简介:【摘要】目的:探讨基因芯片在胃癌及肿瘤球细胞差异表达基因筛选中的应用价值。方法:有血清培养液的条件下、无血清培养液的条件下,分别进行人胃癌细胞HCG-27的培养,进行总RNA的提取、纯化、基因表达谱芯片杂交处理,采集芯片图像,读取和分析相关数据。结果:应用DMEM培养基,在有血清培养液培养的过程中,可见胃癌细胞HCG-27均匀生长。应用DMEM/F12培养基,在无血清培养液培养的过程中,可见致密状态肿瘤球形成。在总RNA提取后,应用基因芯片技术进行试验。经过基因表达谱芯片杂交,采集芯片图像以及读取、校正和数据,对照胃癌细胞HCG-27和肿瘤球细胞,存在差异表达基因 924条。
简介:摘要 研究表明HOX基因与白血病的发生发展有着密切联系。HOX基因与早期造血干细胞的功能有关,又参与了后期造血细胞的分化与系定向分化过程,其表达异常可导致白血病的发生。RNA干扰技术是双链RNA(double strand RNA,dsRNA)介导的序列特异性转录后引起同源靶基因表达沉默,从而阻断靶基因的表达,是一种高效的基因阻断技术。利用RNAi技术,抑制HOX基因的表达,可能成为白血病基因治疗的新途径,本文对RNA干扰HOX基因用于白血病基因治疗的研究作一综述。
简介:摘要目的结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI )网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3 481个,GSE68468数据集中DEG共7 275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26A3、NR1H4、FABP1、GUCA2A、UGT2A3、CPT2和MS4A12 9个核心基因均下调(P均<0.05),其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论CLCA1可能在结肠癌的发展中起关键作用,可作为进一步诊断和治疗的潜在生物标志物。
简介:摘要基因编辑技术是利用生物体DNA链自然解旋断裂后修复等原理而衍生出来的一种碱基对编辑技术。利用基因编辑可以很大程度上改变生物体蛋白质表达进而改变生物体的性状。因此,该技术自发明以来便备受重视。在具有广阔应用价值的同时,我们同样不应忽视其可能的发展弊端,正如“基因编辑婴儿”事件背后所反映出的伦理性、安全性等相关问题等。因此,做到对这一技术全面了解,谨慎利用才是进一步发展该技术的关键。