简介：目前，在铁皮石斛多糖的研究主要集中在多糖的结构、生物活性等方面，对多糖合成相关基因研究较少，本研究通过对‘红鑫1号’铁皮石斛幼苗期和二年生植株以及‘红鑫6号’铁皮石斛二年生植株叶、茎、根三部位蔗糖合成酶基因进行RT-PCR扩增与测序，发现‘红鑫1号’与‘红鑫6号’铁皮石斛的蔗糖合成酶前体mRNA存在拼接差异的现象，主要形成三种不同的mRNA转录本，其翻译得到的蔗糖合成酶，结构功能没有改变；分析序列的可变剪切的差异；同时对铁皮石斛叶、茎、根嬲的表达量进行半定量RT-PCR检测，蔗糖合成酶基因在植株中不同部位表达量不同，其表达模式表现为茎〉叶〉根。本研究为铁皮石斛蔗糖合成酶基因功能研究提供了科学依据。

简介：磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶是（phosphoenolpyruvatecarboxylase，PEPC）是C4光合途径的关键酶之一。为了解籽粒苋PEPC基因密码子的使用特性，运用CHIP、CUSP、CodonW和SPSS软件分析籽粒苋PEPC基因密码子的偏好性，并分别与其他24种物种PEPC以及模式生物基因组进行比较。结果显示，籽粒苋PEPC基因偏好使用A～T结尾的密码子，26种偏好密码子（RSCU〉1）qh偏好性较强的有GCT、CTC和GTG（RSCU较强）。与其他物种同源基因相比，密码子选择偏性存在差异。进化树分析表明，基于雎PC基因编码序列聚类结果比密码子使用偏性分类结果能更准确地反映物种间的亲缘关系；密码子使用频率比较结果发现，酵母真核表达系统更适用于籽粒苋PEPC基因异源表达实验，而籽粒苋PEPC基因与模式植物基因组之间密码子使用偏性差异较小，尤其番茄可能为该基因转基因研究最为理想的受体。本研究为籽粒苋PEPC基因在作物高光效基因工程中选择最佳的外源表达系统以及提高其表达水平提供了前期的研究基础。

简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：番茄的颜色和色素含量是决定果实品质的两个重要特性。在本研究中,使用绿色和紫色番茄植株分别作为母本和父本,分别产生了6个遗传群体,即P1、P2、F1、BC1、BC2和F2。通过数量性状的多代联合分析研究果实颜色和色素含量的遗传规律。结果表明,绿色和紫色果之间的果实颜色的最佳遗传模型为MX1-AD-ADI。BC1、BC2和F2代色度值的主基因遗传率分别为82%、59%和77%,多基因遗传率分别为8%、10%和13%。番茄红素含量的遗传符合MX2-ADI-AD模型,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为64%、74%和93%,而多基因的遗传率分别为20%、0%和0%。叶绿素的遗传模型为MX1-AD-ADI,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为59%、74%和59%,多基因的遗传率均为0%。胡萝卜素的遗传符合MX2-ADI-ADI模型,BC1、BC2和F2的主基因遗传率分别为76%、4%/5%和54%,而多基因的遗传率分别为0%、0%和13%。

简介：腐霉根腐病严重影响着大豆种子发芽和植株的生长,谷胱甘肽转移酶是植物与生物胁迫和非生物胁迫相互作用的主要酶,在失活有毒化合物,保护植物细胞免受氧化损伤等方面扮演着十分重要的角色。本研究从腐霉菌侵染的抗病大豆灰不支黑豆中分离出GmGST26基因,采用生物信息学方法对大豆GmGST26的序列特征、结构、大豆GmGST家族基因的进化关系及表达数据进行分析;利用荧光定量PCR技术和DGE表达谱数据分别对GmGST26基因在不同抗病品种中的表达特点及在抗病大豆互作过程中的表达模式进行分析。研究结果表明,腐霉菌侵染大豆后GmGST26基因上调表达,GmGST26编码225个氨基酸,等电点为6.92,具有明显的GSTs蛋白的典型结构域,属于GSTs家族中Tau亚家族,与GmGST7的相似性为98.22%,属旁系同源基因。组织特异性表达分析,主要在根部表达,其次为花,该基因在腐霉菌、疫霉菌与大豆互作过程中的表达模式为应激反应上调基因,且防卫反应负调控。

简介：阳现蕾起观测＂紫红龙＂火龙果花蕾发育的动态变化,采集从现蕾期起1至13天的花蕾,通过电子显微镜观察火龙果小孢子在不同发育时期的外部形态结构特征及细胞学特征变化,为花药或小孢子培养提供细胞学依据和最佳取材时间,以期建立高效、稳定的火龙果花药或小孢子组织培养体系。结果表明,火龙果小孢子发育经历了四分体时期、单核早期、单核靠边期和双核期,最后发育为成熟花粉粒,每个时期具有明显不同的形态特征;火龙果小孢子发育时期与花蕾的大小和花药的长度紧密相关。火龙果花蕾纵径在5.5~6.0cm,横径在2.5~3.2cm,绝大数小孢子发育至四分体时期,此时对应的花蕾发育天数约为4d;花蕾纵径在6.8~7.6cm,横径在3.0~3.4cm,绝大数小孢子发育至单核早期,此时对应的花蕾发育天数约为5d;花蕾纵径在8.1~8.6cm,横径在3.3~3.9cm,绝大数小孢子发育至单核靠边期,此时对应的花蕾发育天数约为6d;双核期时,花蕾纵径在8.9~10.5cm,横径在3.8~4.4cm,对应的花蕾发育天数约7~8d。因此,可以根据火龙果花蕾的形态、大小和花药发育时期,从而确定小孢子最佳培养时期对应的选蕾标准。

简介：为丰富太子参分子标记库、开发太子参SSR标记、寻找有效的太子参种源鉴定方法。本研究运用MISA、Primer3等分子生物学分析工具,从太子参转录组中搜索获得11297个SSR位点,其出现频率为8.87%,分布距离为平均每10kb有1.47个SSR位点,其中主要重复类型是单核苷酸重复;11297个SSR位点中不同核苷酸基序类型的SSR有259种,主要以单核苷酸重复基序A/T为主,其次是三核苷酸重复基序AAT/ATT。在此基础上设计、筛选得到16821对特异性引物,其中针对高多态性SSR序列的引物有8706对,随机挑选其中的20对引物对来源于贵州、江苏、福建的6个太子参样品DNA进行PCR扩增,其扩增成功率达70%~80%。太子参转录组SSR分布密度大、类型丰富、多态性潜能高、通用性好,可为开发太子参功能性标记提供前期基础,在太子参种质资源评价和优质种源筛选等方面具有极大的开发价值和良好的应用前景。

简介：为探索白刺花（Sophoraviciifolia）硬实形成的相关机制,采用IlluminaHiSeqTM2000高通量测序技术对白刺花种子转录组进行测序,利用Trinity软件将数据组装形成转录本,对所有转录本进行Nr（NCBInonredundantproteinsequences）、Nt（NCBInucleotidesequences）、Pfam（proteinfamily）、KOG/COG（euKaryoticorthologgroups/clustersoforthologousgroups）、Swiss-Prot（Amanuallyannotatedandreviewedproteinsequencedatabase）、KEGG（kyotoencyclopediaofgenesandgenomes）和GO（geneontology）分类和功能注释、Pathway注释,并对种子形成的代谢通路中的相关基因进行了分析。转录组共获得了333339724条初始序列,总长为335557bp,初始序列组装获得序列片段的平均长度与N50值分别为282bp和537bp;与KOG功能注释、GO分类及KEGG代谢通路分析后,获得了44840个GO功能注释、46126个KOG功能注释以及89494个PFAM注释：并从KEGG通路中找到有色氨酸代谢、半胱氨酸和甲硫氨酸的代谢途径的编码基因片段分别有66和37个。

简介：根据拟南芥的MIKC型MADS—box蛋白序列构建HMM（hiddenmarkovmodel）模型，在大豆基因组中确定了57个MIKC型MADS-box同源基因。分子进化树分析表明，57个大豆MIKC型MADS-box基因分为14个亚类，而MIKC^＋型基因又分为两个进化支。控制花形态建成的ABCDE同源异型基因（如AP1，AG，AP3和PI等）和重要的控制开花时间的基因（如SVP和SOCl）在大豆基因组中表现出多拷贝的特征。MEME和SMART分析表明，大豆和拟南芥MIKC型MADS—box基因具有保守的MADS和K-box基序，还有一些亚类具有特异的基序。MIKC型MADS—box基因结构较为保守，多数基因具有7～8个外显子。本研究得到的MIKC型MADS—box基因为下一步研究大豆花形态建成和开花时间调控的分子机制提供了重要参考依据。

简介：NAC转录因子在植物逆境应答中具有重要的作用。本研究从番茄中克隆了一个NAC基因SlNAC71。该基因编码区长1059bp,编码352个氨基酸,预测分子量约为39.51kD,等电点为8.40。推测的氨基酸序列中含有1个高度保守的NAM结构域。SlNAC71基因序列具有miR164靶序列识别位点。亚细胞定位预测SlNAC71蛋白定位于细胞核。进化树分析发现,SlNAC71和AtNAC分为一个分支。组织特异性表达模式分析表明在检测的所有组织中SlNAC71都有表达,在叶中表达量最高,在茎中表达量最低。SlNAC71基因的表达受高盐诱导,说明番茄SlNAC71基因可能参与番茄对高盐胁迫的应答。

简介：本研究借助近红外光谱分析技术对100个南方花生区试品种的粗脂肪、蛋白质、脂肪酸和氨基酸含量等21个品质性状进行测定，结果表明，供试品种的粗脂肪含量平均为51．37％，蛋白质为26．31％，总氨基酸为22．611％，油酸为44．84％，亚油酸为34．05％。主成分分析表明，21个品质性状可综合成3个主成分，分别为蛋白质和氨基酸因子、不饱和脂肪酸因子和粗脂肪因子，反映了原始数据信息量的74．47％。聚类分析表明，100个花生品种可划分为4大类，各类别间品质存在不同差异。利用主成分分析和聚类分析进行花生品质的综合评价，可避免单一指标的片面性和不稳定性，为花生亲本的利用和品质育种提供重要的科学依据。

简介：龙血树是热带、亚热带地区所特有的珍稀植物，是著名民间药物“血竭”的重要原料。该药在我国中药材市场中占有重要的地位。目前血竭的生产是从多年生的龙血树上取其带脂茎杆提炼而成，该法需要大量的原材料，不断的砍伐已使其资源面临枯竭的威胁，现其己被列为国家三级保护的濒危植物。如何有效地开发和利用龙血树这一宝贵的资源，使其得到可持续和高效的利用是目前研究的一个重要方向。本研究以经诱导物诱导处理刚产生血竭和未经诱导物处理的海南龙血树（DracaenacambodiannPierreexGagnep）组培苗为材料，利用抑制消减杂交（supressionsubtractivehybridization，SSH）技术构建了龙血树血竭生物合成相关基因的差减cDNA文库，采用PCR方法筛选差减文库获得431个重组子。随机挑取200个克隆经ReverseNorthernBlot筛选剔除假阳性后，共获得59个差异较明显的阳性克隆，测序后得51条差异片段，通过BLASTn和BLASTx进行比较分析，结果表明：分离到与信号转导相关的cDNA片段5个，转录翻译相关蛋白cDNA片段5个，物质能量代谢酶类cDNA片段12个，另外有23个克隆在GenBank中均未发现显著相关的同源序列，推测它们可能是功能未知的新基因或是靠近3--末端的基因片段，因保守性较低，难以通过同源比较推测其功能。

简介：鉴于泛素与植物受高温等环境胁迫下产生的一些诱导型蛋白降解有关,本研究根据擎天凤梨Ostara早期花器的全长cDNA文库,经大规模随机测序及重叠群（contigs）内EST序列的拼接,获得了擎天凤梨多聚泛素基因全长cDNA序列（GenBank登录号：GQ890686）,序列长1896bp,开放阅读框长1323bp,编码441个蛋白氨基酸残基,蛋白质分子质量为49.3kD,等电点pI为6.59。蛋白二级结构预测显示,该蛋白主要由随机卷曲、延伸链、α螺旋和β-转角组成;系统进化树分析表明与拟南芥推定的多聚泛素UBQ10（gi｜23397122｜gb｜AAN31845.1｜）亲缘关系最近;经推断它是由5个单体泛素组成的多聚泛素。本研究有助于进一步探讨该基因在低温胁迫下的反应机理以及如何采用分子调控手段增强擎天凤梨的耐低温能力。

简介：本实验在形态学分析的基础上，采用5对中国传统菊花的芽变品种和2组形态相似品种，运用随机扩增DNA多态性（randomamplifiedpolymorphicDNA，RAPD）分子标记方法对其进行了品种鉴定。通过反复试验，建立了稳定的RAPD反应体系；从22个20碱基随机引物中筛选出4个高效引物，扩增出13条带，扩增的多态性片段多在501～1000bp之间，其中有2个引物（ch1．21和ch1．25）能将试验中的7组材料全部清楚地区分开。研究结果表明：4个高效引物的RAPD分析能够有效地将选定的样本区分开。因此作者提出RAPD分析方法可以应用到菊花芽变及相似品种鉴定中。这就为进一步开发更多RAPD随机引物，开展菊花的品种鉴定和保护工作提供了参考资料。

简介：通过利用新一代高通量测序手段——转录组测序（RNA-Seq）技术研究巴西蕉（Musaparadisiaca）叶片在60mmol/LNaCl人工模拟盐胁迫0、12h、24h不同时间点的转录组分析。结果表明：盐胁迫12h上调和下调的DEGs（differential-expressedgenes）分别为2938个和2727个;24h分别有834个和893个。GO富集分析,差异基因主要在细胞过程、代谢过程、刺激响应、结合以及催化活性等。KEGG分析,差异基因主要涉及代谢途径、光合作用、黄酮类生物合成、苯丙素生物合成等。通过GO和KEGG显著性富集分析发现,NaCl胁迫12h后差异表达的基因数明显多于24h胁迫后的差异基因表达数。qRT-PCR验证了DEGs的表达趋势与RNA-Sep测序分析结果的一致,证明了RNA-Sep结果的准确性。本研究通过香蕉叶片转录组分析,为研究香蕉耐盐分子机制提供参考。

简介：培育高产稳产、对环境钝感的优质杂交稻新组合已成为当前水稻育种的重要目标；近年高温造成水稻结实率显著下降而导致产量的严重损失，水稻耐热性的改良也日益迫切。本研究用一个籼粳交重组自交系群体构建遗传连锁图谱，图谱拟合157个SSR标记位点，覆盖水稻基因组2352．62cM，标记间平均遗传距离14．89cM。以常温和高温结实率的差值作为耐热指数，采用复合区间作图法，对水稻抽穗扬花期的耐热性进行了QTL分析，在第2、3、5连锁群上检测到3个新的耐热QTL。贡献率为：6．59％、10．72％和10．7％，联合贡献率为28．01％。

简介：为了利用关联分析发掘与重要农艺性状相关的数量性状基因位点，本研究采用全基因组扫描的方法，利用分布在基因组上的60对SSR引物，对140份东北三省水稻种质资源进行群体结构和连锁不平衡分析。结果表明：本研究中东北粳稻可分为2个类群，线性和非线性组合中，都有一定的连锁不平衡存在。群体中，19．2％的标记位点可以观察到显著的LD（P〈0．05），其中第一类群和第二类群基于D’统计概率（P〈0．05）支持的LD成对位点比例分别为2．1％和16．6％。第2类群连锁不平衡衰减（D’〈0．5）所延伸的遗传距离变幅为0．32—120．4cM，回归方程为：y=-0．0276ln（x）＋0．3994。

简介：为了找出差异基因用于高油酸油菜育种，对两个油酸含量不同的高油酸油菜材料（油酸含量分别为84．4％和56.2%）成熟期种子进行转录组分析和实时荧光定量PCR分析。IlluminaHiseq，M2000测序得到8．09Gbcleanreads，组成52361个unigene，平均长度为659bp。比对公共数据库得到48911f93．41％）个氨基酸序列。鉴定出6414个在高油酸油菜和低油酸油菜中差异显著的基因，这些基因有1296个在高油酸油菜中上调表达（20．21％），5118个下调表达（79．79％），共有2043个差异基因在119个代谢通路中富集表达。将其中14个与脂肪酸代谢和光合作用相关基因进行荧光定量PCR验证。Bna0799930，Bna0104450和Bna0305890在高油酸油菜中上调表达，其余的下调表达。Bna0501620，Bna0391450和Bna0084310在高油酸油菜中的表达量超过低油酸油菜中表达量2倍以上，分别为4．48倍，4．21倍和2．26倍。这些新发现的差异基因可用于高油酸油菜分子育种研究。

简介：对甜玉米自交系1132种子经过空间诱变的材料进行表型鉴定和自交繁殖,在SP2代植株发现穗行数、穗粗、穗轴粗和穗粒重等产量性状上出现变异的果穗,通过连续自交获得穗行数、粒深、穗粗比对照明显增大的稳定变异株系,其根系也明显发达。利用分布在10条染色体的198对引物对16份稳定变异株系的进行SSR多态性分析,发现32对引物存在多态性,变异座位在玉米基因组10条染色体均有分布,但在第3、第4、第8、第9等4条染色体的变异座位明显较多,占总变异座位的69.7%。

简介：本研究通过3年4环境的田间试验,在BIL（backcrossinbredlines）群体中选取断裂比强度最大的材料NMGA-062（32.5cN/tex）和断裂比强度最小的材料NMGA-144（26.67cN/tex）,利用Affymetrix棉花基因芯片,比较分析NMGA-062和NMGA-144纤维发育10d时的基因表达谱。在24029条转录本中,两个基因型中差异表达的转录本6504条,占筛选转录本总数的27.07%;其中差异表达倍数在2倍或2倍以上的转录本有3461条,占筛选转录本总数的14.41%,对其进行功能分类。对8个差异表达明显的基因（Ghi.10655.1.S1_s_at,ACO1,ARF1,SAHH,TUA6,TUA7,β-tub1,β-tub10）进行实时荧光定量PCR的检测,发现表达模式均与芯片结果一致,说明芯片数据具有生物学意义上的可重复性,结果是可信的。本研究为以后克隆及功能验证纤维发育相关基因提供了重要参考。