简介：目的探讨肝细胞癌染色体异常及其临床意义。方法运用比较基因组杂交技术检测25例肝细胞癌染色体DNA异常情况，并与临床指标作相关分析。结果25例肝癌均存在不同程度的染色体DNA拷贝数的扩增或缺失，较为常见的染色体DNA异常是＋1q（72％）、＋1p（64％）、＋2q（、48％）、＋2p（48％）、＋5q（48％）、＋Xq（48％）、＋7q（44％）、-4q（48％）、-16p（48％）、-8p（40％）、-17p（36％）；相关分析显示＋17p、＋18p、-8p、-13q、-11q、-8q染色体异常事件与临床指标部分相关。结论肝细胞癌存在明显的染色体异常，部分染色体异常事件是非随机性的，可能与肝癌的发生、发展有关，并与肿瘤的生物学行为和预后相关。

简介：摘要目的通过对一原发性痛风大家系进行全基因组测序，筛选与疾病有关的新的基因突变并进行初步分析。方法收集一典型痛风家系(4代35人，9例患者)的临床资料，绘制家系图谱。收集血液标本抽提外周血基因组DNA，进行全基因组测序分析。通过软件分析比对，筛选出变异序列及相关突变位点。同时在家系及正常对照中进行检测验证。应用生物信息学软件预测突变对基因表达的影响。结果基于测序结果，进行高级信息学分析，在PLAA基因第8外显子附近靠近5′端筛选出致病杂合突变1040-8 A>G；验证结果显示，该家系中所有痛风患者均有1040-8 A>G位点的杂合突变，而该家系的非痛风者和200名正常对照者中均未发现该突变；生物信息学分析提示该突变可能影响PLAA的基因表达，但不影响PLAA mRNA的结构。结论PLAA基因1040-8 A>G突变在家系中存在与患者共分离，新发现的PLAA基因可能为痛风的一个致病基因。

简介：摘要虽然临床医生通过诊断性实验室（遗传检测机构或实验室）所提供的新的遗传学技术如二代测序及染色体芯片等极大地提高了对遗传性肾脏病的诊断，然而，要做到精准诊断此类疾病，首先需要临床医生能识别出可能的此类疾病患者，然后在熟知各种遗传检测方法的基础上依据患者表型选择恰当的分子诊断技术手段和合适的组织标本进行检测，获得的遗传检测报告需结合患者的表型、可能的遗传模式以及共识指南等进行临床解读，与此同时发挥研究性实验室功能，通过应病而设的技术方法解决诊断性实验室无法解决的特殊问题，最终为患者及其家庭提供精准诊治意见。

简介：摘要呼吸道感染性疾病严重威胁儿童健康，早期明确病原可为疾病的诊断和治疗奠定基础。宏基因组测序是一种不依赖于培养，直接对临床样品进行测序，并给出全部微生物序列信息的技术。宏基因组测序从病原微生物的检测、微生物组学、微生物与宿主基因相互作用等方面为儿童呼吸道感染性疾病病原微生物的研究提供了十分重要的研究方法。现从宏基因组测序流程、在儿童呼吸道感染性疾病中的应用及国内外研究进展等方面进行阐述。

简介：摘要精神分裂症的临床治疗以抗精神病药全程治疗为主，遗传因素显著影响药物疗效和不良反应的个体差异。随着分子遗传学研究进展，药物遗传学在精神分裂症精准医疗中将发挥日益重要的作用。

简介：无

简介：摘要目的分析北京市境外输入新型冠状病毒（SARS-CoV-2）基因组特征及变异情况。方法2020年2—3月收集北京市来自5个国家的12例输入性新冠肺炎病例呼吸道标本，采用高通量测序法对病毒基因组测序，对序列进行比对和分析，并采用最大似然法构建系统发育树。结果共获得12条长度为29 826~29 903 bp的SARS-CoV-2基因组序列，与Wuhan-Hu-1参考株的核苷酸和氨基酸序列一致性中位数分别为99.97%（99.94%~99.98%）和99.96%（99.88%~99.98%）。12例基因组共发现22个氨基酸突变位点，其中ORF1ab的P4715L和S蛋白的D614G为最常见突变位点；未发现已报道可明确导致病毒传播力和致病性改变的变异位点，未发现插入和缺失变异。系统发育分析显示，10例欧美国家输入的病毒基因组均位于S-D614G进化支，2例伊朗输入病毒基因组均位于ORF1ab-V378I进化支。结论未发现北京市2020年2—3月份境外输入的12例病毒基因组携带已报道可明确导致病毒传播力和致病性发生变化的变异位点，仍需持续关注病毒变异情况。

简介：摘要目的对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌（Nocardia farcinica）进行全基因组测序并分析其耐药性。方法2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株，采用全基因组测序对细菌进行鉴定，根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析，通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因，Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌，对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑（TMP/SMX）耐药，对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因MtrA和调节转录因子基因vanR-O，分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因，二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变，均携带与结核分枝杆菌同源的icl、mbtH、phoP、relA毒力基因，SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系，两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。结论全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制；皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视，参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。

简介：摘要:目的:利用生物信息学方法，筛选影响肝内胆管癌预后的免疫基因，构建肝内胆管癌患者的免疫预后模型。方法:利用TCGA中肝内胆管癌患者的RNA表达谱及相应的临床资料，和ImmPort 数据库中的免疫基因数据。建立免疫预后风险评估模型。采用Kaplan-Meier生存分析和受试者工作特征(ROC)曲线对免疫基因预后模型的预测能力进行评价。结果:肝内胆管癌和癌旁组织中共筛选出418个差异表达的免疫基因。Cox回归分析表明DMBT1, IGF1, SLIT2, PLAU, ESM1, CDH1，VIM, A2M, ULBP2, UCN2, CCL13, IL11等12个免疫基因与预后相关。肝内胆管癌中高风险组的预后明显低于低风险组（P

简介：摘要目的探究精神分裂症表达异常的致病风险基因。方法选取56 418例精神分裂症患者与78 818名健康对照者的全基因组关联研究（genome-wide association study，GWAS）数据和大脑表达数量性状位点（expression quantitative trait loci，eQTLs），采用基于汇总数据的孟德尔随机化（summary data-based mendelian randomization analysis，SMR）整合分析精神分裂症的重要风险致病基因，并采用精神分裂症患者尸脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元、人诱导多能干细胞（human induced pluripotent stem cell，hiPSC）和全血表达数据集进行差异表达分析，以验证风险基因表达失调情况。结果基于SMR共发现16个精神分裂症风险基因（PSMR<5×10-6），分别为C4A、HLA-C、EMB、SLC9B1、PCDHA7、BTN3A2、KRT8P46、PCDHA8、SFMBT1、PCCB、WBP1L、BTN3A3、MUSTN1、PPM1M、TYW5和SF3B1。差异表达分析结果进一步验证显示，SF3B1在大脑背外侧前额叶皮质第3层和第5层锥体神经元（Padjust=5.22×10-3）和hiPSC（Padjust=1.41×10-4）中表达水平均显著下调。WBP1L在hiPSC（Padjust=1.28×10-8）和全血（Padjust=1.17×10-4）中表达水平均显著上调。TYW5（Padjust=3.06×10-6）在hiPSC中表达水平显著上调，PCCB（Padjust=1.34×10-4）、BTN3A2（Padjust=1.48×10-3）、PPM1M（Padjust=5.13×10-6）和PCDHA8（Padjust=4.31×10-2）在hiPSC中表达水平显著下调。BTN3A3（Padjust=2.18×10-2）在全血中表达水平显著下调。结论精神分裂症风险基因SF3B1、TYW5、PCCB、BTN3A2、PPM1M、PCDHA8、WBP1L和BTN3A3异常表达可增加发病风险。

简介：摘要目的了解福建省莆田市2015年G基因型腮腺炎病毒(mumps virus，MuV)全基因组序列特征。方法选择福建省莆田市2015年分离得到的2株腮腺炎流行株进行研究，命名为MuV15-01和MuV15-23。采用逆转录-聚合酶链式反应(reverse transcription polymerase chain reaction，Rt-PCR)对分离株全基因组进行扩增，并对产物进行测序拼接，结合GenBank下载的不同基因型腮腺炎参考株及现有疫苗株序列比对分析分离株基因序列遗传差异及抗原位点变异情况。结果福建省莆田市MuV分离株基因全长15 384个核苷酸，与其它基因型毒株相比，全基因组核苷酸差异在3.7%～6.0%之间，其中与A基因型(疫苗株)的遗传差异最大，与N和B基因型的遗传差异最小；在基因组编码7种病毒蛋白核苷酸序列上，SH基因变异最大，M和L基因最为保守；在N基因和HN基因已知抗原相关位点上分别存在7和11个氨基酸位点变异；相比于疫苗株福建分离株在HN基因的464位点上多增加了一个N-糖基化位点。结论现流行于福建省莆田市的G基因型MuV与腮腺炎其他基因型及疫苗株之间在全基因上存在较大的差异，提示需要进一步加强腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传差异性监测，为更好的腮腺炎防控提供科学依据。

简介：摘要：

简介：摘要端粒是真核生物线性染色体末端的帽状保护性结构，由双链DNA区和富含G碱基的3′突出端(单链DNA区)及端粒结合蛋白共同构成，是维持基因组稳定性的重要结构。端粒结合蛋白的核心成分，被称为shelterin复合体，可帮助端粒成帽，同时将端粒DNA隐藏于蛋白复合体间，免受DNA修复系统的识别，从而在形成端粒结构、保护染色体末端、维持基因组稳定等方面发挥重要作用。shelterin复合体组分的异常会导致端粒功能障碍及染色体末端融合或缺失，严重威胁基因组的稳定性，进而促进肿瘤的发生发展。作为基因组不稳定性的重要体现形式，双微体(double minute chromosomes，DMs)的形成与端粒的结构功能异常也存在相关性。本文总结了肿瘤细胞中shelterin复合体异常与基因组不稳定性的关联，试图阐明端粒蛋白参与的肿瘤恶性进展机制，为临床上改善恶性肿瘤预后提供新的靶点和思路。

简介：摘要目的分析2013—2020年人感染H7N9禽流感密码子使用偏好及其影响因素。方法通过NCBI数据库获得病毒全基因组序列，使用CodonW、EMBOSS、R、Origin 9.0、SPSS 20.0等软件分析病毒的碱基构成、密码子偏好性参数等。结果H7N9病毒全基因组AU含量高于GC，且AU多出现在密码子末位。2013—2020年AU含量逐渐升高，而GC含量逐渐降低。病毒有效密码子数在48.71~56.17之间，提示病毒密码子使用偏性总体较弱。有效密码子数绘图和密码子适应指数分析显示病毒密码子使用偏好受自然选择和突变压力双重影响，自然选择因素更为明显。结论人感染H7N9禽流感病毒密码子使用偏好仍处在不断适应人类宿主的演化过程中，第五波疫情及后续毒株与既往毒株相比存在更加适应宿主的变化。

简介：摘要目的从福建省2016年输入性黄热病病例标本中分离黄热病毒(YFV)并分析其生物学特征。方法将16份黄热病毒核酸阳性血清、尿液、唾液样品分别接种C6/36细胞，YFV实时荧光RT-PCR法鉴定检测培养物中特异性病毒核酸，通过高通量测序获得病毒全基因序列并绘制系统进化树。结果从1例患者发病后3天的血清样品分离到一株病毒，通过YFV实时荧光RT-PCR鉴定为YFV病毒；BLAST分析显示该毒株全基因序列与2016年我国首例输入性黄热病病例中分离得到的毒株CNYF01R/2016(KX268355)序列完全一致；系统进化树显示该毒株与1971年安哥拉流行株Angola71分属同一进化树分支，与疫苗株17D vaccine strain(X03700)存在明显的差异，表明本研究分离到的YFV毒株是属于安哥拉型YFV野毒株。结论福建省成功从2016年输入性黄热病病例样品分离到一株安哥拉型YFV毒株。

简介：摘要2016年版世界卫生组织中枢神经系统肿瘤分类推出的新脑胶质瘤诊断规范中，除了组织学类型外，分子遗传学或分子病理学成为脑胶质瘤诊断中的必要组成部分。而影像-基因组学是研究成像表型与基因表达模式之间关联性的学科，是对影像学特征和基因组学资料进行大数据整合，以影像的方式反映分子水平的变异信息，在细胞和分子水平上定性和定量地研究疾病。影像-基因组学突破了传统基于组织样本进行基因检测的局限性，将其应用于脑胶质瘤的基因诊断中是目前的研究热点。本文对影像-基因组学在脑胶质瘤诊疗中的应用和研究的进展进行综述。

简介：摘要目的探讨宏基因组二代测序(mNGS)技术检测支气管肺泡灌洗液(BALF)的病原微生物在异常肺部影像诊断中的临床应用价值。方法回顾性研究。空军特色医学中心2018年9月至2020年11月收治的58例异常肺部影像患者的临床资料，BALF均行mNGS检测和常规病原微生物检测(普通细菌及真菌培养，涂片包括：抗酸染色、Grocntt六胺银染色、吉姆萨染色，病毒核酸检测)，比较2种方法在病原检测上的特点。结果确诊为感染性肺部疾病42例(感染组)，非感染性肺部疾病16例(非感染组)，感染组BALF中的中性粒细胞百分比高于非感染组(P<0.05)；mNGS检测病原微生物的检出率(81.0%，47/58)明显高于常规方法(8.6%，5/58)，差异有统计学意义(χ2＝61.486，P<0.001)。mNGS的检测时间少于常规方法(2.00±0.01) d比(3.25±0.50) d(P＝0.002)；mNGS的检测法较常规检测法检测病原的敏感度、准确度、阴性预测值均较高，假阴性较低，88.1%比9.5%、74.1%比32.8%、54.5%比28.3%、11.9%比90.1%。结论异常肺部影像患者，mNGS检测技术检测BALF中病原微生物检出率、敏感度、准确度高，结合临床，可快速且精准诊断，阴性结果有排除感染性疾病的价值。

简介：摘要乙型肝炎病毒（HBV）是导致肝炎、肝硬化等肝脏疾病的重要病原体。HBV前基因组RNA（pgRNA）在其生命周期中发挥着重要作用，它既是翻译病毒核心蛋白和聚合酶蛋白（polymerase，P）的信使RNA，也是病毒进行逆转录的模板。作为HBV的重要结构蛋白，P蛋白和core蛋白的比例在HBV复制中受到严格调控。由于二者均由pgRNA翻译产生，且P蛋白的开放阅读框（ORF）位于核心蛋白ORF的下游，P蛋白的翻译如何启动是一个十分关键的科学问题。既往研究认为，P蛋白可能通过泄露扫描、翻译再起始等机制来启动翻译。本文通过文献阅读与推演，对HBV pgRNA选择性翻译P蛋白的机制进展进行综述，并尝试总结了起始P蛋白翻译的可能机制。

简介：摘要目的分析河南省境外输入2019新型冠状病毒(2019 novel coronavirus, 2019-nCoV)毒株的基因组进化特征及变异情况。方法纳入2020年5月至12月河南省报告的16例境外输入新型冠状病毒肺炎确诊病例，采集患者咽拭子标本送至河南省疾病预防控制中心进行全基因组测序。以全球共享流感数据倡议组织平台上公布的SARS-CoV-2 Wuhan-Hu-1作为参考序列，采用MEGA X软件进行序列比对和分析，并采用最大似然法构建系统进化树。结果16例病例中，13例来自俄罗斯，2例来自缅甸，1例来自乌克兰。共获得16条基因组长度为29 804~29 882 bp的2019-nCoV基因组序列。共检测到145个核苷酸突变位点和80个氨基酸突变位点，所有序列均存在C241T、C3037T、C14408T、A23403G核苷酸位点突变，以及刺突蛋白区D614G氨基酸位点突变。BetaCov/HEN02/Human/2020、BetaCov/HEN04/Human/2020和BetaCov/HEN05/Human/2020毒株基因组的第29704位点出现碱基A插入，所有序列均未发现缺失变异。系统进化树分析显示，16株毒株与目前流行的需关注的变异株均无相关性。结论2020年5月至12月河南省境外输入病例的2019-nCoV毒株基因组突变呈现随机性和多样性，均不属于需关注的变异株。

简介：摘要胚胎染色体异常是导致自然流产的重要因素之一，具体包括染色体数目异常和片段重复/缺失，均属于基因组拷贝数变异的范畴。流产物基因组拷贝数变异检测不仅能够检测流产物中的染色体数目异常，还能够检测其染色体片段的重复/缺失，进而揭示夫妇携带的隐匿性基因组结构变异，明确诊断，指导其选择再生育的方式和产前诊断，避免再次流产和生育染色体病患儿。在前期大量循证医学证据的基础上，经中华预防医学会出生缺陷预防与控制专业委员会遗传病防控学组、中华医学会医学遗传学分会临床遗传学组、中国医师协会医学遗传医师分会遗传病产前诊断专业委员会共同成立专家组，讨论并提出"流产物基因组拷贝数变异检测应用及家庭再生育咨询的专家共识"，旨在为流产物基因组拷贝数变异检测应用和家庭再生育的遗传咨询提供指导。