目的阐述引起安徽省2008年手足口病（hand,footandmouthdisease,HFMD）流行的肠道病毒71型（enterovirus71,EV71）基因特征。方法采集HFMD暴发初期患者标本,进行病毒分离、培养,通过逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR）鉴定上述培养物。扩增病毒株及核酸样本的VP1编码区全基因,并进行序列测定和分析。结果暴发初期分离出3份病毒株,经中和试验及RT-PCR证实为EV71。根据VP1全基因序列与EV71基因型、亚型参考株构建亲缘性关系树,17份测序结果与C4亚型聚为一簇,与A、B、C1、C2、C3、C4基因型别（亚型）的核苷酸的同源性分别为：82.0%-83.0%、84.3%-85.4%、89.7%-91.1%、89.1%-90.7%、88.3%-89.8%、93.0%-94.6%;氨基酸的同源性分别为：93.9%-95.2%、96.6%-97.6%、97.9%-98.6%、98.6%-99.3%、98.3%-98.9%、98.6%-99.6%;簇内比较显示,1株2006年的EV71毒株与另16份2008年样本在C4亚型内又分属两个亚簇,核苷酸、氨基酸的同源性分别为：96.2%-96.9%、98.3%-99.3%。结论引起安徽省2008年HFMD的EV71为C4亚型,与2006年分离的1份毒株有差异,提示安徽省存在C4亚型的不同分支。
