简介:目的研究江苏口岸小家鼠的基因多态性和遗传进化规律,为国境口岸小家鼠的鉴定和溯源提供技术支持。方法通过基因扩增、测序和比对,研究江苏10个口岸小家鼠线粒体基因组成,结合GenBank中小家鼠线粒体基因组信息,对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育研究。结果小家鼠的线粒体全基因组序列全长约16300bp,由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区等构成。生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富,其遗传进化规律与地理位置有一定的联系,不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。结论小家鼠的种内差异程度与不同个体所处地理位置有很大联系,我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。
简介:摘要近期上海交通大学科研人员成功构建人类泛基因组分析流程的报道受到学术界广泛关注,英文论著原文发表在国际基因组学研究权威刊物《Genome Biology》(基因组生物学)上。不少学者都想了解这是一项什么新技术,特别是从事基础医学研究的科研人员更想了解这项新技术会对人类疾病研究带来什么影响。为了使生物医学领域研究人员对HUPAN开发的生物学意义有更多的了解,作者从泛基因组学分析流程的构建过程、泛基因组学研究需要的硬件条件、已经公布的人类基因组参考序列与泛基因组理念的差别、泛基因组研究将会对人类疾病研究产生的影响等多角度进行述评。
简介:摘要目的探索线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)变异与早发家族性阿尔茨海默病发病风险的相关性。方法从2014年3月至2020年4月收集到的早发家族性阿尔茨海默病家系样本中筛选出4个具有母系遗传特征的阿尔茨海默病(Alzheimer′s disease,AD)家系样本,开展mtDNA全序列测序,与修正版的剑桥参考序列比对分析。测序结果根据标准序列记录下每个样本的mtDNA变异位点及相关信息。采用最新版的mtDNA分类系统数据库进行线粒体单倍型类群分类。变异分析方法:根据系统发育树,找出枝端私有变异位点;MitoTool分析变异的保守性;再通过PhyloTree查询突变是否为其他单倍型类群的鉴定变异。通过文献和数据库查询,SIFT致病性预测软件(2015)预测分析。通过I-TASSER 预测蛋白结构,Pymol可视化蛋白结构同源模拟蛋白三级结构分析,分析结构变化。结果其中一个家系的mtDNA存在稀有非同义变异m.8978T>C,该位点保守系数1.0,致病性分数较高,蛋白结构同源模拟MT-ATP6蛋白三级结构分析,显示该蛋白支链残端的结构改变。结论mtDNA稀有非同义变异m.8978T>C可能具有潜在的致病性,可能通过线粒体的功能下降影响AD的发病。
简介:中药对众多疾病的独特疗效已为人们广泛认可,但是由于历史的局部性,其理论基础很难得到现代社会特别是国际社会公认,因此中药现代化势在必行,如何应用现代科学技术,给传统中药理论以现代科学理论解释是中药现代化的关键。本文基于现代基础组学特别是功能基因组学,现代分析化学及一些生物高技术手段的研究进展及发展趋势,从一个新的视角提出了开展“中药基因组学(TCMGenomics)”与“中药化学组学(TCMChemics)”研究的策略,这一研究体系的核心是将中药的作用机理或功能用其对能代表其功能的一组基因表达的影响来诠释;将中药作用的物质基础用能代表其功能的一组化学成分诠释,本文试图从上述观点出发探讨建立现代中药理论体系和现代中药学的可能性。