简介：利用生物信息学手段，结合公共大豆基因组数据库和大豆发育表达芯片数据获得大豆GST家族基因序列、蛋白序列和染色体位置等信息并进一步对基因的组织表达等进行分析。结果显示大豆中含94个GST家族基因，根据系统发育分析将这些GST基因分成5个亚家族；定位分析表明，94个GST基因分布于大豆的16条染色体上。表达分析结果表明，14个不同发育阶段，大多成员至少在一个组织中表达，11差异表达的基因中有7在根中表达，另外4在其它部位优势表达，基因表达具有一定特异性。本研究为进一步研究GST家族的功能及其抗逆利用提供基础。

简介：本研究利用SSR分子标记技术,对甘蓝型杂交油菜秦优11号的双亲及F1之间的多态性进行了引物筛选和纯度检测技术研究。结果表明,在已筛选的150对引物中,有2对引物（BN12和BN1）表现为稳定的共显性,即杂种表现为父母本互补的带型。利用这2对引物对4四个杂交油菜样品秦优11号进行纯度鉴定,结果分别为79.1%、81.6%、85.5%和86.7%,对应样品田间正季鉴定结果为83.0%、84.8%、87.8%和89.5%,样本株数为200时,误差均在容许误差范围内,这表明筛选的SSR分子标记可以用于秦优11号杂交种纯度的快速、准确鉴定。

简介：本文应用CTAB法从37种竹类植物中提取基因组DNA，根据在GenBank中发表的5SrDNAITS和matK基因设计引物，通过PCR进行扩增。结果表明：37种竹子5SrDNAITS序列PCR产物大小约为450bp，在刚竹属内部无长度上的差异，但是舒竹（Phyllostachysshuchengensis）与其他刚竹属植物相比，有一个位点的差异（由A变为C）。因此，5SrDNAITS在属下水平上无法提供较大的信息量，变异性较低，不适于刚竹属属下水平的系统分类研究。同样，选取37种竹子中3个竹种的matK基因的PCR扩增产物直接进行测序，结果显示matK基因在竹亚科的属间长度上无差异，产物的长度约为1500bp，将测序结果进行同源性比对，在变异位点附近寻找多态性酶切位点，碱基序列上有一个位点的差异（BstNⅠ）。PCR-RFLP结果显示，共有3种竹子在此位点发生变异分别为：浙江淡竹（Phyllostachysmeyeri）、安吉金竹（Phyllostachysparvifolia）和黄古竹（phyllostachysangusta）。刚竹属植物的基因序列相当保守，片段中刚竹属间的绝对核苷酸差异不到1个，所提供的信息量不够充分。因此，叶绿体5SrDNAITS和matK基因序列不适用于刚竹属植物系统分类研究，但其可能适合在属或属以上分类等级竹类植物的系统分类中应用。

简介：对大豆花叶病毒SMV抗性的遗传研究一直是大豆抗病遗传研究的热点之一。本研究以哈91R3—301×黑农41组合构建了遗传群体，其F2分离单株的SSR标记基因型基本符合1：2：1的比例，说明这个群体没有偏分离。根据F3株系的病情指数分布推测SMV3的F2成株抗性似乎由多基因控制。根据SSR分子标记的基因型和F2：3株系对SMV3抗病性表型结果连锁分析，推测Satt296是与大豆花叶病毒（SMV）3号株系抗性主基因连锁的分子标记，应用Joinmap作图软件将该标记定位在D1b连锁群上，这一结果与部分文献报道的研究结果一致。本研究获得的与抗性基因连锁的分子标记在其他的RIL群体中的验证得到了初步证实，推测定位在D1b连锁群上的抗性座位可能是控制SMV3的主基因之一，该标记可望应用于大豆抗SMV3的分子标记辅助选择。

简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：据报道,酵母中HOPS复合体参与囊泡融合及运输。本研究分别以酿酒酵母HOPS复合体各亚基氨基酸序列,通过BLASTp在稻瘟病菌数据库中搜索得到了6个酿酒酵母HOPS复合体各亚基的同源蛋白,我们通过生物信息学方法对稻瘟病菌6个HOPS复合体亚基的同源蛋白的理化特性、蛋白质结构域和进化关系进行了分析。基于稻瘟病菌98-06菌丝阶段和孢子侵染水稻CO39不同阶段转录组测序数据,分别选取稻瘟病菌内吞和外泌途径相关的基因,制作了表达模式图。此外,MoYpt7蛋白在其假定下游效应因子ΔMoVps41突变体中的定位研究表明MoVps41可能影响了液泡融合。

简介：偏分离是一种广泛存在于生物中的遗传学现象,被认为是一种强有力的进化动力。本文从生殖隔离因子、细胞质效应以及环境因素三个方面分析了雄配子体选择可能导致的遗传偏分离效应。研究证明,位于细胞核基因组上的生殖隔离因子如配子体基因、不育基因等遗传因素导致的雄配子体选择是引起遗传偏分离的主要原因;而细胞质核互作导致的雄性不育产生的雄配子选择同样可导致核基因发生遗传偏分离;非遗传因素如环境温度等引起的雄配子选择也会导致遗传偏分离现象。

简介：以黑果枸杞为研究对象，利用RT-PCR方法从黑果枸杞cDNA中克隆一个bHLH的转录因子-LrJAF13，通过生物信息学的分析，发现该基因的全长为1890bp，编码624个氨基酸的亲水蛋白，其分子式是C3O12H4843N853O978S24，分子量为6．94kD，脂肪指数（Aliphaticindex）为85．45，等电点pI为5．24，亲水性（Grandaverageofhydropathicity）为-0．497，不稳定指数（Instabilityindex）为50．13，推断出该基因编码的蛋白位于细胞核中，蛋白质三维结构复杂，包含多个α-螺旋和β-折叠结构，与矮牵牛拟南芥bHLH基因编码的蛋白序列的一致性为88％，进化树的分析表明黑果枸杞的LrJAF13与矮牵牛的bHLH的转录因子petunia_JAFl3的亲缘关系比较接近。通过上述分析，为解析黑果枸杞果实中高花青素含量的分子遗传机理、优异资源筛选和新品种选育提供了理论依据。

简介：UXS基因参与植物细胞壁的合成过程,在植物生长发育中起着重要作用。本研究采用生物信息学方法鉴定了玉米全基因组中全部UXS结构基因,对其命名和检测相关属性,并对玉米中UXS结构基因家族进行构建进化树和染色体定位。通过对进化树的分析可清晰地看出基因的相似程度和基因之间的亲缘进化关系,染色体定位图的分析可看出基因在染色体上的位置,为进一步了解UXS结构域基因家族的在玉米植株中的作用及功能分析提供了重要依据。

简介：蓖麻花序的生长发育状态是影响蓖麻单产因素之一，PLC基因调节花粉管的极性生长。通过RT-qPCR对Lm型蓖麻花序中PLC基因家族的表达量进行分析，并利用生物信息学工具对其进行生物信息学分析。结果表明：PLC基因的表达量与蓖麻花序轴的发育时期相关。蓖麻基因组中共有6个PLC基因，其编码的蛋白是一个无跨膜结构域、无信号肽／导肽亲水性蛋白，α-螺旋散布于整个蛋白质中，具有PLCXc、PLCYc和C2三个特征结构域。此外，蓖麻的PLC2、PLC2M、PLC4、PLC4X2、PLC6蛋白定位在其他细胞器；PLC2N定位在线粒体，预测剪切位点的序列长度为23个氨基酸。本研究为进一步研究PLC基因家族对蓖麻花序发育过程的影响提供了一定的理论依据。

简介：SSR和SNP被推荐为玉米品种DNA指纹鉴定优选标记技术。本研究选用大面积推广的11套玉米杂交种及其亲本作为试验材料,基于SNP芯片分型平台和SSR荧光毛细管电泳平台分析比较两种标记在玉米品种真实性鉴定中的应用。基于上述两种检测平台获得3072个SNP位点和40对SSR引物的基因型数据,分析比较各个参数。结果显示：（1）两种标记数据获得率均较高,3072个SNP位点平均数据获得率为98.4%,40对SSR引物平均数据获得率为99.47%。（2）两种标记均具备较高品种区分能力,3072个SNP位点平均MAF（minorallelefrequency）值为0.357,MAF值大于0.30占71%,平均DP（discriminationpower）值为0.515,DP大于0.5的占56%;40对SSR引物平均PIC（polymorphisminformationcontent）值为0.605,PIC大于0.51有32对,平均DP值为0.745,DP值大于0.71有29对。（3）两种标记位点鉴定样品杂合率、亲子关系方面结果是一致的,样品杂合率均介于0.4~0.6之间,平均杂合率分别为0.525和0.514;SNP数据显示符合亲子关系位点百分比介于95.2%~99.9%之间,SSR数据显示符合亲子关系位点介于36~40个之间。综上所述,SSR和SNP两种标记在数据完整性、区分品种能力、位点稳定性等方面差别较小。

简介：为探索白刺花（Sophoraviciifolia）硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr（NCBInonredundantproteinsequences）、Nt（NCBInucleotidesequences）、Pfam（proteinfamily）、KOG/COG（euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups）、Swiss-Prot（Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase）、KEGG（kyotoencyclopediaofgenesandgenomes）和GO（geneontology）分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释：并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。

简介：根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM（hiddenmarkovmodel）模型，在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明，57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类，而MIKC^＋型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因（如AP1，AG，AP3和PI等）和重要的控制开花时间的基因（如SVP和SOCl）在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明，大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序，还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守，多数基因具有7～8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。

简介：NAC转录因子在植物逆境应答中具有重要的作用。本研究从番茄中克隆了一个NAC基因SlNAC71。该基因编码区长1059bp,编码352个氨基酸,预测分子量约为39.51kD,等电点为8.40。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。SlNAC71基因序列具有miR164靶序列识别位点。亚细胞定位预测SlNAC71蛋白定位于细胞核。进化树分析发现,SlNAC71和AtNAC分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中SlNAC71都有表达,在叶中表达量最高,在茎中表达量最低。SlNAC71基因的表达受高盐诱导,说明番茄SlNAC71基因可能参与番茄对高盐胁迫的应答。

简介：本研究借助近红外光谱分析技术对100个南方花生区试品种的粗脂肪、蛋白质、脂肪酸和氨基酸含量等21个品质性状进行测定，结果表明，供试品种的粗脂肪含量平均为51．37％，蛋白质为26．31％，总氨基酸为22．611％，油酸为44．84％，亚油酸为34．05％。主成分分析表明，21个品质性状可综合成3个主成分，分别为蛋白质和氨基酸因子、不饱和脂肪酸因子和粗脂肪因子，反映了原始数据信息量的74．47％。聚类分析表明，100个花生品种可划分为4大类，各类别间品质存在不同差异。利用主成分分析和聚类分析进行花生品质的综合评价，可避免单一指标的片面性和不稳定性，为花生亲本的利用和品质育种提供重要的科学依据。

简介：龙血树是热带、亚热带地区所特有的珍稀植物，是著名民间药物“血竭”的重要原料。该药在我国中药材市场中占有重要的地位。目前血竭的生产是从多年生的龙血树上取其带脂茎杆提炼而成，该法需要大量的原材料，不断的砍伐已使其资源面临枯竭的威胁，现其己被列为国家三级保护的濒危植物。如何有效地开发和利用龙血树这一宝贵的资源，使其得到可持续和高效的利用是目前研究的一个重要方向。本研究以经诱导物诱导处理刚产生血竭和未经诱导物处理的海南龙血树（DracaenacambodiannPierreexGagnep）组培苗为材料，利用抑制消减杂交（supressionsubtractivehybridization，SSH）技术构建了龙血树血竭生物合成相关基因的差减cDNA文库，采用PCR方法筛选差减文库获得431个重组子。随机挑取200个克隆经ReverseNorthernBlot筛选剔除假阳性后，共获得59个差异较明显的阳性克隆，测序后得51条差异片段，通过BLASTn和BLASTx进行比较分析，结果表明：分离到与信号转导相关的cDNA片段5个，转录翻译相关蛋白cDNA片段5个，物质能量代谢酶类cDNA片段12个，另外有23个克隆在GenBank中均未发现显著相关的同源序列，推测它们可能是功能未知的新基因或是靠近3--末端的基因片段，因保守性较低，难以通过同源比较推测其功能。

简介：鉴于泛素与植物受高温等环境胁迫下产生的一些诱导型蛋白降解有关,本研究根据擎天凤梨Ostara早期花器的全长cDNA文库,经大规模随机测序及重叠群（contigs）内EST序列的拼接,获得了擎天凤梨多聚泛素基因全长cDNA序列（GenBank登录号：GQ890686）,序列长1896bp,开放阅读框长1323bp,编码441个蛋白氨基酸残基,蛋白质分子质量为49.3kD,等电点pI为6.59。蛋白二级结构预测显示,该蛋白主要由随机卷曲、延伸链、α螺旋和β-转角组成;系统进化树分析表明与拟南芥推定的多聚泛素UBQ10（gi｜23397122｜gb｜AAN31845.1｜）亲缘关系最近;经推断它是由5个单体泛素组成的多聚泛素。本研究有助于进一步探讨该基因在低温胁迫下的反应机理以及如何采用分子调控手段增强擎天凤梨的耐低温能力。

简介：本实验在形态学分析的基础上，采用5对中国传统菊花的芽变品种和2组形态相似品种，运用随机扩增DNA多态性（randomamplifiedpolymorphicDNA，RAPD）分子标记方法对其进行了品种鉴定。通过反复试验，建立了稳定的RAPD反应体系；从22个20碱基随机引物中筛选出4个高效引物，扩增出13条带，扩增的多态性片段多在501～1000bp之间，其中有2个引物（ch1．21和ch1．25）能将试验中的7组材料全部清楚地区分开。研究结果表明：4个高效引物的RAPD分析能够有效地将选定的样本区分开。因此作者提出RAPD分析方法可以应用到菊花芽变及相似品种鉴定中。这就为进一步开发更多RAPD随机引物，开展菊花的品种鉴定和保护工作提供了参考资料。

简介：通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序（RNA-Seq）技术研究巴西蕉（Musaparadisiaca）叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明：盐胁迫12h上调和下调的DEGs（differential-expressedgenes）分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。

简介：培育高产稳产、对环境钝感的优质杂交稻新组合已成为当前水稻育种的重要目标；近年高温造成水稻结实率显著下降而导致产量的严重损失，水稻耐热性的改良也日益迫切。本研究用一个籼粳交重组自交系群体构建遗传连锁图谱，图谱拟合157个SSR标记位点，覆盖水稻基因组2352．62cM，标记间平均遗传距离14．89cM。以常温和高温结实率的差值作为耐热指数，采用复合区间作图法，对水稻抽穗扬花期的耐热性进行了QTL分析，在第2、3、5连锁群上检测到3个新的耐热QTL。贡献率为：6．59％、10．72％和10．7％，联合贡献率为28．01％。