优于M基因片段,两者相比具有统计学意义(x2=3.67,P<0.05)。结论S基因片段引物的扩增效果优于M基因片段引物。
简介:目的:应用PCR-变性梯度凝胶电泳技术(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)技术检测早期儿童龋治疗前后唾液中微生物多样性的变化。方法:选取北京大学燕东幼儿园22名3-5岁儿童进行口腔检查,在龋齿治疗前和治疗后2周分别取样,采用PCR-DGGE技术检测受试儿童唾液样本,分析治疗前后唾液微生物多样性的变化。结果:治疗前唾液样本DGGE条带数为23±2.9,治疗后唾液样本DGGE条带数为28±4.1,差异有显著性(P〈0.01);在同一时期内各唾液样本DGGE图谱的相似性高于不同时期样本之间。结论:PCR—DGGE技术可用于与龋病相关细菌的生物多样性的研究以及监测微生物群落组成的动态变化。
简介:Fungalpathogenscausingpoplarcankerdiseasesarecosmopolitaninspecies,andhaveawiderangeofhosts.Thesepathogenshavediverseanamorphsandtheirmorphologyoverlapswitheachother;Theirteleomorphsarehardlydiscoveredinnature.Furthermore,theidentificationofthesepathogensisusuallylimitedbythegeography,hostandtaxonomicknowledge.Therefore,aculture-independentmethodusedtoidentifydeterminepathogensisexpectedtobedevelopedforfielddiagnostics.Throughamplifying,sequencingandanalyzingmultiplexnucleicacidtemplatesandgeneticmarkedtargetsequences,amultiplexPCRtechniquehasbeenestablishedandusedtodirectlydetectvariousenvironmentalsamples.Inthisstudy,fourpathogenstrainsandenvironmentalsampleswereamplifiedusingfungaluniversalprimersITS1/ITS4andEF1-728F/EF1-986RbygeneralPCRandmultiplexPCR.Theampliconsweresequenced,andthenalignedinGenBank.TheresultshowedthatthemultiplexPCRwasabletosuccessfullyamplifythetargetgeneandidentifythepathogensfromenvironmentalsamplesintheconditionofanannealingtemperatureof55.6℃andprimersfinalconcentrationof0.2μmol·L-1.ThemultiplexPCRcouldamplifythetargetattheconcentrationlevelofapproximatelylngofgenomicDNA.ThismethodwouldprovideausefultoolfortheidentificationofcankerpathogensbythemultiplexPCRandthehigh-throughputDNAmicroarraydetectionofenvironmentalsamples.
简介:目的优化建立一种敏感、简便、稳定地检测结肠癌患者K-Ras基因突变的方法。方法构建K-Ras基因第二外显子12、13密码子的野生型及突变型质粒,通过优化PCR及肽核酸与特异性引物的浓度关系,达到有效模板浓度低的样品K-Ras基因突变的检测。结果成功构建K-Ras基因第二外显子12、13密码子的野生型和突变型质粒。肽核酸钳制PCR条件优化包括:(1)最佳复性温度为58℃和60℃;(2)有效模板浓度为10^-6pg/μl;(3)引物浓度与肽核酸浓度的最佳比例为20∶1。在K-Ras突变型质粒与野生型质粒浓度比为1∶100时即可检测到突变。结论肽核酸钳制PCR技术较传统的测序方法更为敏感,可以应用于有效模板浓度低的样品,为结肠癌个体化治疗前相关基因检测的有效方法。
简介:目的建立一种检测丙型肝炎病毒(HCV)核心蛋白基因的巢式RT-PCR方法,以及HCV核心蛋白基因区测序分型方法。方法从国际HCV数据库查找HCV核心蛋白基因序列,设计HCVRNA巢式RT-PCR引物及测序引物,并建立巢式RT-PCR反应体系。采用出入境人员抗-HCV阳性血清60份,及50份标本为HCV抗体检测阴性,且谷丙转氨酶(ALT)〉100U/L的血清进行巢式RT-PCR检测,阳性结果使用本研究建立的测序引物进行基因测序以确定HCV基因型。结果60份抗-HCV阳性血清中,42份(70.0%)核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,其中1b型27例、1a型12例、6a型1例、3a型1例、2a型1例。50份ALT〉100U/LR抗-HCV阴性标本中,1份HCV核心蛋白基因RT-PCR扩增阳性,测序鉴定为3a型。结论本研究建立了一种HCVRNA核心蛋白基因的巢式RT-PCR检测和分型方法,为出入境人员HCV的诊断和监测提供重要依据。
简介:摘要目的建立快速检测非小细胞肺癌患者PTEN、VEGF和RRM1mRNA表达水平的体系,并对表达水平进行评价。方法以正常人外周血构建PTEN、VEGF、RRM1和管家基因actin的定量标准曲线,利用实时荧光定量PCR法中的“双标准曲线”模型对80例肺癌患者和200例正常人的上述基因表达水平进行检测。结果标准曲线呈良好的线性关系。PTEN和VEGF基因在非小细胞肺癌组织中表达分别显著高于和低于正常组织,PTEN、VEGF基因表达与患者的性别、组织学类型无关,而与P-TNM分期存在显著相关性。两者的基因表达呈负相关。RRM1基因表达与患者的性别、组织学类型以及P-TNM分期均不存在显著相关性。结论Taqman实时荧光定量PCR法能够较好的对非小细胞肺癌患者体内PTEN、VEGF和RRM1mRNA表达水平进行定量检测并给予客观评价,为后期的治疗和用药提供可靠的依据。
简介:摘要目的探讨外周血中电化学发光免疫分析法(ECLIA)定量检测乙型肝炎表面抗原(HBsAg)与荧光定量PCR检测乙肝病毒DNA(HBV-DNA)载量之间的相互关系。方法运用电化学发光法、荧光定量PCR法两种方法同时检测180份血清标本的HBsAg含量和HBV-DNA载量,并按HBV-DNA载量分成4组,对其结果应用统计学分析。结果在180份血清标本中,HBsAg阳性为161例,占89.4%,HBV-DNA阳性为101例,占56.1%,两者同时为阳性的有101例,占56.1%。经统计学分析HBsAg定量与HBV-DNA载量之间无统计学意义,没有相关性(r<0.3,P>0.05)。结论电化学发光法定量检测HBsAg与HBV-DNA载量无关,联合检测两者可以为临床提供诊断治疗依据。