简介:摘要机体的免疫功能与肿瘤的发生发展密切关联,一方面,机体可以通过免疫效应机制,包括固有免疫和特异性免疫,发挥抗肿瘤作用;另一方面,肿瘤细胞通过免疫逃逸机制逃避免疫系统的识别和清除。越来越多的证据表明表观遗传调控在实体肿瘤免疫调节中占有重要地位,其中,DNA甲基化作为目前研究最久、最深入的表观遗传机制,除了促进肿瘤的恶性转化,也影响机体免疫细胞对肿瘤的免疫应答。本文主要针对DNA甲基化对实体肿瘤免疫反应的调节作用进行阐述。
简介:摘要目的运用基因芯片技术筛查与黑素瘤相关的DNA异常甲基化位点,初步构建黑素瘤特异性甲基化谱。方法采用Illumina Human Methylation 450K全基因组甲基化芯片对6例黑素瘤组织及其瘤旁组织标本进行全基因组DNA检测,得出差异DNA甲基化位点。采用Gene Ontology(GO)富集分析及KEGG_Pathway分析了解基因功能。结果基因芯片检测结果显示,黑素瘤组织与瘤旁组织存在差异甲基化位点,共27 779个,其中16 673个为高甲基化位点,11 106个低甲基化位点。提高筛选条件为P < 0.01、︳Δβ︳> 0.2,过滤掉所有单核苷酸多态性相关探针、位于XY染色体上的探针以及交叉反应的探针,共筛选得到4 883个差异甲基化位点,其中1 459(30%)个位于启动子区(包括TSS1500、TSS200、5′UTR、1st Exon)。GO富集分析显示,差异甲基化基因参与的生物学过程主要包括细胞生长、分化、黏附、运动迁移、信号转导及转录调控等。KEGG_Pathway分析显示,差异甲基化基因主要参与黏着斑、癌症通路、转化生长因子β信号通路、磷脂酰肌醇信号通路、黑素生成、趋化因子信号通路、黏合连接、钙信号通路、细胞黏附分子、MAPK信号通路、Wnt信号通路、JAK-STAT信号通路。基于"启动子区高甲基化位点对应的前16个基因、出现甲基化频率最高(CpG位点≥ 7)的基因、具有一定的功能或参与某条信号通路"条件,选出8个基因(KAAG1、DGKE、SOCS2、TFAP2A、GNMT、GALNT3、ANK2、HOXA9)作为黑素瘤候选生物标志物。结论黑素瘤组织存在较多高甲基化基因,8个差异甲基化基因有可能作为黑素瘤的生物标志物。
简介:摘要目的应用甲基化芯片与生物信息技术,筛选大气污染细颗粒物(PM2.5)对人支气管上皮(HBE)细胞的差异甲基化位点及其包含的基因和通路,为进一步研究PM2.5对HBE细胞毒理学机制提供科学依据。方法于2020年8月,用10 μg/ml和50 μg/ml PM2.5水溶物染毒HBE细胞24 h,即PM2.5 10 μg/ml染毒组(低剂量组)和PM2.5 50 μg/ml染毒组(高剂量组);用未染毒的HBE细胞作为对照组,将DNA片段与芯片进行杂交,芯片扫描读取数据后分析数据,筛选差异甲基化位点,进行差异甲基化位点的GO分析和KEGG分析,功能表观遗传模块(FEMs)分析整体差异甲基化位点的相互作用关系。结果与对照组比较,低剂量组共筛选出127个差异甲基化位点,包含89个基因,其中甲基化水平升高的有55个位点,甲基化水平降低的有72个,甲基化差异位点主要集中在Body区域和UTR区域。与对照组比较,高剂量组共筛选出238个差异甲基化位点,包含168个的基因,其中甲基化水平升高的有127个位点,甲基化水平降低的有111个,其差异位点也主要集中在Body区域和UTR区域。通过FEMs分析,筛选出8个相互作用最多的基因,其中6个基因有明显甲基化水平变化。在低剂量组的甲基化差异位点中找到与细胞凋亡相关的MALT1基因;在高剂量组的甲基化差异位点中找到与癌变相关的PIK3CA、ARID1A基因;在FEMs分析结果中找到与肿瘤抑制相关的TNF基因。结论PM2.5染毒HBE细胞后,引起DNA甲基化水平明显变化,筛选出细胞凋亡和癌变相关基因,提示PM2.5致癌致突变作用可能与DNA甲基化有关。
简介:摘要目的探讨APELA基因启动子区甲基化水平与子痫前期的关联。方法系统回顾2007年至2017年GEO基因表达数据库中APELA基因cg02779075位点在6项胎盘全基因组甲基化研究中与子痫前期关联的甲基化改变。检测研究间异质性后,使用随机效应模型进行meta分析。同时回顾性收集2008年至2010年复旦大学附属妇产科医院17例子痫前期和24例正常产妇共41份胎盘组织样本,MassARRAY定量CpG位点甲基化水平,用荧光实时定量聚合酶链反应检测APELA基因表达。采用t检验或Mann-Whitney U检验对数据进行统计分析。结果(1)经检索获得的6项全基因组甲基化研究,异质性检测表明研究间存在显著异质性(I2=0.64,P=0.016),使用随机效应模型进行meta分析,cg02779075位点在子痫前期胎盘中甲基化水平显著下调(Pmeta=6.7×10-6)。(2)胎盘组织分析中,与正常产妇相比,子痫前期产妇CpG1[0.12(0.00~0.25)与0.21(0.09~0.33),U=-2.569]和CpG2[0.07(0.01~0.14)与0.17(0.09~0.34),U=-4.160]位点甲基化水平显著下调(P值均<0.05)。子痫前期胎盘中APELA基因表达上调,但差异无统计学意义(U=0.891,P=0.384)。结论子痫前期产妇胎盘中APELA基因启动子区甲基化调控异常。
简介:摘要目的观察甲基化寡核苷酸诱导热休克蛋白A2(HSPA2)基因甲基化对胰腺癌细胞增殖和凋亡的影响。方法检测2017年1月至2018年12月桂林医学院附属医院诊治的90例胰腺癌患者(PAN组)和50例胰腺良性疾病患者(CON组)HSPA2基因甲基化,Kaplan-Meier生存分析比较胰腺癌患者中HSPA2基因甲基化和未甲基化生存时间的差异。合成设计不同寡核苷酸(MON、UON、CON-a、CON-b和CON)转染PANC-1胰腺癌细胞,比较转染前、后PANC-1胰腺癌细胞HSPA2基因甲基化、吸光度、细胞增殖和凋亡的差异。结果PAN组胰腺癌患者HSPA2基因甲基化率显著低于CON组(13.3%比82.05%,χ2=61.537,P<0.05)。PANC-1、SW1990、HPAF-Ⅱ及CFPAC-1胰腺癌细胞中HSPA2为未甲基化状态。PAN组胰腺癌患者中HSPA2基因甲基化者生存期显著高于HSPA2基因未甲基化患者[(16.88±0.67)个月比(11.34±0.51)个月,Logrank=15.195,P<0.01]。MON组可成功诱导PANC-1胰腺癌细胞HSPA2基因甲基化,S期、G2/M期和增殖指数均显著低于UON组、CON-a组、CON-b组和CON组PANC-1胰腺癌细胞(S期分别为25.8±1.9、32.6±2.7、32.4±2.5、32.7±2.9、32.8±2.3,G2/M期分别为7.7±1.1、9.5±1.4、9.4±1.5、9.7±1.6、9.5±1.5,增殖指数分别为0.35±0.06、0.43±0.06、0.44±0.05、0.45±0.07、0.46±0.05,F=36.140、45.250、102.210,P<0.05),G0/G1期和凋亡率均显著高于UON、CON-a、CON-b和CON组(G0/G1期分别为61.3±2.1、55.8±3.2、55.2±3.5、54.9±3.7、55.1±2.9,凋亡率分别为24.7±1.8、21.6±2.1、21.4±2.3、21.5±2.5、21.6±2.4,F=47.280、72.140,P<0.05)。结论胰腺癌的发病机制与HSPA2基因去甲基化有关,HSPA2基因去甲基化为胰腺癌患者生存时间影响因素。甲基化寡核苷酸可诱导胰腺癌HSPA2基因甲基化失活而抑制细胞增殖并促进凋亡。
简介:摘要目的分析亚砷酸钠(NaAsO2)致人肝星状细胞(LX-2细胞)纤维化及自噬相关的DNA甲基化位点,筛选与纤维化及自噬相关的特异性甲基化基因。方法采用DNA甲基化芯片Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChips(850K甲基化芯片)对LX-2细胞(对照组)及NaAsO2干预(低、中、高剂量组:终浓度分别为5、10、15 μmol/L NaAsO2,干预48 h)致LX-2细胞纤维化及自噬模型进行全基因组DNA检测,寻找差异甲基化位点。对筛选出的差异甲基化基因进行GO功能富集分析和KEGG信号通路富集分析,了解基因功能。结果高剂量组细胞纤维化及自噬模型构建成功。850K甲基化芯片检测结果显示,高剂量组与对照组间存在25 817个显著差异甲基化位点,其中高甲基化位点12 083个、低甲基化位点13 734个。GO功能富集分析显示,差异甲基化基因参与的分子功能主要包括蛋白结合、离子结合、催化活性、酶结合。KEGG信号通路富集分析显示,差异甲基化基因参与的通路主要包括代谢通路、癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路、内吞作用、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路。进一步在启动子区,筛选出11个与纤维化相关的差异甲基化基因和29个与自噬相关的差异甲基化基因。结论NaAsO2诱导LX-2细胞纤维化及自噬过程中存在大量差异甲基化位点,筛选出与纤维化及自噬相关的特异性甲基化基因。