简介:利用改良的异硫氰酸胍法、改良的SDS法和改良的TRlpure试剂盒法对昆明小鼠心脏、肝脏以及肾脏进行组织总RNA的提取,比较其提取效果,结果显示,试剂盒提取效果普遍明显优于其它方法且适用于肝脏总RNA的提取,传统方法的改良适用于肾脏总RNA的提取,心脏总RNA的提取效果均不理想。
简介:摘要目的探究circ_0023990对甲状腺癌细胞放射敏感性的影响及可能机制。方法采用逆转录聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测2016年8月至2018年11月于河南省人民医院就诊的55例甲状腺癌患者[其中男12例,女43例,年龄(53.3±7.3)岁]癌组织及甲状腺癌细胞系(TPC-1、KTC-1、FTC-133和CAL-62)中circ_0023990的表达,分析癌组织中circ_0023990表达与患者临床病理特征的关系。甲状腺癌细胞TPC-1和KTC-1均分为circ_0023990小干拢RNA(sh-circ_0023990)组、无意义阴性序列(sh-NC)组、sh-circ_0023990+miR-873-5p抑制剂(anti-miR-873-5p)组、sh-circ_0023990+阴性对照序列(anti-miR-NC)组、miR-873-5p组、对照序列(miR-NC)组、miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组和miR-873-5p+pcDNA组,克隆形成实验检测细胞放射敏感性;且各组细胞用4 Gy放射线照射后,蛋白质印迹法检测细胞中γH2AX蛋白表达。双荧光素酶报告基因实验验证circ_0023990与miR-873-5p及miR-873-5p与ANXA2的靶向关系。结果circ_0023990在甲状腺癌组织表达高于正常组织(2.15±0.09比0.97±0.05,P<0.05),且其表达与甲状腺癌患者肿瘤大小、淋巴结转移及TNM分期密切相关(P<0.05)。甲状腺癌TPC-1、KTC-1、FTC-133和CAL-62细胞中circ_0023990表达高于正常甲状腺细胞HTori-3(3.16±0.38、2.63±0.28、1.82±0.24、1.71±0.22比1.00±0.10,P均<0.05)。sh-circ_0023990组TPC-1和KTC-1细胞存活分数明显低于sh-NC组(P<0.05),增敏比分别为2.482、1.643;sh-circ_0023990+anti-miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞存活分数高于sh-circ_0023990+anti-miR-NC组(P<0.05),增敏比分别为0.305、0.441。miR-873-5p组TPC-1、KTC-1细胞存活分数低于miR-NC组(P<0.05),增敏比分别为2.044、1.653;miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组TPC-1、KTC-1细胞存活分数高于miR-873-5p+pcDNA组(P<0.05),增敏比分别为0.496、0.686。4 Gy+sh-circ_0023990组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达高于4 Gy+sh-NC组(2.68±0.27比1.87±0.25,2.46±0.19比1.77±0.14;P均<0.05),4Gy+sh-circ_0023990+anti-miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达低于4 Gy+sh-circ_0023990+anti-miR-NC组(1.13±0.09比1.69±0.09,1.11±0.08比1.60±0.08,P均<0.05);4 Gy+miR-873-5p组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达高于4 Gy+miR-NC组(2.35±0.16比1.84±0.14,2.26±0.12比1.77±0.13,P均<0.05),4Gy+miR-873-5p+pcDNA-ANXA2组TPC-1和KTC-1细胞中γH2AX蛋白表达低于4 Gy+miR-873-5p+pcDNA组(1.96±0.12比2.41±0.12,1.92±0.07比2.28±0.12,P均<0.05)。circ_0023990靶向负调控miR-873-5p,而ANXA2是miR-873-5p的靶基因。结论circ_0023990在甲状腺癌组织和细胞系中呈高表达,其可能通过靶向调控miR-873-5p/ANXA2轴促进体外甲状腺癌细胞放疗抗性。
简介:摘要心血管疾病是心血管系统基因调节网络失调的结果,而非编码RNA在其发育、生理和疾病病理生理的基因表达中发挥着关键的调节作用。非编码RNA表达具有细胞和器官特异度,在多种人体组织、体液,特别是血液、尿液或脑脊液中,存在与疾病相关的非编码RNA,稳定性高,易获取和检测,对某些疾病具有高敏感度和特异度,有潜力成为心血管疾病危险分层、诊断及预后的生物标志物,目前FDA已经批准lncRNA前列腺癌抗原3应用于临床常规诊断前列腺癌。在治疗方面,已经有以miR-21和miR-34等为靶向的多种药物进入临床试验阶段,使患者结局改善并且耐受性良好。因此,非编码RNA在应用于阐明某些心血管疾病的发病机制、成为新型的生物标志物和靶向治疗药物等方面值得期待。
简介:摘要我国结直肠癌的发病率和死亡率逐年升高,目前缺乏有效无创、依从性高的结直肠癌筛查方法。粪便DNA和RNA检测是近年新兴的非侵入性结直肠癌筛查手段,尤其是粪便多靶点DNA和微小RNA(miRNA)检测具有无创无痛、敏感性高、安全方便等特点,能在很大程度上弥补传统筛查方法的不足。国外已将粪便多靶点DNA检测纳入结直肠癌的筛查指南,但其也存在特异性低、价格昂贵、癌前病变检出率低等不足。粪便miRNA检测具有敏感性和特异性较高(miR-451)、癌前病变检出率高(miR-92a)等优势,但缺乏大样本、多中心的循证医学证据支持。本文对粪便标志物DNA和RNA筛查结直肠癌进展进行综述,重点介绍粪便多靶点DNA和miRNA检测的特性。
简介:摘要目的通过分析癌症基因组图谱(TCGA)数据库,筛选胆管癌预后相关长链非编码RNA(lncRNA)GIHCG,检测其在胆管癌组织中的表达水平,探讨其临床意义。方法使用R语言的limma包分析TCGA中31例胆管癌组织和9例癌旁组织的数据,后用survival包及survival ROC包筛选与患者生存相关的差异基因表达lncRNA。通过实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)和免疫荧光原位杂交技术(FISH)检测lncRNA的表达水平,分析其与患者临床特征的相关性。采用小干扰RNA敲低lncRNA GIHCG表达水平,通过Transwell检测其对胆管癌细胞系迁移能力的影响。结果共筛选到2 970个差异表达lncRNAs,其中上调1 852个,下调1 118个。生存分析、受试者工作特征(ROC)曲线[显示lncRNA GIHCG、ROC曲线下与坐标轴围成的面积(AUC)值最大,为0.684]及与临床资料的相关性分析结果表明,lncRNA GIHCG表达与胆管癌患者淋巴结转移具有明显相关性,P<0.001。lncRNA GIHCG在胆管癌组织中的表达显著升高,与肿瘤大小和淋巴结转移密切相关。Transwell实验结果表明,lncRNA GIHCG可促进胆管癌细胞的迁移。结论lncRNA GIHCG的表达水平在胆管癌组织中显著升高,且与患者生存、淋巴结转移密切相关,有望成为新的胆管癌诊断或治疗分子标志物。
简介:摘要目的探讨微小RNA191-5p(miR-191-5p)对胃癌细胞迁移、克隆形成和增殖的影响。方法采用实时定量-聚合酶链反应(Real-time PCR)检测分析了来自山西省肿瘤医院的60例胃癌患者的胃癌组织(C组)及其癌旁正常组织(N组)中miR-191-5p的表达水平;应用pcDNA3.1载体构建过表达miR-191-5p的重组质粒(pcDNA-mRNA-191-5p),实现miR-191-5p在胃癌细胞中的过表达,用miRNA-191-5p inhibitor实现miR-191-5p在胃癌细胞中的低表达;分别用划痕愈合实验、克隆形成实验和CCK-8法检测细胞迁移、克隆形成和增殖能力;Targetscan预测miR-191-5p与周期素依赖性激酶6(CDK6)的结合位点,并通过双荧光报告基因验证;Western印迹检测miR-191-5p对p21和CDK6蛋白表达的影响。结果与N组相比,C组中有53例(88%)胃癌组织中出现miR-191-5p的表达下调;C组miR-191-5p的表达水平为0.43±0.13,显著低于N组的0.88±0.12,P<0.001,过表达miR-191-5p能显著抑制胃癌细胞的迁移、克隆形成和增殖能力,差异有统计学意义(P<0.05);双荧光报告基因证实miR-191-5p与CDK6的3′UTR结合;Western印迹显示胃癌细胞中pcDNA-miR-191-5p下调了CDK6表达而上调了p21表达。结论miR-191-5p表达下调可能参与胃癌的发生发展,过表达miR-191-5p能下调CDK6并抑制胃癌细胞生长。
简介:摘要目的探索轻症和重症流感肺炎患者外周血单个核细胞(PBMC)环状RNA(circRNA)表达谱差异。方法选取2018年12月至2019年3月北京朝阳医院感染和临床微生物科收治的轻症和重症流感肺炎住院患者各10例,采用Clariom™ D基因芯片检测两组患者PBMC中的circRNA表达谱,以差异倍数(FC)绝对值>2且P<0.05为标准筛选差异表达circRNA,进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组大百科全书数据库(KEGG)信号通路富集分析。结果轻症患者年龄[M(P25,P75)]为 62.0(34.5,69.8)岁,其中男性4例;重症患者年龄[M(P25,P75)]为50.0(37.0,60.0)岁,均为男性。共筛选出轻、重症患者PBMC差异表达circRNA 137个,其在轻症患者中表达上调和下调的个数分别为101和36个,其中上调表达最显著的是hsa_circ_0091073(FC=160.898,P<0.05),下调表达最显著的是hsa_circ_0092219(FC=-17.630,P<0.05)。GO富集分析显示,与差异表达circRNA相关的GO二级条目共111个(P<0.05);与上调表达circRNA相关的包括DNA转录模板、DNA转录模板调控、RNA聚合酶Ⅱ转录调节等;与下调表达circRNA相关的包括中细粒细胞脱颗粒、杀死其他生物的细胞和防御真菌等。KEGG信号通路分析显示,与差异表达circRNA相关的代谢通路共37条(P<0.05);与上调表达circRNA相关信号通路包括核转录因子-κB(NF-κB)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等;与下调表达circRNA相关的信号通路包括癌症的转录失调、叶酸碳库和其他类型O-聚糖生物合成等。结论轻症与重症流感肺炎患者PBMC中circRNA表达存在明显差异,可能通过多个信号通路在流感肺炎致病机制中发挥作用。
简介:摘要目的阐明高频重复经颅磁刺激(rTMS)对脑梗死大鼠认知功能的影响,通过RNA测序探索其潜在机制。方法选择30只SD雄性大鼠进行短暂性大脑中动脉闭塞(tMCAO)造模,根据Bederson评分排除10只不在1~3分的大鼠,剩余20只模型大鼠用随机数字表法分为tMCAO组(n=10)和rTMS组(n=10),另设假手术组(n=10)。rTMS组大鼠于术后第7~28天接受20 Hz rTMS干预治疗。术后第28~33天进行Morris水迷宫实验检测各组大鼠认知功能,在rTMS组和tMCAO组各取3只大鼠的梗死灶周围皮质组织进行RNA测序。结果rTMS组[(53±4)s]和假手术组[(51±5)s]的逃避潜伏期明显短于tMCAO组[(58±4)s,P<0.05];rTMS组[2.5(1.5~3.0)次]和假手术组[3.0(1.5~3.0)次]大鼠在60 s内穿越原平台的次数多于tMCAO组[1.0(0.5~1.5)次,P<0.05]。RNA测序共发现16个显著差异表达基因,包括9个上调基因和7个下调基因。GO分析结果显示,上调基因的功能主要集中于化学和金属离子稳态等过程,而下调基因的功能则主要集中于炎症反应。结论20 Hz rTMS能够显著改善脑梗死大鼠的认知功能,其机制可能与维持化学和金属离子稳态及调控小胶质细胞的极化减轻神经炎症相关。