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  • 简介:简单重复序列(SSR)广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq(specific-locusamplifiedfragmentsequencing)技术对天然群体中典型红豆进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个(43.1%)和349个(15.2%)。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明:SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆(无参基因组)SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

  • 标签: 红豆树 SLAF-seq SSR 分布 位点分析
  • 简介:为了研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征及其嫁接体的表达特征,从M9矮化砧和八棱海棠砧中克隆了YUCCA10a基因,并对该基因进行了序列分析以及不同时期2种砧木嫁接“烟富3”的定量表达分析。通过分析表明,该基因的编码序列为1149bp,推导编码382个氨基酸,预测蛋白质分子量为94285.29Da,理论等电点为5.08。实时荧光定量PCR结果表明,5月和10月份的M9矮化砧嫁接“烟富3”中YUCCA10a基因相对表达量明显低于八棱海棠砧,2种砧木嫁接的“烟富3”中YUCCA10a基因在10月份的相对表达量略高于5月份。本试验结果为研究M9矮化砧和八棱海棠砧YUCCA10a基因的结构特征和砧木对嫁接“烟富3”影响的机理方面提供理论依据。

  • 标签: YUCCA10a 苹果砧木 克隆 定量表达
  • 简介:橡胶树起源热带雨林,对低温敏感。在中国橡胶(Heveabrasiliensis)种植受到严重的低温胁迫影响,而CBF/DREB1(C-repeatbindingfactor/dehydrationresponsiveelementbindingfactor1)是低温信号通路中重要的转录因子,但目前橡胶中仅克隆到HbCBF1。本研究从橡胶中克隆出两个新的CBF家族基因HbCBF2和HbCBF3。经测序,HbCBF2和HbCBF3分别编码了234个和242个氨基酸。氨基酸序列分析表明HbCBF2和HbCBF3均含有CBF家族特有两个短肽序列包括一个保守的DNA结合结构域和NLS簇。通过构建进化发现HbCBF2、HbCBF3与HbCBF1以及拟南芥中的CBF序列同源性很高。将HbCBF2和HbCBF3构建到pGEX4T-1原核表达载体上,在Transetta(DE3)中进行表达。SDS-PAGE电泳检测它们蛋白质表达量为51.8kD和53kD,与预期一致。对蛋白的诱导条件进行优化,构建融合表达质粒pGEX4T-1-CBF2和pGEX4T-1-CBF3,在28℃、IPTG浓度为0.4mmol/L的情况下表达量最佳。实验为纯化蛋白和研究HbCBF2和HbCBF3在橡胶中的功能提供理论帮助。

  • 标签: 巴西橡胶树 CBF 原核表达
  • 简介:利用转sck基因高代稳定水稻亲本和组合为材料,研究了外sck基因的遗传表达特性。结果表明:外sck和hpt基因都能自交连锁稳定遗传到T11并表达,且连锁基因和表达活性可杂交转移到不育系和杂交组合中,外sck基因在杂种F2代以单基因显性遗传3:1的模式进行分离,但也出现自交hpt基因丢失,杂交hpt基因甚至sck基因未获得成功转移的现象。田间抗虫性观测表明,转sck基因水稻对钻蛀性螟虫抗性不足,对卷叶螟具有一定抑制作用。外sck基因在转化或杂交转育的亲本及组合中均获得表达,且具有一定的空间分布特性和基因累加效应,基本为叶片的表达活性高于叶鞘。

  • 标签: 转基因水稻 sck基因 hpt基因 遗传表达
  • 简介:以橡胶热研7-33-97花序为试验材料,分别采取3种蛋白质提取方法(TCA/丙酮法,酚抽提法和Tris-丙酮-酚法)提取橡胶花序总蛋白。对3种蛋白质提取方法的蛋白提取率、单向SDS-PAGE电泳和双向电泳结果进行分析比较,结果表明3种方法中TCA/丙酮法的提取率最高(6.09±0.22)mg/g,单向SDS-PAGE电泳条带清晰且较完整,双向电泳后获得的蛋白点最多(994±25),是建立橡胶花序蛋白质组学研究体系的较好方法。进一步对基于TCA/丙酮法提取的橡胶花序总蛋白质双向电泳体系进行优化,结果显示利用pH范围为4~7的IPG胶条,在聚焦时间为7.0×10~4Vh、蛋白上样量为1.0×10~3μg,以及12.5%凝胶浓度条件下,考马斯亮蓝染色法获得的橡胶花序蛋白质双向电泳图谱质量最好,可为橡胶生殖发育相关蛋白质组学研究奠定良好基础。

  • 标签: 橡胶树花序 蛋白组学 蛋白提取 双向电泳
  • 简介:本研究以广西野生金线莲为材料,对植株形态和授粉特性进行了观测,研究了蒴果成熟度、培养基无机盐浓度、植物生长调节剂及有机添加物对无菌播种萌发的影响。结果表明:广西金线莲植株外形优美,人工授粉结实率达到84.8%;蒴果成熟度对灭菌消毒和种子萌发有显著影响,授粉后生长75~90d的蒴果为最佳外植体材料;相较于MS和1/4MS,1/2MS培养基上种子萌发最快;培养基中细胞分裂素6-BA、ZT和KT对种子萌发的作用不明显,生长素NAA为0.3mg/L时对种子萌发有明显的促进作用;添加香蕉汁对种子萌发及之后的生长具有显著促进效果。

  • 标签: 广西金线莲 种源特性 无菌播种 萌发
  • 简介:在植物体胚发生过程中愈伤组织里存在着复杂的生化反应,不同的愈伤组织有着不同的生理生化特性。用MS培养基对楸幼嫩种子进行培养,诱导产生出三种类型的胚性愈伤组织和一种非胚性愈伤组织,以此作为实验材料。对可溶性蛋白、可溶性糖和游离脯氨酸的含量进行测定分析,研究楸胚状体形成过程中三种类型的胚性愈伤组织之间以及胚性愈伤组织和非胚性愈伤组织之间的生理生化差异。结果表明,可溶性蛋白和游离脯氨酸在楸胚性愈伤组织中的含量都远远高于其非胚性愈伤组织;而楸胚性愈伤组织的可溶性糖含量均显著低于其非胚性愈伤组织。并且可溶性蛋白、可溶性糖和游离脯氨酸的含量在楸不同类型的胚性愈伤组织之间存在差异。

  • 标签: 楸树 胚性愈伤组织 非胚性愈伤组织 生理生化差异
  • 简介:随着转基因作物在全球范围内的广泛应用,转基因作物的环境安全性问题日益受到重视,科研工作者们对此开展了大量的研究工作。本文对近年来这方面的研究成果进行了综述,主要内容包括:1)转基因作物的杂草化问题,这里面又包含两层含义,一是转基因作物自身的杂草化问题,多数研究表明转基因并没有提高作物的生存竞争能力,在没有选择压力的自然条件下,即使转入了抗病抗逆基因,转基因植株的生存竞争能力也没有增加,因此杂草化的可能性很小:二是转基因作物通过基因漂移使得同种或近缘野生种或得某种抗性而成为更加难以防除的“超级杂草”,由于不同植物种间杂交能力不同,外基因转移并稳定遗传的几率受到多种因素的影响,不同作物的风险性也不同,因此必须经过长期的监测才能得出科学的结论;2)转基因作物对作物遗传多样性、物种多样性及生态系统多样性的影响:多数观点认为转基因作物会通过基因漂移,外来基因在农家品种或野生种中固定及其竞争优势导致遗传多样性减少乃至丧失,也有观点认为,从长远看,转基因作物将会增加作物的生产力,从而少用农田,少用农药,有助于保护生物多样性;转基因作物对物种多样性的影响正反两方面的报道均有,有待进一步的研究,尤其是研究分析方法亟待规范;转基因作物对生态系统多样性的影响仍在研究争论之中,尚无定论。

  • 标签: 转基因作物 环境安全 杂草化 基因漂移 生物多样性
  • 简介:转基因菊花在生产应用中具有良好的前景,而未知的环境安全性严重制约其发展。对转Vgb基因菊花开展连续两年的中间试验,在栽培管理条件一致、安全防护措施严格的前提下,转基因菊花T0代,T1代外标记基因PMI和目的Vgb经PCR技术检测均稳定存在,周边杂草及非转基因菊花尚无基因漂移现象发生,越冬越夏能力相对对照不显著。本实验说明试验地内转基因菊花外基因在两年内仍稳定存在于基因组中,而且尚未发生基因漂移的可能,其微弱的生长竞争力转变为杂草的可能性极低。

  • 标签: 转基因菊花 中间试验 稳定性 安全性
  • 简介:鲜切果蔬因其新鲜营养、方便而日益受到消费者的青睐,具有广阔的发展前景。由微生物引起的腐败变质及食源性疾病是影响鲜切果蔬质量与安全的重要因素,控制鲜切果蔬的微生物污染能够促进鲜切果蔬加工业健康稳定的发展,适当的气调包装(MAP)技术能有效的控制致病微生物繁殖,延长其货架期寿命。本综述介绍了气调包装技术以及气调包装对鲜切果蔬主要病原菌控制研究进展,同时展望了MAP技术在鲜切果蔬贮藏保鲜方面的发展趋势,为今后鲜切产业包装及贮藏方面研究提供参考。

  • 标签: 气调包装 鲜切果蔬 微生物
  • 简介:近年来,抗除草剂转基因作物的研究取得了一些进展。本文简述了抗除草剂转基因作物的发展历史以及除草剂的作用机理,分别介绍了抗EPSPS抑制剂基因、抗ALS抑制剂基因、乙酰CoA转移酶基因、阿特拉津氯水解酶基因、细胞色素P450基因和原卟啉原氧化酶基因这6类抗除草剂基因的来源,抗性机理以及目前它们在转基因水稻上的应用。最后,对转基因水稻的食用安全性,转基因释放、飘移对生态的影响进行了探讨,并对转基因水稻的未来发展进行了展望。

  • 标签: 转基因水稻 抗除草剂基因 研究进展 安全性与风险
  • 简介:基于转基因作物的安全性考虑,在用于转化的表达载体上除了含有目的基因以及控制该目的基因表达的启动子和终止子外,最好不存在其它有可能存在安全性争议的DNA序列,由此培育的转基因植物可能将更易于被消费者所接受。本研究以pCAMBIA1300载体为基础,基因操作去除pCAMBIA1300质粒上的潮霉素抗性基因和花椰菜花叶病毒的35S启动子序列,构建了两种只含有水稻蜡质基因启动子引导蜡质基因反义片段的表达载体,p13AWY-1和p13AWY-2。其中p13AWY-1表达载体含有一个由水稻蜡质基因启动子、第一内含子、反义蜡质基因(Waxypro+intron1+anti-Waxy)的融合基因单元;而p13AWY-2表达载体含有两个正向排列的Waxypro+intron1+anti-Waxy融合基因单元。我们通过构建水稻反义蜡质基因安全性表达载体,试图为植物安全性表达载体的构建提供一种思路,为今后大规模商业化采用转基因技术改良农作物遗传特性提供安全的转基因方法。

  • 标签: 转基因植物 植物表达载体 生物安全性 35S启动子 抗生素标记 水稻
  • 简介:为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

  • 标签: 太子参 SSR 转录组 位点信息
  • 简介:为探索白刺花(Sophoraviciifolia)硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr(NCBInonredundantproteinsequences)、Nt(NCBInucleotidesequences)、Pfam(proteinfamily)、KOG/COG(euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups)、Swiss-Prot(Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase)、KEGG(kyotoencyclopediaofgenesandgenomes)和GO(geneontology)分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释:并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。

  • 标签: 白刺花 转录组 硬实 高通量测序
  • 简介:根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM(hiddenmarkovmodel)模型,在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化分析表明,57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类,而MIKC^+型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因(如AP1,AG,AP3和PI等)和重要的控制开花时间的基因(如SVP和SOCl)在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明,大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序,还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守,多数基因具有7~8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。

  • 标签: 大豆 MIKC型MADS—box 保守基序
  • 简介:NAC转录因子在植物逆境应答中具有重要的作用。本研究从番茄中克隆了一个NAC基因SlNAC71。该基因编码区长1059bp,编码352个氨基酸,预测分子量约为39.51kD,等电点为8.40。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。SlNAC71基因序列具有miR164靶序列识别位点。亚细胞定位预测SlNAC71蛋白定位于细胞核。进化分析发现,SlNAC71和AtNAC分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中SlNAC71都有表达,在叶中表达量最高,在茎中表达量最低。SlNAC71基因的表达受高盐诱导,说明番茄SlNAC71基因可能参与番茄对高盐胁迫的应答。

  • 标签: 番茄 SlNAC71 克隆 表达分析
  • 简介:本研究借助近红外光谱分析技术对100个南方花生区试品种的粗脂肪、蛋白质、脂肪酸和氨基酸含量等21个品质性状进行测定,结果表明,供试品种的粗脂肪含量平均为51.37%,蛋白质为26.31%,总氨基酸为22.611%,油酸为44.84%,亚油酸为34.05%。主成分分析表明,21个品质性状可综合成3个主成分,分别为蛋白质和氨基酸因子、不饱和脂肪酸因子和粗脂肪因子,反映了原始数据信息量的74.47%。聚类分析表明,100个花生品种可划分为4大类,各类别间品质存在不同差异。利用主成分分析和聚类分析进行花生品质的综合评价,可避免单一指标的片面性和不稳定性,为花生亲本的利用和品质育种提供重要的科学依据。

  • 标签: 花生 品质性状 主成分分析 聚类分析
  • 简介:龙血树是热带、亚热带地区所特有的珍稀植物,是著名民间药物“血竭”的重要原料。该药在我国中药材市场中占有重要的地位。目前血竭的生产是从多年生的龙血树上取其带脂茎杆提炼而成,该法需要大量的原材料,不断的砍伐已使其资源面临枯竭的威胁,现其己被列为国家三级保护的濒危植物。如何有效地开发和利用龙血树这一宝贵的资源,使其得到可持续和高效的利用是目前研究的一个重要方向。本研究以经诱导物诱导处理刚产生血竭和未经诱导物处理的海南龙血树(DracaenacambodiannPierreexGagnep)组培苗为材料,利用抑制消减杂交(supressionsubtractivehybridization,SSH)技术构建了龙血树血竭生物合成相关基因的差减cDNA文库,采用PCR方法筛选差减文库获得431个重组子。随机挑取200个克隆经ReverseNorthernBlot筛选剔除假阳性后,共获得59个差异较明显的阳性克隆,测序后得51条差异片段,通过BLASTn和BLASTx进行比较分析,结果表明:分离到与信号转导相关的cDNA片段5个,转录翻译相关蛋白cDNA片段5个,物质能量代谢酶类cDNA片段12个,另外有23个克隆在GenBank中均未发现显著相关的同源序列,推测它们可能是功能未知的新基因或是靠近3--末端的基因片段,因保守性较低,难以通过同源比较推测其功能。

  • 标签: 海南龙血树 血竭 抑制差减杂交
  • 简介:鉴于泛素与植物受高温等环境胁迫下产生的一些诱导型蛋白降解有关,本研究根据擎天凤梨Ostara早期花器的全长cDNA文库,经大规模随机测序及重叠群(contigs)内EST序列的拼接,获得了擎天凤梨多聚泛素基因全长cDNA序列(GenBank登录号:GQ890686),序列长1896bp,开放阅读框长1323bp,编码441个蛋白氨基酸残基,蛋白质分子质量为49.3kD,等电点pI为6.59。蛋白二级结构预测显示,该蛋白主要由随机卷曲、延伸链、α螺旋和β-转角组成;系统进化分析表明与拟南芥推定的多聚泛素UBQ10(gi|23397122|gb|AAN31845.1|)亲缘关系最近;经推断它是由5个单体泛素组成的多聚泛素。本研究有助于进一步探讨该基因在低温胁迫下的反应机理以及如何采用分子调控手段增强擎天凤梨的耐低温能力。

  • 标签: 擎天凤梨 泛素 克隆 序列分析
  • 简介:本实验在形态学分析的基础上,采用5对中国传统菊花的芽变品种和2组形态相似品种,运用随机扩增DNA多态性(randomamplifiedpolymorphicDNA,RAPD)分子标记方法对其进行了品种鉴定。通过反复试验,建立了稳定的RAPD反应体系;从22个20碱基随机引物中筛选出4个高效引物,扩增出13条带,扩增的多态性片段多在501~1000bp之间,其中有2个引物(ch1.21和ch1.25)能将试验中的7组材料全部清楚地区分开。研究结果表明:4个高效引物的RAPD分析能够有效地将选定的样本区分开。因此作者提出RAPD分析方法可以应用到菊花芽变及相似品种鉴定中。这就为进一步开发更多RAPD随机引物,开展菊花的品种鉴定和保护工作提供了参考资料。

  • 标签: 菊花 芽变 相似品种 RAPD