简介:摘要冠心病本身是一种多因素疾病,发生和发展除了受到高血脂,高血压,糖尿病,吸烟,肥胖等传统危险因素的影响外,基因对冠心病的风险起了重要的作用,这一影响在家族史阳性的早发冠心病患者中尤其明显。近年来,通过全基因组关联分析已经发现将近60个单核苷酸位点与冠心病风险相关,但对于基因的功能了解仍然有限。
简介:摘要:玉米传入中国400多年来飞速发展,种质资源举足轻重。高产、优质和抗病虫的优质基因是提高作物产量的重中之重。在传统的育种工作中,育种范围相对狭窄,操作精准度较低,良莠混杂,无法准确选择,实际的选育周期较长,并且选育效果也不理想。
简介:摘要动脉性肺动脉高压(pulmonary arterial hypertension,PAH)是一类多种因素共同作用的复杂性疾病,包括特发性PAH、遗传性PAH和疾病相关的PAH等,由于具有高度遗传异质性,其临床特征及预后也具有较大差异。目前,PAH的具体发病机制尚不明确,疾病负担重,诊治方案仍有待探究,因此,研究PAH的遗传易感性对了解疾病的发生发展具有重要意义。随着全基因组关联研究(genome-wide association study,GWAS)的发展,发现了大量与PAH发病机制、临床表型、治疗和预后相关的遗传变异。本综述总结了近年来,国内外使用GWAS开展PAH遗传易感性相关研究的应用进展,为深入探究PAH的发生发展和个体化防治提供新思路。
简介:摘要目的开发一套能高效准确地从GWAS Catalog公开数据库中筛选全基因组关联研究(GWAS)的R脚本。方法参考既往研究制定GWAS的筛选原则。将人工在GWAS Catalog的筛选过程抽象为标准的算法,2名程序员共同撰写R脚本(gwasfilter.R)后,由他人多次对脚本进行测试。结果采用gwasfilter.R筛选GWAS包含6个步骤。该脚本内置5个主要函数,可以同时根据“是否有验证人群”“样本量大小”和“研究人群种族”等条件对GWAS进行筛选。筛选单个性状时,程序用时不超过1秒。结论gwasfilter.R操作简便,筛选过程高效而标准化,可灵活应用于GWAS筛选。脚本源代码网址:https://github.com/lab319/gwas_filter。
简介:水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率(Ks)比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。
简介:摘要目的分析天津市1例输入性基孔肯亚病毒(CHIKV)的全基因组序列特征与进化,为CHIKV的监测与防控提供科学依据。方法收集2019年11月4日于天津市第二人民医院采集的血清标本200 μl提取核酸,设计叠瓦式引物扩增CHIKV基因组全长,然后利用Illumina Miniseq平台进行高通量测序。结果本研究的CHIKV属于ECSA基因型印度洋分支,与大部分中国分离株一致,相似性为92.72%~99.86%,在国际上与巴基斯坦分离株亲缘关系最近(99.74%)。天津CHIKV在关键位点E1-D284E和E2-I211T处有两处突变,与ECSA基因型一致。此外,天津CHIKV还具备两个关键毒力位点E2-12T和E2-82G,以及nsP3-R524Opal终止子突变。结论天津CHIKV具备较强毒力,且具备在白纹伊蚊中传播的能力,提示应继续加强对CHIKV的监测。
简介:摘要目的评估低深度全基因组拷贝数变异测序技术(copy number variation sequencing,CNV-seq)在不明原因智力低下/发育迟缓(mental retardation/developmental delay, MR/DD)患者遗传病因中的诊断作用。方法选择2017年11月至2018年12月在郑州大学第一附属医院遗传与产前诊断中心就诊的145例MR/DD患者作为研究对象,采集外周血样本进行全基因组测序,联合生物信息学手段分析MR/DD患者所携带的拷贝数变异(copy number variations,CNVs)相关信息。结果145例MR/DD患者中检出49例有基因组CNVs,共发现67个CNVs,CNVs平均长度为5.27 Mb。通过评估,22例患者携带与MR/DD相关的CNVs,涉及21种综合征,涵盖174个智力低下相关基因,分布于10条染色体的18个不同区段。CNV-seq在不明原因MR/DD患者中发现携带与疾病相关的CNVs的诊断率为15.17%(22/145例)。结论基因组CNVs相关的微缺失/重复是不明原因MR/DD患者的遗传学病因之一,全基因组CNV-seq技术可为MR/DD患者提供准确的遗传学病因的诊断。
简介:摘要阻塞性睡眠呼吸暂停低通气综合征(OSAHS)是遗传因素与环境因素共同作用的一种复杂的多基因遗传病。近年来,已有多个研究从基因层面探讨OSAHS致病机制,全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS)作为复杂疾病基因定位研究的技术方法已广泛应用于识别与疾病相关的基因变异位点,本文就OSAHS领域相关GWAS研究作一综述。