简介:本文提出DNA序列相似度指标,建立DNA序列比对算法。首先,将水生生物DNA样本序列与现有的基因库中的DNA序列逐项比对;其次,在满足特定阈值条件下,确认样本序列的分类。利用Java编程语言来实现算法,通过MonteCarlo模拟和实际应用,验证算法的有效性。理论结果表明:在满足特定阈值条件下,通过计算DNA序列相似度,能够确定数据库中与未知DNA样本序列最相似的序列,判断样本序列的分类。模拟实验、对比研究和应用结果表明:相似度指标算法在有效判别DNA序列的分类,提高DNA序列匹配成功率,降低程序复杂度等方面具有优良特征。
简介:由于广西一些养殖场频繁发生以母猪流产、死胎、木乃伊、仔猪呼吸道症状等为特征的流行性传染病,怀疑为猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染所致.广西大学动物科学技术学院黄伟坚等从病猪中采集材料,经RT—PCR检测为硝、性后,接种于Marc-145细胞,经过六代盲传,发现典型的细胞病理变化(CPE),经鉴定为PRRSV,命名为GXA株,其毒价为105.33TCID50/mL.参考VR-2332和CH-la株基因序列,设计了3对特异性引物。分别对GXA株的E、M、N基因同时进行了RT—PCR扩增、克隆和测序.应用DNAstar生物学软件拼接得到GX丸株的E,M和N3个基因片段共长为1473bp.同源性分析表明。GXA株与VR-233、MLV和RJ-4的同源性为99.7%-100%,而与欧洲型代袭株LV的同源性只有66.4%.表明GXA与VR-233、MLV和RJ-4株亲缘关系比较密切;与欧洲代表株LV亲缘关系较最远。属于美洲型毒株,有可能来源于疫苗株.
简介:长期以来.市场上的所谓“蓝底过背”泛滥.而其中能真正称得上的“蓝底”或“过背”的只是很小一部分.能二者兼具的则更是凤毛麟角。有人认为过背金相较于红龙辨认的难度较低,事实上挑准一只优质的蓝底过背是一件非常见功力和需要勇气与运气的事情。
简介:分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallussp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。结果显示:在23尾个体中共检测到3个单倍型(Hap1、Hap2,及Hap3),其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数(0.530)和核苷酸多样性(0.00053)远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%(P〈0.05),已产生一定的遗传分化。
简介:用18~20nm胶体金标记抗哈维氏弧菌Vibrioharveyi抗体并制备金标垫,分别将羊抗兔IgG和纯化后的抗哈维氏弧菌抗体包被于NC膜上作为质控线和检测线,组装制作了哈维氏弧菌胶体金免疫层析试纸条,优化了该试纸条的制作条件,测试了其性能。结果表明:所制备的哈维氏弧菌免疫层析试纸条具有较好的特异性,与费尼斯弧菌Vibriofurnissii、维氏气单胞菌Aeromonasveronii、美人鱼发光杆菌Photobacteriumdamselae、类志贺邻单胞菌PlesiomonasShigelloides、鱼肠道弧菌Vibrioichthyoenteri、鳗利斯顿氏菌Listonellaanguillarum、迟缓爱德华氏菌Edwardsiellatarda、海豚链球菌Streptococcusiniae、嗜水气单胞菌AeromonasHydrophila等9种常见水产病原菌无明显交叉反应,检测灵敏度为3×10^5CFU/mL,5~10min即可得出检测结果,具有快速、简便、特异性强和适应基层推广应用等优点,可用于养殖鱼类病原哈维氏弧菌的现场检测。