简介：摘要转录组学作为生物表型和功能研究的重要手段，已经成为目前的热点之一。转录组学研究伴随着海量数据的产生，数据量的增加使得隐藏在其中的规律和特征不易被发现，将大数据转换为可视化图形无疑是展示数据中隐藏信息的最直观的方法。本文将对转录组学研究中韦恩图、热图、火山图、主成分分析散点图、富集分析图、时间序列分析图等常用图形进行介绍解读，以帮助读者在研究中合理运用。

简介：转录组连接基因组遗传信息与蛋白质组,也是基因功能研究的基础和出发点。单分子测序技术是近年逐渐成熟的新一代测序技术,也称为第三代测序技术,在转录组学研究方面较前代测序技术具有独到优势,应用前景广阔。在非模式植物的功能基因组学研究中,全长转录本的获得可有力地推进相应基础研究水平,而第三代测序技术为此提供了较好的解决方案。本研究就目前技术较为成熟且应用较广泛的SMRT等单分子测序技术原理进行了介绍,综述了该技术在非模式植物转录组学研究中的应用现状,对其应用前景进行了展望。

简介：地衣是真菌和一种或多种光合微生物形成的稳定的共生联合体,既是先锋生物,又是敏感生物.环境的变化及生境的片断化,使得许多地衣种类处于濒危状态.保护珍稀濒危地衣物种的方法包括地衣体的移植,地衣中菌藻的分离培养及基因组文库的构建等.本研究用改进的CTAB方法提取基因组总DNA,以Lamb-daGEM-11为载体,构建了红脐鳞(Rhizoplacachrysoleuca)的基因组文库,文库中同时含有该地衣共生菌与共生藻的DNA.该文库包含8.5×105个重组子,插入片段的平均大小为19kb.文库的容量约为红脐鳞单倍体基因组的100倍.该基因组文库的构建为保护稀有与濒危地衣物种提供了一个新的途径,并可进一步开展有关地衣的分子操作研究,如地衣冰核蛋白的异源表达等.

简介：为了从耐旱地衣漠黄梅的共生菌藻基因组中筛选功能基因,并为蛋白质类药物的基因筛选提供平台,采用改进的CTAB方法提取其总DNA,用Sau3AⅠ限制性内切酶部分酶切基因组DNA,以质粒pUC19为载体,转入大肠杆菌DH5α中,构建了漠黄梅共生菌藻的宏基因组文库。该文库包含了4.8×10^5个重组子,插入片段的平均大小为4kb,覆盖漠黄梅菌藻的整个基因组4次。

简介：摘要转录组学是一门从分子机制角度研究某一机体组织的疾病发展过程的学科。在眼科疾病的转录组学研究中，角膜、房水、晶状体、视网膜等都富含了大量遗传信息，是转录组学理想的研究对象。转录组学测序技术通过序列杂交或基因测序等研究方式应用于微生物性角膜炎、先天性白内障、葡萄膜炎、糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、视网膜色素变性等眼科疾病的基础和临床研究中，为眼科疾病的发病机制及诊疗思路提供新的方向。(国际眼科纵览，2022, 46：391－396)

简介：摘要视网膜由多类细胞组成，每类细胞都有着独特的生物学功能。即使是同类细胞，也会因遗传异质性导致细胞功能出现差异。以往传统的研究手段无法分辨这些差异，有些细胞由于缺乏特异性分子标记或数量稀缺也难以定义，阻碍了人们对这些细胞的认识及研究。随着生物技术的发展，单细胞转录组测序技术可以获得单个细胞转录组表达谱、识别细胞间异质性、鉴别细胞亚类及稀有细胞群，揭示每个细胞的转录组表达谱特征和功能差异，剖析细胞的起源、功能及变异特征。可获得与疾病相关的特征性细胞亚类及特异性差异表达基因，加深我们对疾病起因、发展的理解，也为临床诊断及靶向治疗提供帮助。

简介：摘要近年来，新型冠状病毒肺炎、流行性感冒、埃博拉出血热等病毒性疾病呈现愈演愈烈、愈发愈快的趋势。为保障人民健康和国民经济的稳定运行，研究病毒的致病机理与宿主免疫调控机制，解析病毒与宿主的基因表达调控规律，监测病原病毒与防治病毒病的重要性逐渐凸显。转录组测序是一类在RNA水平上关注基因在特定时空状态下表达特征的技术，是分析差异基因表达和研究mRNA差异剪接必不可少的工具。随着分子生物学实验技术的进步和生物信息学分析平台的成熟，转录组学研究向着低成本、低技术门槛的方向发展，逐渐从理论研究领域向临床实验室过渡，改变着临床工作人员对病毒与病毒病的传统认知，被越来越多的用于病毒转录机制、病毒与宿主的免疫互作、追踪疾病进展以及抗病毒药物研发等方面研究。本文主要对宏转录组的技术流程、常用软件以及病毒与病毒病方向的应用场景进行综述，并对细胞群转录组、单细胞转录组、单细胞核转录组以及空间转录组的方法与应用进行简要介绍，以期为病毒转录机制研究与病毒病的防控提供方法学参考。

简介：摘要近年来转录组测序（RNA-seq）技术的成熟和推广应用，为直接测序和鉴定各种可能发生的融合转录本提供了强大工具。随着大宗病例RNA-seq研究报道的增多，血液肿瘤中融合基因的真实图谱日渐清晰。文章结合第62届美国血液学会年会的报道对相关研究进展进行介绍。

简介：摘要番茄是最重要的蔬菜作物之一。该文围绕转录组学的研究方法、转录组学在番茄果实发育、繁殖机制以及抗病虫害等方面的研究进行了综述，旨在揭示植物生长与发育的基本生物学问题以及促进其在生产中的应用。

简介：【摘要】转录组测序（RNA-seq）是生物医学研究的重要手段之一，对数据进行质量控制，剔除质量异常样本，是保证生物学结果准确的必要前提。然而，现有的质量控制工具都局限于单个样本或单一数据层面，不利于分析人员多角度发现异常样本。本研究基于R语言开发了RawdataQC软件包，可以在原始数据、比对数据和基因表达谱三个层面对多个样本进行质量控制；通过可视化方法，帮助使用者综合多个数据层面发现低质量样本。本研究将助力广大临床医生和研究者开展转录组数据质量控制，为生物学结果准确提供质量保证。

简介：摘要肝细胞癌是国内常见的恶性肿瘤，其全球发病率持续上升且死亡率高。肝脏基因组的畸变会导致细胞恶性转化以及肝细胞癌的发生，这也是潜在的治疗靶点。肝细胞癌微环境中不同免疫细胞的成分如肿瘤相关巨噬细胞、中性粒细胞可以促进肿瘤进展，细胞毒性T淋巴细胞可破坏肿瘤细胞。细胞中不同的特征基因表型可以促进或抑制免疫耐受，这能够解释肝细胞癌患者对免疫治疗敏感或耐药的潜在原因，为探索新的免疫治疗靶点提供参考。进一步加深对肝细胞癌中基因组与转录组特征的认知以及认识其与免疫治疗的相关性，可为临床诊治提供新思路。

简介：为从地衣中筛选耐寒基因,采用CTAB法提取岛衣北极变种的共生菌藻中基因组DNA,经Sau3AⅠ酶切,获得26kb的DNA片段。再与经BamHⅠ酶切消化并经去磷酸化处理的质粒载体pUC19体外连接,转化至DH5α大肠杆菌（Escherichiacoli）的感受态细胞中,成功构建了岛衣北极变种的宏基因组文库。

简介：摘要：本论文以基因组学和转录组学为工具，致力于深入探究苯系物降解菌的遗传信息和代谢途径。通过对基因组的测序与组装、基因的注释与功能分析，以及对转录组的研究，全面解析了这些微生物在降解苯系物过程中的遗传机制和基因表达变化。这不仅为苯系物的环境修复提供了新的科学认识，也为未来环境治理策略的制定提供了创新性的思路和方法。         

简介：摘要单细胞转录组测序通常称为单细胞RNA测序(scRNA-seq)，是一种在单个细胞水平上测量基因表达，对其含有的转录组信息进行测序分析的方法。近年来该技术在眼科领域的应用逐渐增加，可用于视网膜或角膜细胞类型与细胞亚型的鉴定；用于研究人类视网膜的早期发育过程、细胞分化的时间进程、视网膜和视网膜类器官的形成过程。该技术也可用于眼损伤修复的分子机制研究，有助于发现年龄相关性黄斑变性、视网膜母细胞瘤等眼部疾病新的生物靶点和标记物，为其治疗提供新的方向。(国际眼科纵览，2022, 46：184-188)

简介：摘要胚胎植入依赖于良好的胚胎质量、子宫内膜容受性，及胚胎-子宫内膜间同步和谐地交流对话。相较于发展较成熟的胚胎培养技术，目前子宫内膜容受性仍缺乏有效的诊断与治疗方法，传统检测方法如胞饮突检测、组织学检测、超声等，其准确性和可重复性饱受质疑。随着组学技术的发展，利用基因表达的整体特征描述、诊疗疾病已成为可能，其在子宫内膜容受性领域也具有较大的研究和临床运用价值。本文就近年来子宫内膜容受性领域转录组学临床研究作一综述，概括子宫内膜容受性相关编码基因、非编码基因研究的基本情况及临床运用情况，为后续研究子宫内膜容受性、指导临床诊疗提供参考。

简介：摘要随着基因芯片技术、RNA测序技术等转录组学技术发展，特应性皮炎（AD）发病中重要的相关影响因素逐渐被揭示，如不同T辅助（Th）细胞的亚型以及其他免疫相关细胞如巨噬细胞、朗格汉斯细胞；在AD的瘙痒及皮肤屏障破坏方面，相关免疫细胞如Th2细胞及角质形成细胞等所释放白细胞介素4、白细胞介素13、聚丝蛋白、兜甲蛋白等活性物质的异常变化起着主要作用。同时，转录组技术已被用于分析患者治疗前后转录谱的变化从而对患者的病情和治疗效果进行评估等。本文总结近年来在AD转录组学方面的研究进展。

简介：资料文库周总理的修养要则一、加紧学习，抓住中心，宁精勿杂，宁专勿多；二、努力工作，要有计划，有重点，有条理；三、习作合一，要注意时间、空间和条件，使之配合适应，要注意检修和整理，要有发现和创造；四、要与自己和他人的一切不正确的思想意识作原则上坚决的斗...

简介：前线文库朱Ｆ基副总理谈当前热门话题最近，朱基副总理就当前人们关心的热门话题，谈了自己的看法。关于“三角债”的问题。他说，现在再用“三角债”这个说法不准确。当前不是原来的“三角债”问题，主要是旧病复发，投资规模失控；关于通货膨胀问题。他说，去年的一个失...

简介：摘要目的优化建立适合本实验室针对人源福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Paraffin-Embedded, FFPE)样本的全基因组(Genomic DNA, gDNA)文库构建方案。方法探讨并设计了在FFPE全基因组文库构建各环节优化条件，分析比较FFPE DNA文库片段大小及文库转化率，以选择最优的文库构建流程。结果最终确定DNA起始量50 ng、20 min片段化酶切时间，采用4×稀释的接头进行20 min连接，经过2次特定比例的磁珠筛选方案进行文库构建，实现片段主峰在300 bp~400 bp左右，文库转化率达60%。结论本操作流程针对FFPE样本可以保证高质量的文库构建，同时实现较高文库转化效率。

简介：水淹胁迫是植物遭受的主要非生物胁迫之一,对作物生长发育、产量、品质等都会带来严重影响,全面解析植物的耐涝机制,对选育耐涝品种具有重要意义。高通量转录组测序技术以其数字化信息、高灵敏度、广泛的检测范围及重复性好等优点,已被广泛用于生物体的多种功能研究。目前在水稻、玉米、油菜、黄瓜、大豆等多个物种中,已有从转录水平分析植物对水淹胁迫的分子响应机制相关研究报道,这对于深度解析植物耐涝的分子响应机制和加快作物耐涝品种选育具有重要意义。但目前尚未有转录组测序技术在植物水淹胁迫应用方面的综述。因此,本研究着重综述了植物水淹胁迫测序组织及时间点选择、各阶段基因表达水平、GO功能富集、小RNA的功能特征几个方面,并展望了新一代测序技术在植物抗逆机理研究中的应用前景。