简介：摘要基因表达失调与血液肿瘤的生物学特性、治疗反应和预后密切相关。近年迅速发展的转录组测序、单细胞转录组测序等技术为发现疾病诊疗相关的标志性基因和研究基因表达模式提供了强有力的工具。文章结合第62届美国血液学会（ASH）年会中的报道介绍相关研究进展。

简介：无

简介：摘要目的通过加权基因共表达网络分析（WGCNA）识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法从基因表达数据库（GEO）中下载基因表达数据集GSE154918，其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例，共105例芯片数据。采用R软件筛选出脓毒症差异表达基因（DEG），用分布式访问视图集成数据库（DAVID）、检索交互基因的搜索工具（STRING）和可视化软件Cytoscape进行基因功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析及关键基因分析，筛选出脓毒症发生发展过程中的关键基因。结果通过WGCNA并结合DEG表达分析得到46个候选基因，对这46个基因进行基因本体（GO）、京都市基因与基因组百科全书（KEGG）途径富集分析得到基因功能和参与的信号通路。进一步使用STRING数据库构建PPI网络，通过PPI网络可视化软件Cytoscape选出5个关键基因，包括肥大细胞表达膜蛋白1基因（MCEMP1）、S100钙结合蛋白A12基因（S100A12）、脂肪因子抵抗素基因（RETN）、c型凝集素结构域家族4成员基因（CLEC4D）、过氧化酶增殖因子活化受体基因（PPARG），对这5个基因分别进行表达差异分析，结果显示，在脓毒症患者中上述5个基因的表达水平较健康对照者显著性上调。结论本研究通过构建WGCNA方法筛选出有关脓毒症的5个关键基因，可能成为潜在的脓毒症诊疗相关候选靶点。

简介：摘要目的结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因，并分析差异共表达基因与预后的关系。方法基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据，筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块，通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络，利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因，使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达，采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库，对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个，GSE68468数据集中DEG共7 275个，共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因，分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4A12)。与正常组织相比，TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26A3、NR1H4、FABP1、GUCA2A、UGT2A3、CPT2和MS4A12 9个核心基因均下调(P均<0.05)，其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05)，免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用，可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。

简介：摘要目的探讨K-ras基因对PM2.5染毒人支气管上皮（HBE）细胞部分癌基因和抑癌基因表达的影响。方法于2019年9月，根据K-ras基因mRNA序列，设计合成干扰序列，转染HBE细胞构建K-ras基因沉默细胞。用10、50 μg/ml PM2.5混悬液及10 μmol/L Cr6+分别染毒HBE细胞和K-ras基因沉默细胞，实时荧光定量PCR检测c-myc、c-fos、N-ras、cyclin-D1、p16、p53基因的mRNA表达水平，Western blot检测c-myc和p53蛋白表达水平。结果K-ras基因沉默细胞中K-ras基因mRNA表达水平下降（80.5%±3.6%），K-ras蛋白表达水平下降（58.9%±4.7%）（P<0.01）。各浓度PM2.5染毒HBE细胞组、K-ras沉默细胞组及10 μmol/L Cr6+染毒HBE细胞组、K-ras沉默细胞组c-myc、c-fos、N-ras、cyclin-D1基因mRNA表达水平均高于未染毒相应细胞对照组，p16和p53基因mRNA表达水平低于未染毒相应细胞对照组（P<0.01）；10 μg/ml PM2.5染毒K-ras沉默细胞组c-myc、c-fos、p16基因mRNA表达水平低于10 μg/ml PM2.5染毒HBE细胞组，p53基因mRNA表达水平高于10 μg/ml PM2.5染毒HBE细胞组（P<0.01）；50 μg/ml PM2.5染毒K-ras沉默细胞组c-fos、N-ras、cyclin-D1、p16和p53基因mRNA表达水平均低于50 μg/ml PM2.5染毒HBE细胞组（P<0.01）。50 μg/ml PM2.5染毒HBE细胞组c-myc蛋白表达水平高于未染毒HBE细胞组，p53蛋白表达水平低于未染毒HBE细胞组（P<0.05）；50 μg/ml PM2.5染毒K-ras沉默细胞组c-myc蛋白表达水平高于未染毒K-ras沉默细胞组（P<0.05）。结论PM2.5可引起HBE细胞癌基因表达升高，K-ras基因沉默能抑制PM2.5诱导HBE细胞癌基因的表达。

简介：摘要目的分析初诊急性髓系白血病（AML）患者融合基因表达情况，进一步探讨不同融合基因家族患者的免疫表型及基因突变的特点。方法回顾性分析2016至2020年4192例初诊AML患者的多重融合基因筛查结果，并结合免疫表型分析以及高通量测序所获得的基因突变筛查结果，系统地进行差异性分析。结果①4192例AML患者中1948例(46.47%)检出融合基因，共检出29种不同的融合基因，其阳性率呈现为"幂律分布"。②随着AML患者年龄增长，融合基因的阳性率先上升而后逐步下降。儿童患者融合基因总阳性率及MLL相关融合基因（MLL-FG）阳性率均显著高于成人患者（69.18%对44.76%，15.35%对8.36%）。③MLL-FG及NUP98相关融合基因（NUP98-FG）阳性患者伴随的基因突变均以FLT3及RAS信号通路相关基因为主。④MLL-FG及NUP98-FG阳性患者未见特异性的免疫表型特点。结论采用多重PCR方法分析，近半数的AML患者伴有特异的融合基因表达，儿童和成人患者融合基因阳性类型构成比例存在差异。不同融合基因阳性AML患者常见的分子突变、免疫表型有一定规律。

简介：摘要目的分析初诊急性髓系白血病（AML）患者融合基因表达情况，进一步探讨不同融合基因家族患者的免疫表型及基因突变的特点。方法回顾性分析2016至2020年4192例初诊AML患者的多重融合基因筛查结果，并结合免疫表型分析以及高通量测序所获得的基因突变筛查结果，系统地进行差异性分析。结果①4192例AML患者中1948例(46.47%)检出融合基因，共检出29种不同的融合基因，其阳性率呈现为"幂律分布"。②随着AML患者年龄增长，融合基因的阳性率先上升而后逐步下降。儿童患者融合基因总阳性率及MLL相关融合基因（MLL-FG）阳性率均显著高于成人患者（69.18%对44.76%，15.35%对8.36%）。③MLL-FG及NUP98相关融合基因（NUP98-FG）阳性患者伴随的基因突变均以FLT3及RAS信号通路相关基因为主。④MLL-FG及NUP98-FG阳性患者未见特异性的免疫表型特点。结论采用多重PCR方法分析，近半数的AML患者伴有特异的融合基因表达，儿童和成人患者融合基因阳性类型构成比例存在差异。不同融合基因阳性AML患者常见的分子突变、免疫表型有一定规律。

简介：摘要目的筛选与老年肺腺癌患者肿瘤浸润免疫细胞相关的关键基因。方法回顾性分析，训练集的基因表达数据来源于癌症基因组图谱数据库，验证集来源于基因表达综合数据库的GSE72094数据集，筛选年龄≥75岁的肺腺癌患者91例，14例匹配的正常样本。肿瘤浸润免疫细胞水平由反卷积算法计算，训练集采用加权基因共表达网络分析筛选与肿瘤浸润免疫细胞水平相关的关键基因，并应用外部数据集验证。结果在老年肺腺癌患者中，IKZF1和PRKCB的高表达与自身免疫疾病和T细胞受体信号通路等相关，其编码的蛋白可与IL2RB、LCK和CD5等多种免疫调节因子相互作用。在IKZF1和PRKCB基因高表达患者中，PD-L1、PD-1和CTLA-4等免疫检查点基因的表达高于低表达患者(均P<0.01)。验证集结果表明，CD8+T细胞水平与IKZF1(r＝0.75)和PRKCB(r＝0.65)的表达相关(均P<0.01)。结论老年肺腺癌患者肿瘤组织中的IKZF1和PRKCB表达与肿瘤浸润CD8+T细胞和免疫检查点基因的表达相关。

简介：摘要目的研究同源盒A(homebox A，HOXA)家族基因在肺鳞癌中的表达、预后价值及潜在分子机制。方法利用基因芯片技术检测HOXA家族基因在广西医科大学第一附属医院2017年8月至2017年10月收集的3对肺鳞癌及癌旁组织标本中的表达量，并整合其他多种技术分析计算标准化均数差(SMD)评价HOXA家族基因在1 214例肺鳞癌和1 139例非癌肺样本中的差异。绘制Kaplan-Meier曲线并通过Cox比例风险分析计算风险率(HR)评价HOXA家族各基因表达对肺鳞癌患者总体生存的影响。使用Pearson检验分析测序数据中HOXA家族基因在肺鳞癌中的甲基化程度与表达值的相关性。结果HOXA9、HOXA10、HOXA7、HOXA1和HOXA13在肺鳞癌中显著高表达(SMD＝1.14、0.41、0.61、1.72、1.03)；HOXA5在肺鳞癌中显著低表达(SMD＝-1.21)。HOXA家族中高表达基因的预后模型具有显著的预后分层价值(HR＝1.41，P<0.05)。HOXA家族基因在肺鳞癌中的表达值与甲基化程度呈显著负相关(r＝-0.640，P<0.05)。结论HOXA家族基因在肺鳞癌中的表达受异常甲基化的调控。HOXA家族联合预后模型有望应用于肺鳞癌患者的临床预后评估。

简介：摘要目的通过生物信息学分析探究儿童神经母细胞瘤中与MYCN(N-myc)基因相关的共表达基因。方法下载TARGET数据库神经母细胞瘤表达数据共179例，WGCNA分析筛选MYCN扩增共表达基因模块；针对目标基因模块个基因行GO、KEGG富集分析筛选MYCN扩增相关基因可能参与生物过程及信号通路；以MYCN扩增状态将神经母细胞瘤表达数据分为扩增组65例、非扩增组114例，行差异表达基因分析；筛选的差异表达基因同MYCN扩增相关基因取交集后运用K-M法行生存分析(log-rank检验)，筛选预后相关基因，Logistics回归探究MYCN扩增状态同预后基因的关系。结果WGCNA分析提示MEgreenyellow模块同MYCN基因扩增状态相关性最强(R＝0.46，P<0.05)，为共表达基因，包含基因1 216个，富集分析提示MYCN扩增共表达基因多参与RNA相关通路(RNA的转运、剪切、修饰，RNA相关酶的活性等过程)；差异表达基因分析显示，MYCN扩增组相较于非扩增组，基因表达上调47个，表达下调123个；WGCNA分析同差异表达基因取交集筛选出22个关键基因，行生存分析显示同预后相关的基因(P<0.05)有12个，其中DDX1与其他关键基因相关性相对较弱，或为神经母细胞瘤独立预后因素。结论LINC00839、ATP结合盒亚家族C4(ABCC4)、亚甲基四氢叶酸脱氢酶(NADP+依赖)2(MTHFD2)、磷酸甘油酸脱氢酶(PHGDH)、序列相似性家族13 A(FAM11A)、磷酸丝氨酸转氨酶1 (PSAT1)、假尿苷酸合酶7(PUS7)、DEAD-box解旋酶1(DDX1)、溶质载体有机阴离子转运蛋白家族5A1(SLCO5A1)、Junctophilin 1(JPH1)、溶质载体家族16 1(SLC16A1)、MYCN Opposite Strand(MYCNOS)为神经母细胞瘤中MYCN扩增的共表达基因，与较差的预后相关，是神经母细胞瘤潜在的治疗靶点及预后指标。

简介：摘要目的探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者外周血中微小RNA(miR)-25表达水平与病灶内癌基因表达变化的相关性。方法选择海南省人民医院2018年3月至2020年12月期间NSCLC患者为NSCLC组，以同期健康志愿者作为对照组，测定外周血中miR-25的表达水平以及肺癌组织、癌旁组织中miR-25、抑癌基因、增殖侵袭基因的表达水平，应用实时荧光定量聚合酶链反应(RT-qPCR)检测肺癌细胞株和正常肺上皮细胞BEAS-2B中的miR-25表达水平。不同组间计量资料的分析采用独立样本t检验。相关分析采用Pearson检验。结果NSCLC组患者外周血中miR-25的表达水平高于对照组(1.88±0.24比1.03±0.14，t＝22.432，P<0.05)，肺癌病灶内miR-25的表达水平高于癌旁病灶(2.19±0.32比1.05±0.17，t＝21.797，P<0.05)且NSCLC组患者外周血中miR-25的表达水平与肺癌病灶内miR-25的表达水平呈正相关(r＝0.641、P<0.01)。miR-25在NSCLC细胞株中的表达量高于正常人肺上皮细胞(2.05±0.35比1.01±0.15，t＝15.237，P<0.05)；肺癌病灶内Krüppel样因子4(KLF4)、B细胞易位基因2(BTG2)、含F-框及WD重复域蛋白7(FBXW7)、Kazal基序逆向诱导半胱氨酸丰富蛋白(RECK)的mRNA表达量水平均低于癌旁病灶(分别0.44±0.08比1.04±0.17、0.64±0.07比1.01±0.15、0.59±0.08比0.98±0.13、0.48±0.06比1.02±0.14，t＝22.407、15.681、18.053、24.827，P<0.05)且与外周血中miR-25的表达水平呈负相关(r＝-0.574、-0.625、-0.512、-0.663，P<0.05)。肺癌病灶内细胞周期蛋白(Cyclin) D1、c-Myc、N-钙黏蛋白(N-cadherin)、基质金属蛋白酶(MMP)-2、MMP-9的mRNA表达量水平均高于癌旁病灶(分别2.33±0.32比0.97±0.14、1.93±0.24比1.04±0.18、2.08±0.28比0.99±0.11、2.27±0.31比1.02±0.15、2.55±0.38比1.03±0.17，t＝28.771、21.567、26.832、26.756、26.966，P<0.05)且与外周血中miR-25的表达水平呈正相关(r＝0.564、0.692、0.503、0.672、0.485，P<0.05)。结论NSCLC患者外周血中miR-25的高表达与抑癌基因表达下调、增殖侵袭基因表达上调密切相关，NSCLC细胞株中的miR-25的表达也高于正常肺上皮细胞。

简介：摘要目的采用生物信息学方法探索与非酒精性脂肪肝炎（NASH）病理进程相关的核心基因及分子机制。方法由基因表达数据库（GEO）下载基因表达数据集GSE89632，包含单纯非酒精性脂肪肝患者、NASH患者和健康对照分别为20、19和24例，筛选单纯非酒精性脂肪肝患者和NASH患者相对于健康对照的差异表达基因（DEGs），对两组DEGs取交集。采用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO功能富集分析，采用KOBAS 3.0数据库对DEGs进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。利用STRING数据库构建DEGs蛋白相互作用网络（PPI），采用Cytoscape软件筛选核心基因。利用Attie Lab 糖尿病数据库验证核心基因在4组C57BL/6小鼠（分别为4周龄正常组、4周龄肥胖组、10周龄正常组和10周龄肥胖组，每组各5只）肝脏中mRNA相对表达量。分析核心基因和预后临床指标的相关性。结果由GSE89632数据集筛选出单纯非酒精性脂肪肝患者和NASH患者相对于健康对照的365个共同DEGs，其中上调和下调基因分别为115和250个。GO分析显示DEGs主要富集于炎症反应和免疫应答等生物过程。KEGG信号通路分析显示：上调基因主要富集于胆固醇代谢、胆汁分泌和脂肪的消化吸收等信号通路；下调基因主要富集于白细胞介素-17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路和糖尿病并发症的晚期糖基化终末产物及其受体等信号通路。PPI分析筛选出7个关键核心基因，分别为FOS、EGR1、FOSB、JUNB、FOSL1、MYC和NR4A1。10周龄肥胖小鼠肝脏中EGR1和JUNB的mRNA相对表达量均低于10周龄正常小鼠，均P<0.05；4和10周龄肥胖小鼠肝脏中NR4A1相对表达量均低于同周龄正常组小鼠，均P<0.05。EGR1基因表达水平与肝脏脂肪变性程度呈负相关（r=-0.785，P<0.001）。FOSB、MYC和NR4A1基因表达水平与血液谷丙转氨酶水平呈负相关（r=-0.649、-0.597和-0.580，均P<0.001）。结论EGR1、FOSB、MYC、JUNB和NR4A1等基因可能为NASH病理进程中的核心基因，肝细胞内炎症反应和免疫应答、白细胞介素-17信号通路和肿瘤坏死因子信号通路可能是NASH病理进程的关键分子机制。

简介：摘要目的找出可能在脓毒症诊断和治疗中的关键基因，为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法从基因表达数据库（GEO）中获取GSE9960芯片数据，使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因，分别使用基因本体论分析（GO分析）、代谢通路分析（pathway分析）、利用互作基因数据库检索工具，分析这些差异表达基因的蛋白质与蛋白质的相互作用（PPI network），并使用cytoscape软件进行可视化。结果与对照组相比，脓毒症组共获得110个差异表达基因，其中上调基因102个，下调基因8个；GO功能富集分析显示差异基因主要参与了DNA的正负调控、自噬、P53类中介信号转导、细胞对机械刺激的反应等。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了Glucagon信号通路。PPI network筛选出的6个hub基因，根据受试者工作特征曲线分析，这6个hub基因与脓毒症相关。结论基因表达谱的生物信息学分析确定了1个信号通路和6个基因，可能代表脓毒症发生、进展和风险预测的分子机制，这6个基因可能被用作潜在的诊断生物标志物或治疗靶点。

简介：摘要目的找出可能在脓毒症诊断和治疗中的关键基因，为临床治疗脓毒症提供新靶点。方法从基因表达数据库（GEO）中获取GSE9960芯片数据，使用GCBI在线实验室筛选出差异表达基因，分别使用基因本体论分析（GO分析）、代谢通路分析（pathway分析）、利用互作基因数据库检索工具，分析这些差异表达基因的蛋白质与蛋白质的相互作用（PPI network），并使用cytoscape软件进行可视化。结果与对照组相比，脓毒症组共获得110个差异表达基因，其中上调基因102个，下调基因8个；GO功能富集分析显示差异基因主要参与了DNA的正负调控、自噬、P53类中介信号转导、细胞对机械刺激的反应等。KEGG功能通路分析显示差异基因主要参与了Glucagon信号通路。PPI network筛选出的6个hub基因，根据受试者工作特征曲线分析，这6个hub基因与脓毒症相关。结论基因表达谱的生物信息学分析确定了1个信号通路和6个基因，可能代表脓毒症发生、进展和风险预测的分子机制，这6个基因可能被用作潜在的诊断生物标志物或治疗靶点。

简介：摘要目的通过加权基因共表达网络分析揭示腹主动脉瘤(AAA)发生的潜在机制。方法对数据库编号GSE47472和数据库编号GSE57691两个AAA转录组测序数据合并，进行基因差异表达分析得到差异基因，加权基因共表达网络分析(WGCNA)得到中心基因，两者取交集得到差异中心基因，并对其进行功能富集分析。建立小鼠AAA模型进行定量聚合酶链反应(qPCR)验证差异中心基因表达。使用GraphPad Prism 8进行统计分析。Kolmogorov-Smirnov检验数据正态性，采用独立样本t检验分析基因差异表达。结果共筛选出745个差异表达基因，建立16个基因共表达模块，其中中心模块包含119个基因，取交集后共得到60差异中心基因。对差异中心基因进行功能富集分析结果示AAA中平滑肌增殖分化功能和细胞黏附功能相关基因低表达。低表达的细胞黏附相关基因为钙黏着蛋白-2(CDH2)，(钙黏着蛋白-13)CDH13，整合素相互作用蛋白-2(FERMT2)，Rho关联含卷曲螺旋结合蛋白激酶1(ROCK1)，层黏蛋白α5(LAMA5)，进行qPCR验证其表达差异显著性。相对表达倍数分别为FERMT2＝0.31 (t＝2.454，P<0.05)，ROCK1＝0.22(t＝3.686，P<0.05)，LAMA5＝0.45(t＝3.168，P<0.05)，CDH13＝1.36(t＝0.103，P>0.05)，CDH2＝1.71(t＝0.702，P>0.05)。结论FERMT2、ROCK1、LAMA5低表达可能通过介导血管平滑肌细胞与细胞外基质间黏附作用异常参与AAA形成。

简介：摘要目的探讨糖尿病大鼠睾丸的转录组学改变。方法2019年9月至2020年5月从华中科技大学同济医学院实验动物中心购入18只4周龄SD大鼠，其中8只作为对照组大鼠，另外10只大鼠建立1型糖尿病大鼠模型，最终获得对照组与糖尿病组大鼠各6只。分别从两组中筛选出3只大鼠后，对6只大鼠的睾丸进行RNA测序，比较正常大鼠与1型糖尿病大鼠睾丸组织的转录组差异，并通过生物信息学分析对靶基因可能相关通路进行了预测以及实时定量聚合酶链反应实验验证。采用双样本双尾t检验进行统计分析。结果糖尿病组大鼠睾丸重量明显高于对照组[(0.42±0.15) g比(2.27±0.20) g，P<0.01，t＝-18.124]，睾丸生精小管结构受到严重损伤，糖尿病组精子质量低于对照组。糖尿病组睾丸共有138个基因高于对照组，119个基因低于对照组，其中4个基因与睾丸发育和精子的发生直接相关，可能参与了类固醇激素的合成以及氧化还原稳态的维持。2个基因与糖原合成、生长发育密切相关。经实时定量反转录聚合酶链反应(RT-qPCR)验证，以上基因的表达趋势与RNA测序结果一致。结论糖尿病可能通过影响睾丸内生精相关基因以及糖原代谢基因的转录表达，从而损害睾丸的生精功能。

简介：摘要目的探讨CLOCK mRNA及蛋白表达水平与鼻咽癌患者临床特征的关系。方法收集2018—2019年贵州医科大学附属肿瘤医院33例鼻咽癌患者的冰冻组织标本，收集2019年贵州医科大学附属医院17例鼻咽部慢性炎症组织标本，收集2008—2014年贵州医科大学附属肿瘤医院鼻咽癌组织蜡块68例及鼻咽慢性炎症组织蜡块37例。采用实时荧光定量PCR方法和Western blot法检测CLOCK mRNA和蛋白的表达情况。培养鼻咽癌细胞CNE1、CNE2、5-8F与正常鼻咽上皮细胞NP69，采用实时荧光定量PCR法检测各细胞中CLOCK mRNA在ZT2、ZT6、ZT10、ZT14、ZT18、ZT22时间点的表达水平，采用余弦法拟合CLOCK mRNA在鼻咽癌中表达的节律性。采用免疫组化法检测68例鼻咽癌和37例鼻咽慢性炎症组织蜡块中CLOCK蛋白的表达。生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验，影响因素分析采用Cox回归模型。结果CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK mRNA表达水平(分别为0.63±0.07、0.91±0.02和0.33±0.04)均低于NP69细胞(1.00±0.00，均P<0.05)。CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK蛋白表达水平(分别为0.79±0.06、0.57±0.05和0.74±0.10)均低于NP69细胞(1.00±0.00，均P<0.05)。鼻咽癌细胞CEN1、CNE2、5-8F和正常鼻咽上皮细胞NP69中CLOCK mRNA在不同时间点表达不同，存在时相性波动。CLOCK mRNA在CNE1、CNE2、5-8F、NP69细胞中的波动周期分别为16、14、22和24 h，其波峰和波谷时间分别为ZT10：40和ZT18：40、ZT10和ZT3、ZT14：30和ZT3：30、ZT12：39和ZT0：39。鼻咽癌组织中CLOCK mRNA和蛋白表达水平(分别为0.37±0.20和0.20±0.26)均低于鼻咽慢性炎症组织(分别为1.00±0.00和0.51±0.41，均P<0.05)。CLOCK蛋白高表达组(CLOCK蛋白表达水平≥0.178)患者1、3、5年生存率分别为96.2%、92.1%和80.1%，高于低表达组(CLOCK蛋白表达水平<0.178，分别为92.9%、78.6%和57.1%，P＝0.009)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无进展生存率分别为96.2%、87.8%和87.7%，高于低表达组(分别为92.7%、82.2%和70.8%，P＝0.105)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无复发生存率(分别为100.0%、95.7%和95.7%)与低表达组(分别为100.0%、96.9%和90.0%)比较，差异无统计学意义(P＝0.514)。CLOCK蛋白高表达组1、3、5年无远转转移生存率(分别为96.2%、92.0%和92.0%)与低表达组(分别为92.7%、82.2%和79.3%)比较，差异无统计学意义(P＝0.136)。CLOCK蛋白表达和T分期为总生存的独立影响因素(均P<0.05)。结论鼻咽癌细胞及鼻咽癌组织中的CLCOK基因均为低表达，时钟基因CLOCK在鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中均呈节律性表达；相比于正常鼻咽上皮细胞，鼻咽癌细胞的波动周期均缩短，CLOCK蛋白高表达组的总生存情况优于低表达患者，CLOCK蛋白的表达是影响总生存的独立影响因素，CLOCK基因在鼻咽癌中可能是一个潜在的抑癌基因。

简介：摘要目的探讨CLOCK mRNA及蛋白表达水平与鼻咽癌患者临床特征的关系。方法收集2018—2019年贵州医科大学附属肿瘤医院33例鼻咽癌患者的冰冻组织标本，收集2019年贵州医科大学附属医院17例鼻咽部慢性炎症组织标本，收集2008—2014年贵州医科大学附属肿瘤医院鼻咽癌组织蜡块68例及鼻咽慢性炎症组织蜡块37例。采用实时荧光定量PCR方法和Western blot法检测CLOCK mRNA和蛋白的表达情况。培养鼻咽癌细胞CNE1、CNE2、5-8F与正常鼻咽上皮细胞NP69，采用实时荧光定量PCR法检测各细胞中CLOCK mRNA在ZT2、ZT6、ZT10、ZT14、ZT18、ZT22时间点的表达水平，采用余弦法拟合CLOCK mRNA在鼻咽癌中表达的节律性。采用免疫组化法检测68例鼻咽癌和37例鼻咽慢性炎症组织蜡块中CLOCK蛋白的表达。生存分析采用Kaplan-Meier法和Log rank检验，影响因素分析采用Cox回归模型。结果CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK mRNA表达水平(分别为0.63±0.07、0.91±0.02和0.33±0.04)均低于NP69细胞(1.00±0.00，均P<0.05)。CNE1、CNE2和5-8F细胞中CLOCK蛋白表达水平(分别为0.79±0.06、0.57±0.05和0.74±0.10)均低于NP69细胞(1.00±0.00，均P<0.05)。鼻咽癌细胞CEN1、CNE2、5-8F和正常鼻咽上皮细胞NP69中CLOCK mRNA在不同时间点表达不同，存在时相性波动。CLOCK mRNA在CNE1、CNE2、5-8F、NP69细胞中的波动周期分别为16、14、22和24 h，其波峰和波谷时间分别为ZT10：40和ZT18：40、ZT10和ZT3、ZT14：30和ZT3：30、ZT12：39和ZT0：39。鼻咽癌组织中CLOCK mRNA和蛋白表达水平(分别为0.37±0.20和0.20±0.26)均低于鼻咽慢性炎症组织(分别为1.00±0.00和0.51±0.41，均P<0.05)。CLOCK蛋白高表达组(CLOCK蛋白表达水平≥0.178)患者1、3、5年生存率分别为96.2%、92.1%和80.1%，高于低表达组(CLOCK蛋白表达水平<0.178，分别为92.9%、78.6%和57.1%，P＝0.009)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无进展生存率分别为96.2%、87.8%和87.7%，高于低表达组(分别为92.7%、82.2%和70.8%，P＝0.105)。CLOCK蛋白高表达组患者1、3、5年无复发生存率(分别为100.0%、95.7%和95.7%)与低表达组(分别为100.0%、96.9%和90.0%)比较，差异无统计学意义(P＝0.514)。CLOCK蛋白高表达组1、3、5年无远转转移生存率(分别为96.2%、92.0%和92.0%)与低表达组(分别为92.7%、82.2%和79.3%)比较，差异无统计学意义(P＝0.136)。CLOCK蛋白表达和T分期为总生存的独立影响因素(均P<0.05)。结论鼻咽癌细胞及鼻咽癌组织中的CLCOK基因均为低表达，时钟基因CLOCK在鼻咽癌细胞与正常鼻咽上皮细胞中均呈节律性表达；相比于正常鼻咽上皮细胞，鼻咽癌细胞的波动周期均缩短，CLOCK蛋白高表达组的总生存情况优于低表达患者，CLOCK蛋白的表达是影响总生存的独立影响因素，CLOCK基因在鼻咽癌中可能是一个潜在的抑癌基因。

简介：摘要目的为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块，并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果在加权基因共表达分析中，Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关(r＝0.55，P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3，PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型，计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。结论本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3及PLAT)并建立了预后模型，为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。

简介：摘要目的为胶质瘤患者识别有效的生物标志物。方法从中国脑胶质瘤基因计划谱(CGGA)下载附有完整临床随访信息的464例胶质瘤患者mRNA表达谱。加权基因共表达网络分析(WGCNA)用于识别出与胶质瘤WHO分级相关的基因模块，并同时进行单因素及多因素Cox回归分析鉴别出与胶质瘤患者生存相关的基因。结果在加权基因共表达分析中，Brown模块与脑胶质瘤WHO分级呈正相关(r＝0.55，P<0.01)。选择单因素分析中与患者临床预后最显著相关的5个基因(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3，PLAT)进行多因素生存分析并建立预后模型，计算风险评分。受试者工作特征曲线证实该风险评分在预测胶质瘤患者1、3、5年生存率上具有高精准度。上述生存分析结果均在癌症基因组图谱(TCGA)数据库中得到验证。结论本研究确定了五个独立的脑胶质瘤预后因素(TAGLN2，IGFBP2，METTL7B，ARAP3及PLAT)并建立了预后模型，为临床判断胶质瘤患者预后提供新的思路。