简介：Transcriptionfactor(TF)bindingtoitsDNAtargetsiteplaysanessentialroleingeneregulation.Thelocation,orientationandspacingoftranscriptionfactorbindingsites(TFBSs)alsoaffectregulatoryfunctionoftheTF.However,hownucleosomalcontextofTFBSsinfluencesTFbindingandsubsequentgeneregulationremainstobeelucidated.Usinggenome-widenucleosomepositioningandTFbindingdatainbuddingyeast,wefoundthatbindingaffinitiesofTFstoDNAtendtodecreasewithincreasingnucleosomeoccupancyoftheassociatedbindingsites.WefurtherdemonstratedthatnucleosomalcontextofbindingsitesiscorrelatedwithgeneregulationofthecorrespondingTF.Nucleosome-depletedTFBSsarelinkedtohighgeneactivityandlowexpressionnoise,whereasnucleosome-coveredTFBSsareassociatedwithlowgeneactivityandhighexpressionnoise.Moreover,nucleosome-coveredTFBSstendtodisruptcoexpressionofthecorrespondingTFtargetgenes.WeconcludethatnucleosomalcontextofbindingsitesinfluencesTFbindingaffinity,subsequentlyaffectingtheregulationofTFsontheirtargetgenes.ThisemphasizestheneedtoincludenucleosomalcontextofTFBSsinmodelinggeneregulation.

简介：Versicanbelongstothefamilyofthelargeaggregatingchondroitinsulfateproteoglycanslocatedprimarilywithintheextracellularmatrix(ECM).Versican,likeothermembersofitsfamily,hasuniqueN-andC-terminalglobularregions,eachwithmultiplemotifs.Alargeglycosaminoglycan-bindingregionliesbetweenthem.Thisreviewwillbeginbyoutliningthesestructures,inthecontextofECMproteoglycans.Thediversebindingpartnersaffordedtoversicanbyvirtueofitsmodulardesignwillthenbeexamined.TheseincludeECMcomponents,suchashyaluronan,typeⅠcollagen,tenascin-R,fibulin-1,and-2,fibrillin-1,fibronectin,P-andL-selectins,andchemokines.VersicanalsobindstothecellsurfaceproteinsCD44,integrinβ1,epidermalgrowthfactorreceptor,andP-selectinglycoproteinligand-1.Thesemultipleinteractorsplayimportantrolesincellbehaviour,andtherolesofversicaninmodulatingsuchprocessesarediscussed.

简介：探索真核细胞的抄写因素(TF)的性质有约束力的地点并且决定他们怎么不同于包围DNA序列，我们检验了与DNA有约束力的地点联系的四个特征：G+C内容，模式复杂性，palindromic结构，和Markov定序订。我们规章的主题的分析从TRANSFAC数据库获得了，用酵母内部是的遗传因子的序列背景，表明这四个特征在主题序列显示出可变丰富。例如，主题序列比是背景序列是更可能的有palindromic结构。另外，这些特征对规章的主题紧局部性，显示他们自己是主题序列的一个性质并且没被一般倡导者分享规章的主题在住的“环境”。由根据他们绑在的TF班毁坏主题序列，更特定的协会被识别。最后，当其它例如复杂性丰富，越过检验的种类是通用的时，我们发现一些关联例如G+C内容丰富，是种类特定的。这里提供的定量分析应该增加我们protein-DNA相互作用的理解并且也帮助通过生物信息学便于规章的主题的发现。

简介：

简介：这研究为预言并且分类氧绑定蛋白质描述一个方法。第一，支持向量机器(SVM)模块为预言氧绑定蛋白质用氨基酸作文和dipeptide作文被开发，并且分别地完成了85.5%和87.8%的最大的精确性。第二，一个SVM模块基于氨基酸作文被开发，分别地分类进有为erythrocruorin，蚯蚓血红蛋白，血蓝蛋白，血红素，腿血红素，和肌球素蛋白质的95.8%，97.5%，97.5%，96.9%，99.4%，和96.0%的精确性的六个班的预言的氧绑定蛋白质。最后，一个SVM模块为分类氧绑定蛋白质用dipeptide作文被开发，并且分别地为上述六个班完成了96.1%，98.7%，98.7%，85.6%，99.6%，和93.3%的最大的精确性。所有模块被五倍的生气确认训练并且测试。基于上述途径，网服务者Oxypred为预言并且分类氧绑定蛋白质被开发(从http://www.imtech.res.in/raghava/oxypred/可得到)。

简介：Thebindingofnuclearproteinspreparedfrommouseerythroidtissueindifferentdevelopmentalstagestothe5'-flankingregulatoryelementsofhumanβ-globingene,twonegativecontrolregions(NCR1,-610to-490bp;NCR2,-338,to-233bp),wasidentified.TwostagespecificproteinfactorscorrespondingtoembryonicandfetalstageswerefoundtobecapableofbindingtoNCR2.Thesedataprovidedevidencethatthecisactingelementsofthe5'-flankingregionmightbeinvolvedinthedevelopmentalcontrolofβ-globingeneandNCR2mightberesponsibleinartforthesilenceofβ-glolbingeneintheembryonicandfetalstages.

简介：Peptidenucleicacids(PNAs)aresyntheticoligonucleotideswithchemicallymodifiedbackbones.PNAscanbindtobothDNAandRNAtargetsinasequence-specificmannertoformPNA/DNAandPNA/RNAduplexstructures.Whenboundtodouble-strandedDNA(dsDNA)targets,thePNAmoleculereplacesoneDNAstrandintheduplexbystrandinvasiontoformaPNA/DNA/PNA[or(PNA)2/DNA]triplexstructureandthedisplacedDNAstrandexistsasasinglestrandedD-loop.PNAhasbeenusedinmanystudiesasresearchtoolsforgeneregulationandgenetargeting.TheDloopsgeneratedfromthePNAbindinghavealsobeendemonstratedforitspotentialininitiatingtranscriptionandinducinggeneexpression.PNAprovidesapowerfultooltostudythemechanismoftranscriptionandaninnovativestrategytoregulatetargetgeneexpression.AnunderstandingofthePNA-mediatedgeneregulationwillhaveimportantclinicalimplicationsintreatmentofmanyhumandiseasesincludinggenetic,cancerous,andage-relateddiseases.

简介：ThemuscleproteinmyosinbindingproteinC(MyBPC)isalargemulti-domainproteinwhoseroleinthesarcomereiscomplexandnotyetfullyunderstood.MutationsinMyBPCarestronglyassociatedwiththeheartdiseasefamilialhypertrophiccardiomyopathy(FHC)andtheseexperimentsofnaturehaveprovidedsomeinsightintotheintricateworkingsofthisproteinintheheart.WhilesomeregionsoftheMyBPCmoleculehavebeenassignedafunctionintheregulationofmusclecontraction,theinteractionofotherregionswithvariouspartsofthemyosinmoleculeandthesarcomericproteins,actinandtitin,remainobscure.Inadditicn,severalintra-domaininteractionsbetweenadjacentMyBPCmoleculeshavebeenidentified.Althoughthebasicstructureofthemolecule(aseriesofimmunoglobulinandfibronectindomains)hasbeenelucidated,theassemblyofMyBPCinthesarcomereisatopicfordebate.ByanalysingtheMyBPCsequencewithrespecttoFHC-causingmutationsitispossibletoidentifyindividualresiduesorregionsofeachdomainthatmaybeimportanteitherforbindingorregulation.Thisreviewlooksatthecurrentliterature,inconcertwithalignmentsandthestructuralmodelsofMyBPC,inanattempttounderstandhowFHCmutationsmayleadtothediseasestate.

简介：Hemeisakeycofactorinaerobiclife,bothineukaryotesandprokaryotes.BecauseofthehighreactivityofferrousprotoporphyrinIX,thereactionsofhemeincellsareoftencarriedoutthroughheme-proteincomplexes.Traditionallystudiesofhemebindingproteinshavebeenapproachedonacasebycasebasis,thusthereisalimitedglobalviewofthedistributionofheme-bindingproteinsindifferentcellsortissues.Theproceduredescribedhereisaimedatprofilinghemne-bindingproteinsinmousetissuessequentiallyby1)purificationofheme-bindingproteinsbyhemeagarose,anaffinitychromatographicresin;2)isolationofheme-bindingproteinsbySDS-PAGEortwo-dimensionalelectrophoresis;3)identificationofheme-bindingproteinsbymassspectrometry.Infivemousetissues,over600proteinspotswerevisualizedon2DEgelstainedbyCommassieblueand154proteinswereidentifiedbyMALDI-TOF,inwhichmostproteinsbelongtohemerelated.Thismethodologymakesitpossibletogloballycharacterizetheheme-bindingproteinsinabiologicalsystem.

简介：生长因素midkine(MK)是由堵住HIV粒子的附件到容许的细胞在autocrine和paracrine举止在细胞文化禁止HIV感染的cytokine。MKmRNA系统地从健康施主在成年的外部血淋巴细胞被表示，当它的表示显著地变得时，但是短暂地增加了在之上在有由公众房产管理局或通过CD28抗原的约会的T淋巴细胞的IL-2或IFN-gamma和激活的淋巴细胞的vitro治疗。到房间的MK的绑定在高度和一个低亲密关系绑定地点明确地发生。这个低亲密关系绑定地点是房间表面表示了nucleolin，它在HIV粒子的起始的附件的机制被含有到房间。因此，而它阻止MK的绑定到低亲密关系绑定地点，nucleolin有约束力的HB-19假肽没在MK绑定上有效果到高亲密关系绑定地点，因此建议MK的低亲密关系受体是cell-surface-expressednucleolin。共焦的免疫荧光激光显微镜学在不同的点揭示了MK和cell-surface-expressednucleolin的colocalization。nucleolin的各种各样的删除构造的使用然后显示极端C终端nucleolin结束，包含氨基酸主题RGG的重复，作为绑MK的领域。到表面nucleolin的MK的特定的绑定独立于heparan硫酸盐和chondroitin硫酸盐proteoglycans。在到房间的绑定以后，MK由nucleolin和类脂化合物椽子在看起来被含有的一个活跃过程进入房间。有势力和与它在由各种各样的生理的刺激的淋巴细胞的提高的表示一起的MK的不同anti-HIV行动，指出MK是能涉及HIV的cytokine致病。

简介：Inthepost-genomicera,identificationofspecificregulatorymotifsortranscrip-tionfactorbindingsites(TFBSs)innon-codingDNAsequences,whichisessentialtoelucidatetranscriptionalregulatorynetworks,hasemergedasanobstaclethatfrustratesmanyresearchers.Consequently,numerousmotifdiscoverytoolsandcorrelateddatabaseshavebeenappliedtosolvingthisproblem.However,theseexistingmethods,basedondifferentcomputationalalgorithms,showdiversemotifpredictionefficiencyinnon-codingDNAsequences.Therefore,understandingthesimilaritiesanddifferencesofcomputationalalgorithmsandenrichingthemotifdiscoveryliteraturesareimportantforuserstochoosethemostappropriateoneamongtheonlineavailabletools.Moreover,therestilllackscrediblecriteriontoassessmotifdiscoverytoolsandinstructionsforresearcherstochoosethebestaccordingtotheirownprojects.Thusintegrationoftherelatedresourcesmightbeagoodapproachtoimproveaccuracyoftheapplication.Recentstudiesintegrateregulatorymotifdiscoverytoolswithexperimentalmethodstoofferacomplemen-taryapproachforresearchers,andalsoprovideamuch-neededmodelforcurrentresearchesontranscriptionalregulatorynetworks.HerewepresentacomparativeanalysisofregulatorymotifdiscoverytoolsforTFBSs.

简介：

简介：膜职业和识别连结(黎明)的多重重复主题在植物phosphatidylinositl被检测单音的磷酸盐kinase(PIPK)，在发信号PI的关键酶小径。结构的分析显示那所有MORN主题(与在7-9的范围的改变的数字)，它动物一分享了高相同到那些，在N终点被定位并且顺序安排了，除了那些OsPIPK1和AtPIPK7，在哪个最后黎明主题是由约100氨基酸的“岛”分开了其它区域，在植物PIPK揭示二种黎明安排的存在。通过采用基于酵母的SMET(顺序指向膜)系统，MORN主题被显示出能指向熔化蛋白质到房间血浆膜，它是进一步的由熔化MORN-GFP蛋白质的表示证实了。经由删除研究的进一步详细的分析在OsPIPK1显示了MORN主题，和104氨基酸的“岛”区域涉及微分潜水艇的规定细胞的本地化，即血浆膜或原子核，熔化蛋白质。recombinant黎明多肽的胖西方的污点分析，在Escherichia关口i表示了，显示出主题能强烈稍微绑在PA并且相对到PI4P和PI(4,5)的那黎明P2。这些结果在机制上提供增进知识的提示代替底层绑定的细胞的本地化，以及规定，植物PIPK。

简介：有气味的东西绑定蛋白质(OBP)是在昆虫的可溶的蛋白质调停化学感应。在以前的研究，我们调查了蚜虫采用检测警报pheromone(E)-β-farnesene的分子的机制，我们发现这和在结构上的识别联系了分子被OBP3和OBP7调停。这里，我们证明5的微分表达式模式选择了OBP(OBP1，OBP3，OBP6，OBP7，OBP8)在成年人的不同身体部分并且在5发展中间形态的获得的表现量的RT-PCR和immunolocalization实验包括winged和unwingedmorphs，豌豆蚜虫Acyrthosiphonpisum。结果提供允许我们在在OBP和他们的通常认为的功能的微分表示之间的关系上推测的一幅全面图画。在antennalsensilla的OBP3，OBP6，和OBP7的表达式为这些蛋白质建议一个化学感应的函数，而在所有中间形态的OBP8的经常的表达式水平能建议一个保存角色。而且，OBP1和OBP3也在nonsensory机关被表示。蚜虫，特别地天线，腿，mouthparts，和cornicles尾的不同身体部分上的sensilla的轻、扫描的电子显微镜学研究，完成提供一个指南便于印射OBP表示侧面的这研究。

简介：CREB有约束力的蛋白质(CBP)和它的相当或相同事物p300是涉及细胞的活动的一个宽数组的各种各样的顺序特定的抄写因素的transcriptionalco使活跃之物，例如脱氧核糖核酸修理，房间生长，区别和apoptosis。Severalstudies建议了CBP和p300可能被看作瘤压制ors，与他们是的突出的角色响应各种各样的刺激的不同基因表示模式的跨coupling。他们主要经由乙酰化施加行动嘘和另外的规章的蛋白质(例如p53)。在CBP/p300功能的主要悖论是他们似乎能够贡献各种各样的反对细胞的进程。呼吸上皮tumorigenesis代表一个范围的多步累积的一个复杂过程基因并且epigenetic错误。通过激活和压抑的建筑群的交替的形成的Transcriptionmodulation是这些精神错乱的最终的收敛点，并且CBP/p300在这相互影响代表关键参加者。因此，他们的分子的行动和相互作用的照明能在呼吸上皮carcinogenesis为药理学干预揭示新潜在的目标。

简介：

简介：理解控制全球基因表达模式的改变的规章的机制继续是在计算生物学的一项挑战性的任务。我们以前开发了一个蚂蚁算法，为微数组数据的一种生物学上启发的计算技术，和预言的通常认为的抄写因素绑定主题(TFBM)通过模仿国王自然蚂蚁的交互行为。这里，我们把算法扩大了到一套基于万维网的软件，蚂蚁Modeler，并且使用了它调查transcriptional机制内在的骨头形成。机械装载和骨头morphogenic蛋白质(BMP)的管理是二个已知的处理加强骨头。我们探讨了一个问题：有任何TFBM，刺激“机械装载的anabolism的回答”并且“调停BMP的osteogenic发信号”吗？尽管在在二回答的基因之中没有重要重叠，比较基于模型的分析建议二个独立osteogenic过程采用普通TFBM，例如一个压力为peroxisome的应答的元素和一个主题激活proliferator的受体(PPAR)。在用老鼠造骨细胞房间的vitro分析的modeling以后响应机械装载支持了象PPAR，Ikaros3，和LMO2那样的预言的TFBM的参与。总起来说，结果将是有用的导出一套可试验的假设并且在骨头形成的复杂transcriptional控制检验特定的管理者的角色。

简介：对mycobacteria唯一的蛋白质的PE_PGRS家庭被表明包含多重钙绑定和glycine富有的顺序主题GGXGXD/NXUX。这次顺序重复组成钙绑定平行β-转动或平行β-螺旋在毒素由许多克否定的细菌分泌了的RTX组织并且被发现。包含nona肽主题的多重拷贝的高度相应的PEPGRS蛋白质能合拢进类似的钙绑定结构，这被预言。PEPGRS蛋白质的预言的钙绑定性质的含意根据巨噬细胞病原体相互作用和致病被介绍。

简介：在脂肪和肌肉房间，刺激胰岛素的葡萄糖举起被葡萄糖transporter主要调停4(GLUT4)，哪个到响应胰岛素刺激的房间表面的从细胞内部的分隔空间的translocates。AS160是Akt的底层之一并且在调整胰岛素的GLUT4translocation起重要作用。在这研究，(RUVBL2)象RuvB一样蛋白质2用与集体spectrometry相结合的哺乳动物的双人脚踏车亲密关系纯化(龙头)作为新AS160有约束力的蛋白质被识别。在3T3-L1adipocytes，RUVBL2高度被表示并且在cytosol主要是分布式的。在adipocytes的RUVBL2的弄空通过减少刺激胰岛素的AS160phosphorylation禁止刺激胰岛素的GLUT4translocation和葡萄糖举起。然而，人的RUVBL2的介绍能颠倒这禁止的效果。这些数据建议RUVBL2通过它和AS160的相互作用在刺激胰岛素的GLUT4translocation起一个重要作用。

简介：松毛虫蛾，Dendrolimusspp。（鳞翅目：Lasiocampidae)，是松的严肃的经济害虫。以前，用不同方法的Dendrolimus的种系发生的分析产出不一致的结果。昆虫的化学感应的系统可以在支持种形成起基本作用。有气味的东西绑定蛋白质(OBP)参予气味察觉的第一步。在密切相关的种类学习OBP的进化可以帮助我们在种形成识别他们的角色。我们识别了三OBP-一pheromone有约束力的蛋白质和二一般有气味的东西绑定蛋白质-从四Dendrolimus种的男天线，D.superans(巴特勒)，D.punctatus(沃克)，D。kikuchiiMatsumura，和D。houiLajonquiere，哪个一直不是的嗅觉的识别系统以前调查了。我们分析了他们的分子的特征并且在DOBP把他们的序列比作那些。tabulaeformisTsaiet刘。在五Dendrolimus种之中的Ka/Ks比率分析显示PBP1基因比GOBP经历了更进化的压力。PBP1和GOBP1的种系发生的关系两个都显示D.houi是基础种类，然后分叉的D.kikuchii，当时D。tabulaeformis，D.punctatus，和D.superans更最近演变。这些关系与在这的性pheromone部件的变化一致五种。Dendrolimustabulaeformis和D.punctatus是密切相关的姐妹种类。然而，在在五Dendrolimus的GOBP2序列之中的距离是很短的，并且D.houi和D.kikuchii的关系不能被解决。以前的研究与那些集成我们的结果，我们假设了那D.kikuchii，因为性pheromone变化和环境压力，从基础祖先发展的D.punctatus和D.superans。