简介:摘要目的检测真核翻译起始因子4γ1(EIF4G1)在胰腺癌中的表达,并探究其促进胰腺癌细胞增殖的相关机制。方法利用在线数据库分析EIF4G1在肿瘤中的表达量与预后意义;实时荧光定量聚合酶链式反应检测人胰腺癌细胞系的EIF4G1表达水平。慢病毒转染构建EIF4G1低表达细胞系,分别为敲减#1,敲减#2与对照;慢病毒转染构建EIF4G1过表达细胞系,为过表达与空载;细胞计数试剂盒(CCK-8)实验与克隆形成实验检测胰腺癌的增殖能力;蛋白印迹法检测EIF4G1敲减后哺乳动物雷帕霉素靶蛋白信号(mTOR)通路的变化,组间比较选择t检验。结果多个数据库显示EIF4G1在胰腺癌中表达量升高,与胰腺癌的不良预后有关;低表达组PANC-1在第5天的吸光度显著低于对照组(0.85±0.03、0.92±0.05比1.35±0.04,t=22.160、14.670,P<0.01);低表达组PA-TU-8988T在第5天的吸光度显著低于对照组(1.00±0.05、0.99±0.04比1.99±0.07,t=26.740、29.390,P<0.01);低表达组PANC-1的克隆形成数目著低于对照组(91.00±7.55、107.00±7.00比147.70±21.83,t=4.250、3.070,P<0.05),低表达组PA-TU-8988T的克隆形成数目著低于对照组(137.00±16.09、147.30±13.50比222.70±18.50,t=6.050、5.700,P<0.01);过表达组MIA PaCa-2在第5天的吸光度显著高于对照组(1.55±0.14比1.21±0.10,t=4.360,P<0.01);过表达组BxPC-3在第5天的吸光度显著高于对照组(1.03±0.01比0.69±0.07,t=10.840,P<0.01);过表达组MIA PaCa-2的克隆形成数目显著高于对照组(127.30±14.57比81.33±10.26,t=4.470,P<0.05);过表达组BxPC-3的克隆形成数目显著高于对照组(105.70±13.58比47.00±7.55,t=6.540,P<0.01)。低表达组PANC-1细胞的p-mTOR含量低于对照组PANC-1细胞(1.00±0.12比0.55±0.19、0.54±0.19,t=3.480、3.450,P<0.05);低表达组PA-TU-8988T细胞的p-mTOR含量低于对照组PA-TU-8988T细胞(1.00±0.05比0.57±0.14、0.49±0.09,t=5.140、8.410,P<0.01)。结论EIF4G1在胰腺癌中上调,可能通过mTOR通路促进胰腺癌的增殖。
简介:摘要目的探讨Toll样受体9(TLR9)信号通路激活对肾小管细胞转录组的影响。方法提取并培养小鼠原代肾小管上皮细胞,在细胞融合度达80%时分为两组,分别加入10 μL磷酸盐缓冲液(PBS,PBS对照组)和终浓度为5 μmol/L的TLR9激活剂胞嘧啶-鸟嘌呤寡脱氧核苷酸(CpG-ODN,CpG-ODN处理组)。提取细胞RNA后在Illumina平台进行测序,使用差异基因分析软件DEGseq分析两组细胞中基因的差异表达情况,通过Goatools和KOBAS在线软件分析差异基因所参与的信号通路,应用Homer软件预测转录因子。结果与PBS对照组相比,CpG-ODN处理后有584个显著的差异表达基因,其中102个基因表达上调,482个表达下调。差异表达基因富集最显著的基因本体(GO)为β-干扰素响应、病毒响应或防御等炎症反应相关条目;京都基因与基因组百科全书数据库(KEGG)信号通路富集结果显示,富集系数最显著的信号通路包括2'-5'-寡腺苷酸合成酶活性、核糖核酸酶活性的调节、病毒生命周期的负调控、β-干扰素响应和对原生动物的防御反应等。转录因子预测结果显示,干扰素调节因子3(IRF3)是差异基因启动子序列上富集最显著的转录因子;IRF3是TLR9下游表达差异最显著的转录因子,转录因子21(TCF21)、锌指蛋白135(ZNF135)和阳性调节域4(PRDM4)等转录因子可能是TLR9信号通路的新候选靶标。结论CpG-ODN激活TLR9信号通路,原代肾小管上皮细胞能直接响应CpG-ODN的刺激并发生转录组学变化,为进一步探究TLR9信号通路在脓毒症相关性急性肾损伤中的分子机制研究提供了基础。
简介:摘要目的探讨不同毛细血管扩张性共济失调突变(ATM)基因表达水平的小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的放射治疗剂量与生存预后的关系。方法回顾性分析中国脑胶质瘤基因组图谱计划数据库中87例小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的转录组数据和临床资料,所有患者均接受三维适形放射治疗或调强适形放射治疗。通过转录组测序检测ATM基因的表达量,按ATM基因表达量的中位数将患者分为高表达组和低表达组。采用单因素和多因素Cox回归分析法判断年龄>40岁、男性、星形细胞瘤、异柠檬酸脱氢酶(IDH)突变型、染色体1p/19q联合缺失以及放射治疗剂量是否为两组患者生存预后的独立影响因素。结果87例患者ATM基因表达量的中位数(四分位数)为15.0(11.1,20.8)。ATM基因低表达组(n=44)患者的放射治疗剂量中位数(四分位数)为54.0 (50.4,55.8)Gy;单因素分析结果显示,星形细胞瘤是无进展生存期的危险因素(P=0.036),放射治疗剂量是无进展生存期和总生存期的保护性因素(均P<0.05);多因素Cox回归分析结果显示,星形细胞瘤(HR=4.775,95%CI:1.104~20.652,P=0.036)是无进展生存期的独立危险因素,放射治疗剂量是无进展生存期(HR=0.847,95%CI:0.761~0.942,P=0.002)和总生存期(HR=0.844,95%CI:0.739~0.963,P=0.012)的独立保护性因素。ATM基因高表达组(n=43)患者的放射治疗剂量的中位数(四分位数)为54.0 (50.4,57.6)Gy;单因素和多因素Cox回归分析结果均未观察到放射治疗剂量影响无进展生存期和总生存期(均P>0.05)。结论对于ATM基因低表达的患者,增加放射治疗剂量可以改善小脑幕上弥漫性胶质瘤患者的生存预后。