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16 个结果
  • 简介:本文通过使用变量重排的方法,改变了多项式环中理想的Groebner基的计算过程,得到不同的过程的计算效率也不同,因此通过这种方法应该能够找出减少计算Groebner基时间的方法.

  • 标签: Groebner基、重排、项序
  • 简介:采用密度泛函理论的B3LYP方法、从头算的MP2方法和自洽反应场极化连续模型(PCM),在6-311++G(2d,2p)基组水平上研究了N,N’-二甲基-S-异苯并呋喃在气相和溶液中发生S→N烷基重排反应的机理、溶剂效应和取代基效应.结果表明:该反应通过四元环机理和双位迁移机理生成产物,在气相和溶剂水中,双位迁移途径的能垒均比四元环途径低,反应主要通过双位迁移途径生成产物.在气相,苯环上发生-Cl,-NO2和-OCH3取代时,双位迁移途径的能垒在MP2/6-311++G(2d,2p)水平上比没有取代时分别低4.18,7.61,4.96kJ/mol,反应的取代基效应不明显.而在溶剂水中,苯环上发生-Cl,-NO2和-OCH3取代时,双位迁移途径的能垒在PCM-MP2/6-311++G(2d,2p)水平上比气相时分别低37.73,39.96和37.17kJ/mol,反应的溶剂化效应非常明显.理论研究结果与实验观察结果一致.

  • 标签: N N’-二甲基-S-异苯并呋喃 S→N烷基重排 溶剂化效应 反应机理 密度泛函理论
  • 简介:1、基因位于常染色体上的基因频率的计算[遗传平衡定律(哈代一温伯格定律)]某种基因在某个种群中出现的比例.叫做基因频率。某种基因型个体在一个群体中出现的比例。就叫做基因型频率。怎样才能知道某种基因基因频率呢?

  • 标签: 基因型频率 基因频率 计算 遗传平衡 常染色体 温伯格
  • 简介:利用ABEEMσπ浮动电荷力场与连续介质模型相结合的方法,计算了受体和配体的结合自由能.将结合自由能分解为真空中的力场作用项、溶剂化能量以及熵效应.由于ABEEMσπ/MM方法充分考虑了外界环境发生变化引起的体系中各个位点之间的电荷极化,因而极大地提高了结合自由能的计算精度.利用该方法计算的2个复合物的结合自由能与实验值的偏差均小于0.5kJ/mol.

  • 标签: 浮动电荷力场方法 连续介质模型 结合自由能 受体和配体
  • 简介:以β2肾上腺素受体(2β-AR)为模板,采用同源模建和分子动力学模拟构建了人类α1A-肾上腺素受体(α1A-AR)的三维结构模型,并利用PROCHECK,PROSA和WHAT-IF评估了模型的合理性.所得的结构采用分子对接程序Flexidock与激动剂去甲肾上腺素和拮抗剂西罗多辛分别进行对接,结果表明,2种配基具有相似的结合位点,配体可与同源模型的氨基酸残基Asp106,Ser188和Ser192产生氢键作用,进一步证实了模型的合理性.研究结果对于基于受体的α1-AR的激动剂和拮抗剂的药物开发具有理论指导意义.

  • 标签: α1A-肾上腺素受体 同源模建 分子动力学 对接 激动剂和拮抗剂
  • 简介:研究了68个TR(ThyroidHormoneReceptor,甲状腺激素受体)配体化合物的化学结构与活性的定量构效关系.采用实验室新近提出的三维原子场全息相互作用矢量,对化合物进行了结构参数化表达,采用逐步回归对变量进行筛选后,建立了定量构效关系模型.复相关系数和交互检验复相关系数R^2=0.767,Q^2=0.625(TRα),R^2=0.734,Q^2=0.61(TRβ).模型具有良好的稳定性和预测能力,证明了该三维原子场全息相互作用矢量在分子结构表征和生物活性预测上的适用性,并可应用于潜在和新型的TR配体化合物的设计和开发.

  • 标签: 三维原子场全患相互作用矢量(3D—HoVAIF) 甲状腺激素受体(TR)配体 定量构效关系(QSAR)
  • 简介:分析鉴定ApoCⅢ转基因阳性小型猪.从仔猪尾中提取基因组DNA,通过PCR和Southernblotting等手段进行鉴定;从仔猪肝、小肠、心、肾、肺、脾、胃以及皮肤等冰冻组织以Trizol法提取RNA,以RT-PCR手段进行检测分析.经过对18头仔猪进行PCR分析,显示其中的15头含有人ApoCⅢ基因,随后的测序和Southernblotting亦证实,猪的基因组中已经整合有人ApoCⅢ基因.RT-PCR证实人apoCⅢ基因已经在转基因小型猪的肝脏和小肠中进行了翻译.本研究成功制备了人ApoCⅢ转基因小型猪,可作为高脂血症与动脉粥样硬化疾病之间关系很有价值的研究模型.

  • 标签: ApoCⅢ 小型猪 转基因 鉴定
  • 简介:本文通过对蛋白质结构基因的统计分析,建立了一个较精确的蛋白质二级结构的预测方法.我们不仅给出了一套α-螺旋及β-片层的构象参数和构象势,同时也给出了一整套的结构断裂参数。本文建立的基因密码方法对α-螺旋和价片层预测的成功率分别为88.0%和86.9%。

  • 标签: 蛋白质二级结构 基因密码 Α-螺旋 片层 结构断裂 结构基因
  • 简介:构建基因调控网络是21世纪人类科学所面临的重要挑战之一。基因调控网络是一个基因组内基因相互作用而形成的关系网络,它从全基因组水平上以系统和全局的角度来研究复杂的生命现象及其本质。本文阐述了近几年来此领域的研究进展,着重介绍利用动态贝叶斯网络重构基因调控网络的若干模型,包括加权核l1模型,正则化模型、高斯混合贝叶斯网络模型和自回归时间变化模型。

  • 标签: 基因调控网络 动态贝叶斯网络 结构学习 线性高斯回归模型
  • 简介:本文从复杂网络理论出发,在分析原有乳腺癌易感基因数据的基础上,综合统计分析易感基因彼此之间的关联与乳腺癌疾病之间的关系,并以此构建乳腺癌致病基因蛋白质网络.通过计算和研究网络度,聚类系数等指标发现,此网络具有高度聚集性,即少数核心节点控制着整个网络结构的稳定性.这将为进一步研究和发现乳腺癌致病基因提供新的理论依据和方法.

  • 标签: 乳腺癌 复杂网络 蛋白质网络
  • 简介:采用PCR法获得拟南芥叶绿体核糖体psrp-3基因序列并进行生物信息学分析.根据psrp-3基因序列保守区设计2对引物,通过RT-PCR获得预期大小的基因序列,琼脂糖凝胶电泳鉴定目的片段.利用生物信息学软件对拟南芥psrp-3基因序列进行同源比对、氨基酸组成、功能域、二级结构、疏水性、蛋白质功能及系统进化分析和预测.结果表明,RT-PCR获得了一段753bp的序列,psrp-3蛋白是等电点为9.27的亲水性稳定蛋白,包含一个结构域和一个区域,α螺旋和不规则卷曲是其蛋白质二级结构的主要结构元件,β折叠和伸展链散布其中,和菠菜、葡萄、蓖麻、大豆等的psrp-3蛋白有较高的同源性.为进一步了解psrp-3基因的功能和作用机制打下基础.

  • 标签: 拟南芥 叶绿体 psrp-3基因
  • 简介:设计合成了含噻二唑的间苯二甲酰基硫脲受体,并用紫外光谱研究了其对阴离子客体的识别性能.主体1a与F^-和CH3COO^-相互作用,主体吸收光谱发生一定变化,且主体溶液的颜色也有明显变化.而与Cl^-,Br^-,I^-,HSO4^-,H2PO4^-和ClO4^-作用,吸收光谱几乎没有变化.Job工作曲线表明1a与F^-和CH3COO^-形成1:1络合物,紫外滴定光谱的结果经非线性拟合,计算出主客体结合的稳定常数.^1HNMR滴定实验进一步证明了受体分子与阴离子之间以氢键作用方式相结合.

  • 标签: 识别 紫外可见吸收光谱 络合作用
  • 简介:基因组测序是当今生物学领域的一个重要研究手段,而基因组组装是其首要问题。2014年'深圳杯'数学建模夏令营B题要求学生对一个相对短的基因组(细菌人工染色体BAC)的下一代测序数据建立基因组组装算法,并编制程序加以实现。本文对学生所提交解答的情况进行了一个简单评述。

  • 标签: 下一代测序 基因组组装 DE Bruijin图
  • 简介:本文在文献[2]的基础上研究了另一类遗传环境下的两性分支过程(其中配对单元类型多于一种且有一种类型的配对单元数仅由雌性数嚼决定)并得到了有关它们灭绝概率的一些结果。

  • 标签: 两性分支过程 灭绝概率 配对函数 伴Y基因
  • 简介:建立了用电感耦合等离子体质谱(ICP-MS)法测定转基因大豆中无机元素含量的方法,采用浓HNO3溶解转基因大豆,实验结果表明,转基因大豆中Ca、Na、K、Mg、Zn、Fe的含量比较丰富。方法灵敏可靠,测定相对标准偏差(RSD,n=6)均小于3%,方法的加标回收率在97.6%~103%,实验结果为探讨转基因大豆对人体的营养保健作用提供了参考。

  • 标签: 转基因大豆 ICP-MS 无机元素
  • 简介:利用PCR以实验室构建的原核重组表达质粒pProEX-OCIF为模板扩增得到N末端融合有6×His标签和rTEV蛋白酶识别序列的人破骨细胞形成抑制因子(OsteoclastogenesisInhibitoryFactor,简称OCIF)结构域D1~D6(简称OCIFm)编码基因片段;将其与pMD18-T连接,转化大肠杆菌TOP10,筛选得到阳性重组质粒pMD18-OCIFm,双酶切重组克隆质粒pMD18-OCIFm得到OCIFm基因片段;将其定向插入甲醇营养型酵母分泌表达载体pPIC9中,构建获得重组表达质粒pPIC9-OCIFm.测序验证后,以限制性内切酶SalⅠ线化,电穿孔转化酵母宿主菌GS115.筛选得到阳性表达菌株后,甲醇诱导表达4d,SDS-PAGE和Westernblot对表达情况进行分析和确认.所获得的OCIFm基因片段在甲醇营养型酵母中表达量占菌体总蛋白的30%以上.利用Ni-NTA树脂对表达产物进行一步亲和层析纯化.活性测定表明纯化的表达产物可诱导体外培养的成熟破骨细胞样细胞的凋亡.表达产物的生物学活性较利用原核表达系统明显提高.

  • 标签: 阳性表达 M基因 重组表达质粒 破骨细胞样细胞 表达产物 凋亡