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  • 简介:摘要目的探索结节病的关键基因,并为其分子机制提供理论依据。方法实验性研究。从基因芯片公共数据库(GEO)中下载获得结节病患者外周血的基因芯片数据集GSE34608和GSE18781。使用R软件对芯片数据进行整合并筛选出差异基因。随后进行基因本体论(GO)富集分析和KEGG信号通路分析,利用随机森林和LASSO回归两种算法,筛选出核心基因。为进一步验证基因芯片的结果,选取成都医学院第一附属医院2017年7月至2020年10月收治的肺结节病患者50例设为病例组,并选取于同一时期体检的50例健康志愿者设为健康对照组。采用酶联免疫吸附法对生信分析结果进行验证。结果761个差异基因在免疫反应、炎症反应、GTP酶的活性等生物学过程和功能中均有富集。且富集于T细胞受体,NF-κB,AMPK等信号通路。随机森林和LASSO回归两种算法筛选出核心基因为SPOCK2,ELISA结果显示0~Ⅰ期肺结节病患者(3.24±0.18)μg/L及Ⅱ~Ⅲ期肺结节病患者(5.03±0.12)μg/L,外周血样本中的SPOCK2浓度低于健康对照组(9.31±0.59) μg/L,且差异有统计学意义(F=37.36,P<0.05),且血清SPOCK2对0~Ⅰ期肺结节有较高的诊断效能(AUC=0.836)。结论筛选的核心基因SPOCK2为结节病的发病机制和靶向治疗提供了理论基础,同时通过实验验证血清SPOCK2对于肺结节病的诊断有一定帮助。

  • 标签: 结节病 生物信息学分析 诊断
  • 简介:摘要目的探讨富含脯氨酸小蛋白2A(SPRR2A)在肺鳞癌中的表达及其可能的作用机制。方法实验性研究。采用生物信息学方法,在GTEx数据库和TCGA数据库中检索分析SPRR2A在多种肿瘤组织和肺鳞癌中的表达,用ROC曲线分析SPRR2A诊断肺鳞癌的价值。收集2018年1月至2020年12月间于成都医学院第一附属医院外科手术的肺鳞癌标本及癌旁正常组织标本,通过RT-qPCR和Western blot技术进行实验验证,并进一步在4种肺鳞癌细胞株中再次验证。收集TCGA数据库中486例肺鳞癌患者基因表达谱数据及临床资料,根据SPRR2A表达水平的中位值,分为高、低表达组,采用GSEA4.1.0软件对差异基因富集的信号通路进行分析。采用Kaplan-Meier法分析SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组肺鳞癌患者的无疾病进展生存期和总生存期的差异。选用肺鳞癌SK-MES-1,构建SPRR2A表达载体shRNA SPRR2A质粒,应用Transwell方法验证干扰SPRR2A基因表达后,SK-MES-1细胞迁移和侵袭能力是否受到影响。结果与癌旁正常组织比较,SPRR2A基因mRNA在肺鳞癌组织中的表达水平明显升高,且有较高的诊断价值(AUC=0.899%);临床标本及肺鳞癌细胞株验证结果与生物信息分析结果一致。肺鳞癌组织SPRR2A mRNA和SPRR2A蛋白均高于癌旁正常组织,分别为(128.45±12.44)和(36.88±2.77)比(10.11±1.32)和(1.46±0.04),差异有统计学意义(P<0.05)。TCGA数据库中,SPRR2A高表达组和SPRR2A低表达组患者差异基因共有528个,包括348个下调的基因和180个上调的基因,这些基因主要富集于细胞黏附分子和囊泡运输的相互作用两个信号通路。预后分析显示,肺鳞癌患者SPRR2A mRNA高表达组的总生存时间和无疾病进展生存时间明显短于低表达组。Transwell实验结果显示,敲减了SPRR2A基因的肺鳞癌SK-MES-1的细胞迁移和侵袭能力均受到显著抑制(P<0.05)。结论肺鳞癌组织中SPRR2A基因的表达水平明显上调,高表达SPRR2A与肺鳞癌患者的预后不良有关,靶向敲减SK-MES-1细胞中的SPRR2A后能抑制其迁移和侵袭。

  • 标签: 肺肿瘤 生物信息分析 富含脯氨基酸小蛋白 细胞迁移 细胞侵袭
  • 简介:摘要目的研究miR-127-3p对气道瘢痕成纤维细胞增殖和Ⅰ、Ⅲ型胶原蛋白、α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)分泌的影响。方法组织样本均来源于2018年1月至2020年1月成都医学院第一附属医院呼吸与危重症医学科就诊的良性气道瘢痕狭窄的患者8例。对气道瘢痕组织标本应用基因芯片筛选出和正常气道黏膜组织差异表达的miRNA,并借助反转录-聚合酶链反应技术验证miR-127-3p的表达;采用公共数据库网站TargetScanHuman预测miR-127-3p的下游靶基因,选择预测分值最高的靶基因进行研究,采用荧光素酶报告基因实验分析miR-127-3p对MAPK4的靶向作用。提取气道瘢痕成纤维细胞分别应用miR-127-3p的模拟物和抑制物,以检测miR-127-3p对靶基因MAPK4的调控作用,通过反转录-聚合酶链反应及蛋白质印迹技术检测Ⅰ、Ⅲ型胶原蛋白及α-SMA水平,分析miR-127-3p对成纤维细胞胶原蛋白和α-SMA分泌的影响;采用MTT法检测过表达miR-127-3p后成纤维细胞增殖的情况。结果miR-127-3p在气道狭窄的瘢痕组织中呈低表达(0.512±0.014),可与MAPK4的3′UTR区域直接结合,并抑制瘢痕成纤维细胞的生长。过表达miR-127-3p导致下游靶基因MAPK4和Ⅰ、Ⅲ型胶原蛋白及α-SMA水平显著下降,可能影响成纤维细胞向肌成纤维细胞的分化进程。结论miR-127-3p可以减少Ⅰ、Ⅲ型胶原蛋白、α-SMA的分泌,抑制瘢痕成纤维细胞的增殖。

  • 标签: 气道狭窄 瘢痕 小分子核糖核酸
  • 简介:摘要目的探索吸烟肺腺癌组织中和自噬相关联的基因,并确定吸烟导致肺腺癌的潜在的自噬相关因素和预后因素。方法从GEO数据库下载2个数据集(GSE32863和GSE75037)的基因表达谱,同时下载来自TCGA数据库的吸烟肺腺癌患者的数据集。采用R中的微阵列数据包的线性模型探索来自吸烟的肺腺癌患者的样本与癌旁肺组织之间的差异基因。采用数据库DAVID进行差异基因的富集分析。采用相互作用基因/蛋白质检索的搜索工具和Cytoscape软件获得蛋白质-蛋白质相互作用网络并识别关键基因。此外,构建自噬相关基因和差异基因之间的网络。采用Kaplan-Meier分析总生存率。结果在GSE32863数据集确定了71个差异基因,在GSE75037数据集确定了641个差异基因,在TCGA数据集中确定了4 070个差异基因。3个数据集的交集显示了52个差异基因,并选择这些数据进行进一步研究。采用GO基因功能注释将52个差异基因分为生物学过程、分子功能和细胞组分3个类别,进行京都基因和基因组百科全书分析。总共有17个差异基因和自噬相关基因密切关联,其中LYVE1、RGCC、FOSB、ETV4、CDC20与自噬基因关联最为密切。LYVE1、CDC20的表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较,差异均有统计学意义(P值均<0.05),且与肺腺癌患者总生存率相关(P值均<0.05),RGCC、FOSB、ETV4表达量在吸烟肺腺癌人群和不吸烟肺腺癌中比较,差异均无统计学意义(P值均>0.05)。结论确定了LYVE1,CDC20为吸烟肺腺癌患者特异性的自噬相关基因。这些基因与患者的预后密切相关,可能为肺腺癌的治疗提供新的靶点。

  • 标签: 吸烟 计算生物学 肺腺癌 差异基因
  • 简介:摘要目的系统评价阿帕替尼联合多西他赛治疗晚期非小细胞肺癌疗效及安全性。方法计算机检索中国期刊全文数据库、维普科技期刊、万方医学网、PubMed、Cochrane图书馆以及EMbase等数据库,通过检索词"阿帕替尼""多西他赛""非小细胞肺癌""Apatinib""Docetaxel""non-small cell lung cancer""NSCLC",搜索所有关于阿帕替尼联合多西他赛治疗晚期非小细胞肺癌的研究进行荟萃分析,检索时间为建库至2019年9月。由两位研究人员严格根据纳入标准、排除标准,独立筛选文献,获取数据以及评价质量后,采用Revman5.2软件进行meta分析。结果共纳入12篇研究,共699例晚期非小细胞肺癌患者,包括对照组351例、试验组348例。meta分析结果显示:试验组的客观缓解率、疾病控制率以及无进展生存期均显著优于对照组,差异均有统计学意义(RR=1.99,95%CI:1.50~2.64,P<0.01;RR=1.57,95%CI:1.36~1.83,P<0.01;HR=0.28,95%CI:0.25~0.32,P<0.01)。在不良反应中,试验组与对照组患者发生骨髓抑制反应(OR=1.21,95%CI:0.86~1.69,P=0.27)、高血压(OR=0.92,95%CI:0.47~1.82,P=0.15)、腹泻(OR=1.14,95%CI:0.53~2.45,P=0.73)、恶心呕吐(OR=0.92,95%CI:0.47~1.82,P=0.81)以及手足综合征发生概率(OR=1.55,95%CI:0.89~2.72,P=0.12)相似,差异均无统计学意义。结论阿帕替尼联合多西他赛治疗晚期非小细胞肺癌可改善患者客观缓解率、疾病控制率以及无进展生存期,具有较好的临床疗效,并且不良反应相对较少,具有一定的临床应用价值。由于纳入研究的质量及样本量受限,上述结论尚需开展更多高质量、大样本研究予以验证。

  • 标签: 癌,非小细胞肺 Meta分析 阿帕替尼 多西他赛
  • 简介:摘要目的系统评价丝裂霉素C治疗良性气道狭窄疗效及安全性。方法计算机检索PubMed、EMbase、Web of science、万方、中国学术期刊全文数据库,检索时限设置为建库至2019年9月,检索关于丝裂霉素C治疗良性气道狭窄的临床随机对照试验。由2位研究者按照纳入和排除标准独立对文献进行筛选,并加以资料提取及方法学质量评价,采用Stata10.0软件进行数据分析。结果共纳入13篇随机对照研究文献,包括440例气道良性狭窄患者。meta分析结果显示:治疗组总体客观有效率高于对照组(RR=1.23,95%CI:1.08~1.39,P<0.05)。根据人种的不同,对该研究进行亚组分析,结果显示:在亚洲人群中,治疗组客观有效率高于对照组(RR=1.22,95%CI:1.04~1.44,P<0.05);在高加索人群中,治疗组客观有效率也高于对照组(RR=1.24,95%CI:1.01~1.51,P<0.05)。同时,治疗组经丝裂霉素治疗后气道直径(SMD=0.47,95%CI:0.20~0.75,P<0.05)及气促评分(SMD=0.47,95%CI:0.13~0.82,P<0.05)均优于对照组;治疗组6个月内介入治疗次数也低于对照组(SMD=-2.30,95%CI:-2.88~-1.72,P<0.05)。2组不良反应发生率差异无统计学意义(RR=1.21,95%CI:0.58~2.50,P>0.05),可对症缓解。结论在单纯气道介入治疗基础上加以丝裂霉素C可改善患者气促症状,减少气道介入治疗的频次,且不良反应少,患者总体耐受较好,具有一定的临床应用价值。

  • 标签: 丝裂霉素C 良性气道狭窄 Meta分析
  • 简介:摘要目的探讨血清微小RNA-144(miRNA-144)在结核病(TB)中的临床意义。方法通过计算机检索中国知网、PubMed、维普、万方、Web of science等数据库,查找建库至今国内外关于TB患者血清miRNA-144水平的病例对照研究文献。由2名作者独立检索并根据纳入及排除标准仔细阅读全文后进行选取剔除、提取数据,采用软件Stata 12.0和RevMan5.3进行统计分析。结果本研究共纳入9篇文献,包括TB患者431例(病例组),健康者354例(健康组)。荟萃分析结果显示总体人群中病例组血清miRNA-144水平较健康组升高(SMD=3.08,95%CI:1.26~4.90,P<0.05)。根据TB的不同类型进行亚组分析显示,病例组血清miRNA-144水平较健康组升高(SMD=2.26,95%CI:0.62~3.90,P<0.05)。根据人种差异进行分析,黄种人病例组血清miRNA-144水平较健康组升高(SMD=3.46,95%CI:1.34~5.58,P<0.05)。根据不同年龄进行亚组分析,以12岁为分界,≥12岁病例组血清miRNA-144水平较健康组升高(SMD=2.78,95%CI:0.88~4.68,P<0.05)。结论血清miRNA-144水平可能与TB具有一定相关性,尤其在黄种人TB中水平较高。但由于纳入研究中样本量较少,需更多标准化、样本量大、同质性好的研究进一步验证。

  • 标签: 结核 Meta分析 微小RNA-144