简介：类Cylindrotheca与一些由海洋的硅藻的一个小组组成描述的种类。十一当Cylindrothecadosteriummorphologically与他们小子单元的ribosomalRNA(SSUrDNA)和在这决定的编码叶绿体的rbcL基因序列学习的原子编码从Jiaozhou海湾被获得，识别的硅藻孤立。有趣地，SSUrDNA的很高的顺序分叉和rbcL基因在这些之中被发现孤立，并且相对引起推出的氨酸的很少变化的rbcL基因的众多的核苷酸变化定序。分别地，种系发生的分析基于SSUrDNA和rbcL基因组织了isolates进6clades。SSUrDNA的种系发生的树放了Cylindrotheca一起孤立的所有，清楚地把他们分开成二个系。系我由十一C组成。和另一C在这研究获得的dosteriumisolates。dosterium孤立，但是某clades很好没被支持。系II包含了二C。dosterium孤立并且一C。纺锤形孤立。Cylindrotheca孤立进二well-definedlineages的也分开的rbcL基因的种系发生的分析。十一C。dosterium孤立形成了一个系，所有clades强烈被支持。SSUrDNA的统计比较显示在我是的系以内的平均距离比另外的微水藻种类的显著地高(P<0.01)。这些结果在C以内建议了神秘种类的存在。dosterium。

简介：【目的】谷斑皮蠹是一种重要的检疫性害虫,在新疆周边多个国家分布,口岸检疫人员多次从进境货物中截获谷斑皮蠹,该虫对新疆的农业生产极具威胁。【方法】以谷斑皮蠹的16SrDNA基因为靶序列,用昆虫通用引物对4种供试皮蠹进行PCR扩增,将扩增产物进行克隆和测序,用生物软件设计检测谷斑皮蠹的特异性引物与探针。【结果】设计的特异性引物（TG-SNP-F/TG-SNP-R）及所建立的常规PCR方法能有效检测出谷斑皮蠹,其扩增产物的片段大小为250bp,灵敏度为3ng·μL^-1设计的特异性引物（TG-F/TG-R）和探针（TG-probe）,以及所建立的实时荧光PCR方法,对谷斑皮蠹的检测特异性强,灵敏度达0.8fg·μL^-1【结论】建立的常规PCR方法和实时荧光PCR检测方法能够对谷斑皮蠹进行准确鉴定,为口岸检疫人员检测进境货物中携带的谷斑皮蠹提供技术支持。

简介：ThewildPorphyrayezoensiscollectedfromtheQingdaocoastwasusedtoprepareprotoplastsbyenzymedigestion.Thepurelinewasconstructedbycultivatingtheprotoplasts.The18SrDNAoftheP.yezoensispurelinewasclonedandsequenced.Sequenceanalysiswasexecutedforthissequenceandother22sequencesretrievedfromGenBank.Aphylogenetictreewasconstructedusingtheneighbor-joiningmethod.Theresultsrevealedahighdiversityof18SrDNAsequencesingenusPorphyraandtheconsiderablevariationof18SrDNAsequencesindifferentstrainsofthesamespeciesP.yezoensisandP.tenera.Significantdifferenceof18SrDNAsequencewasobservedbetweenP.yezoensisfromQingdao,China,andthetwostrainsofP.yezoensisfromJapan,butthethreestrainsofP.yezoensisformedastablecladeinthephylogenetictree.TheseresultsindicatethepossibilityofinterspeciesandintraspeciesdiscriminationofPorphyrausingthe18SrDNAsequences.

简介：摘要目的采用16S rDNA测序技术研究寻常型天疱疮（PV）患者皮肤菌群多样性。方法收集杭州市第三人民医院皮肤科10例PV患者及10例健康对照，取皮损旁（PV组）及对侧无皮损处皮肤菌群样本（PVn组），正常对照组取相应部位菌群样本。采用16S rDNA扩增子测序技术，对所有样本的菌群基因进行测序与分类，通过Usearch软件对数据聚类分析，得到可操作分类单元（OTU），获得门、纲、目、科、属水平的物种丰度。以Observed species指数、Shannon指数和Simpson指数等反映α多样性，使用主坐标分析法（PCoA）分析β多样性。采用线性判别分析效应量（LEfSe）分析比较各组的差异物种。利用PICRUSt软件进行基因功能预测。2组非参数检验采用Wilcoxon秩和检验，3组间非参数检验采用Kruskal Waills检验。结果注释到门、纲、目、科、属的OTU分别有2 002、1 869、1 751、1 611、1 120个，3组均以厚壁菌门、放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为主，在属水平上，PV组及PVn组葡萄球菌属丰度最高，正常对照组为棒状杆菌属。α多样性分析显示，3组间Observed species指数、Shannon指数、Simpson指数差异均有统计学意义（均P< 0.05），PV组Shannon指数（3.24±1.30）和Simpson指数（0.70±0.19）均低于正常对照组（P< 0.05）。PCoA分析显示，3组间β多样性差异无统计学意义（P=0.054）。秩和检验显示，3组间丰度差异有统计学意义的物种共32个，其中相对丰度较高的有富集于PV组的芽孢杆菌纲及富集于正常对照组的微球菌属、短波单胞菌属等。按病程< 3个月、≥ 3个月分组，PV长病程组中富集的物种有梭状芽孢杆菌目、颤杆菌属及鞘氨醇单胞菌属等；短病程组γ变形菌纲富集。功能预测显示，与感染性疾病相关的基因功能富集于天疱疮组。结论16S rDNA测序技术应用于天疱疮微生物组学研究，证实PV皮肤菌群多样性及组成结构与正常人存在一定差异。

简介：目的：对桃果实采后病原菌进行分离与鉴定。方法：采用转接法分离桃果实采后病原真菌,经形态学观察和核糖体rDNAITS（Internaltranscribedspacer）区序列分析,对相关病原菌进行分类鉴定。结果：从采后贮藏过程中发生病害的桃果实分离到2株病原菌,经鉴定分别为美澳型核果链核盘菌（Moniliniafructicola）和葡萄座腔菌（Botryosphaeriadothidea）。结论：通过对ITSrDNA序列的相关分析,对分离自采后贮藏果实中的病原真菌进行有效的分类鉴定。

简介：目的：建立肿瘤研究常用动物小鼠病原菌快速检测方法。方法：提取经常规方法已被鉴定的小鼠病原菌绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌DNA，利用PCR技术扩增病原菌16srDNA全长，经纯化后直接测序。利用BLAST软件从GenBank数据库中搜索相关菌株的序列进行序列比对和同源性分析，确定病原菌的种属。结果：测序结果与数据库中搜索到的相关菌株的序列进行序列比对显示，3种病原菌测序序列分别与绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌序列一致。结论：16srDNAPCR方法可准确地检测肿瘤研究常用动物小鼠病原菌绿脓杆菌、溶血性链球菌和大肠埃希氏菌感染，并且缩短了检测时间。

简介：摘要目的通过16S rDNA测序技术探究脓毒症大鼠早期肠道微生态变化。方法将60只雄性SD大鼠按随机数字表法分为盲肠结扎穿孔术（CLP）组和假手术组（Sham组），每组30只。CLP组采用CLP法制备脓毒症大鼠模型；Sham组只开腹但不进行盲肠结扎穿孔。术后24 h每组取8只大鼠肠道粪便及腹主动脉血，其余大鼠用于观察7 d存活情况。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）检测血清肿瘤坏死因子-α（TNF-α）水平；对粪便样本进行16S rDNA测序，利用序列对比和聚类后获得的操作分类单元（OTU）信息进行多样性分析（α多样性和β多样性）、主坐标分析及线性判别分析效应量分析（LEfSe），观察脓毒症大鼠早期肠道微生态的变化并挖掘标志性菌群。结果制模后24 h，CLP组大鼠出现呼吸急促、毛发散乱等表现，且血清TNF-α水平较Sham组显著升高（ng/L：43.95±9.05比11.08±3.27，P<0.01）；制模后7 d，Sham组大鼠全部存活，而CLP组大鼠累积生存率仅31.82%。多样性分析显示，Sham组与CLP组α多样性指标比较差异无统计学意义〔物种数量（个）：520.00±52.15比492.25±86.61，Chao1丰富度估计量：707.25±65.69比668.93±96.50，Shannon指数：5.74±0.42比5.79±0.91，Simpson指数：0.93±0.03比0.94±0.05，均P>0.05〕；β多样性分析显示，无论是否根据OTU加权，组间差异均大于组内差异（丰度加权矩阵：R＝0.23，P＝0.04；丰度不加权矩阵：R＝0.32，P＝0.01）。门水平差异菌群分析显示，与Sham组相比，CLP组变形菌门和TM7菌门丰度显著升高〔18.100%（15.271%，26.665%）比6.974%（2.854%，9.764%），0.125%（0.027%，0.159%）%比0.018%（0.008%，0.021%），均P<0.05〕；在属水平上，CLP组螺杆菌属、钌杆菌属、颗粒链菌属、梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌的丰度较Sham组显著升高〔5.090%（1.812%，6.598%）比0.083%（0.034%，0.198%），0.244%（0.116%，0.330%）比0.016%（0.008%，0.029%），0.006%（0.003%，0.010%）比0.001%（0%，0.003%），0.094%（0.035%，0.430%）比0.007%（0.003%，0.030%），均P<0.05〕，而拟普雷沃菌属、罗姆布茨菌属等益生菌的丰度较Sham组显著降低〔7.345%（3.662%，11.546%）比22.504%（14.403%，26.928%），0.113%（0.047%，0.196%）比1.229%（0.809%，2.290%），均P<0.01〕。LEfSe分析结果显示，厚壁菌门所属益生菌在Sham组显著富集，罗姆布茨菌是富集最显著的菌种；而螺杆菌属、颗粒链球菌属和梭菌属ⅩⅧ等机会致病菌在CLP组显著富集，螺杆菌_NGSU_2015为富集最显著的菌种。结论脓毒症早期大鼠肠道微生态结构显著改变，主要表现为拟普雷沃菌属等益生菌丰度显著降低，螺杆菌属等机会致病菌丰度显著升高。

简介：用定序技术的16SrDNA基因，entomopatho遗传因子的线虫(杀虫剂的一种)的非共生的细菌的三不同的种(Steinernemasp。并且Heterorhabditissp)从感染的昆虫死尸被孤立并且识别{街郎mellonella幼虫)在48小时的柱子感染以后。顺序类似分析表明紧张SRK3，SRK4和SRK5分别地属于Ochrobactrumcytisi，Schineria幼虫和Ochrobactrumanthropi。isolatesO。anthropi和S。幼虫被发现分别地，而，与Heterorhabditisindica紧张BDU-17和Yer-136被联系O。cytisi与Steinernemasiamkayai紧张BDU-87被联系。Phenotypically，时间的杀虫剂的一种细菌是相当与共生杀虫剂的一种细菌(Photorhabdus和Xenorhabdus类)有关。紧张SRK3和SRK5phylogeographically类似于几非共生者并且污染了在德国(LMG3311T)和中国(X-14)孤立的杀虫剂的一种细菌，当紧张SRK4与S的isolates相同时。从在匈牙利的Wohlfahrtiamagnifica的幼虫(Ll/57，Ll/58，Ll/68和L2/11)。结果被RNA第二等的结构和排列序列的最小的精力计算进一步证实。这研究建议这些线虫的非共生者phylogeographically由于阶段变化在某程度被分叉。因此，这些紧张不是主人依赖者，但是环境特定孤立。

简介：霜霉菌是一种在十字花科作物中寄主范围很广的专性寄生菌。本研究综合运用病菌形态学观察、病菌致病性测试和rDNA-ITS序列分析三种方法对北京地区的大白菜和甘蓝寄生霜霉菌进行比较，以期发现二者的进化关系。结果显示：两种病原菌在形态学上没有明显区别；但是对大白菜的致病力具有显著差异：大白菜霜霉菌对大多数参试的大白菜材料具有致病性，而甘蓝霜霉菌只是诱导大多数大白菜材料产生过敏反应，对个别易感大白菜材料具有较弱致病力；将rDNA—ITS序列提交至NCBI，大白菜和甘蓝霜霉菌的rDNA—ITS序列登录号分别为JF975613和JF975614，序列比对发现二者的序列一致性高达99．59％；利用19个十字花科霜霉病菌的ITS序列构建系统进化树，结果表明二者与寄生在甘蓝和甘蓝型油菜上的霜霉菌以100％的支持率聚在同一分支。

简介：【背景】植物根结线虫病是世界性分布的土传病害,常造成农作物的重大经济损失。目前分布于热带亚热带区域的象耳豆根结线虫,由于其致病性和分子特征以及与植物互作关系的独特性,被认为是一种对农作物具有潜在危害性的重要病原根结线虫,因而引起国内外植物寄生线虫学者的广泛关注。【方法】用形态学、同工酶技术和分子生物学技术相结合的方法,对从海南岛农作物上采集到的10个根结线虫纯化种群进行分类鉴定。【结果】象耳豆根结线虫在海南岛大面积栽培的10种农作物和南药植物,包括黄瓜、南瓜、苦瓜、丝瓜、葫芦瓜、辣椒、番石榴、海巴戟、沈香和丁香上均有寄生,其形态学、酯酶表型和mtDNA-PCR扩增产物均有别于常见的根结线虫种类;用引物18S和28S扩增象耳豆根结线虫种群的rDNA-ITS区序列,并对其进行克隆、测序和比对分析,结果表明,象耳豆根结线虫4HBJ种群分别与南方根结线虫、爪哇根结线虫和花生根结线虫的同源性均仅为88%左右。【结论与意义】本文准确鉴定了象耳豆根结线虫,首次阐述其对海南岛多种农作物的致害性;阐释了象耳豆根结线虫的形态和分子特征,并明确了其与3种常见根结线虫的系统发育关系。本研究对今后进一步开展象耳豆根结线虫的基础研究和防治工作具有重要参考价值。

简介：为了解烟草内生细菌的多样性,采用改良的NA培养基和稀释平板法从不同生长期的烟草的根、茎、叶中分离得到127株内生细菌。利用细菌16SrDNA特异引物扩增得到16SrDNA的部分片段,长约700bp,分别用内切酶MspⅠ、HaeⅢ、AfaⅠ、HinfⅠ对扩增产物进行限制性酶切。16SrDNAPCR-RFLP分析中,在100%相似性水平处,除了cj23、ty16、cg23、wy6、cj25、wy13、my23、ty7、cj14、cg25、cg2、cj13、my11,my27单独成群外,其余菌株分为15个分类操作单元,其中Otu1、Otu2,Otu27类群最大,分别包括了27、18,26个菌株。对29个代表菌株16SrDNA序列系统发育分析表明,这些菌株主要分布于芽孢杆菌（Bacillus）分支,其余菌株分布于葡萄球菌属（Staphylococcus）、微杆菌属（Microbacterium）、单胞菌属（Sphingomonas）、中华根瘤菌属（Sinorhizobium）、土壤杆菌属（Agrobac-terium）、根瘤菌属（Rhizobium）、纳西杆菌属（Naxibacter）、贪铜菌属（Cupriavidus）、寡养食单胞菌属（Stenotrophomonas）、不动杆菌属（Acinetobacter）、假单胞菌属（Pseudomonas）、肠杆菌属（Enterobacter）、泛菌属（Pantoea）、克雷伯菌属（Klebsiella）、Bifissio属系统发育分支。通过Shannon多样性指数对不同生长期分离到的菌株进行多样性分析和比较,结果表明团棵期叶片中分离到的内生细菌多样性最大,随后是旺长期,苗期次之,成熟期最小。

简介：摘要目的基于健康老年人群的肠道菌群组成特征，探索宏基因组测序与16S rDNA测序在后续分析上的差异。方法采用定群研究设计，对山东济南76名健康老年人进行5次重复测量，采集粪便样本并提取基因组DNA，分别进行宏基因组与16S rDNA测序，比较两种测序肠道菌群的组成与多样性；采用Pearson相关分析物种丰度与α多样性的相关性，普氏分析判断β多样性的相关性。结果76名老年人年龄（65.07±2.75）岁，体重指数为（25.03±2.40）kg/m2；男、女各38名；5次重复测量共得到345人次的粪便样品。相较于16Sr DNA测序，宏基因组测序在各个水平的注释物种数更多，且水平越低，两种测序物种数量相差越大；两种测序的物种丰度存在差异，但在门（r=0.88，P<0.001）、属（r=0.77，P<0.001）水平上物种丰度呈高度相关，其中拟杆菌门、厚壁菌门等是共同的优势物种；老年人肠道菌群多样性分析显示，两种测序的α多样性指数存在显著正相关（r=0.70，P<0.001），两组β多样性也呈显著相关（M2=0.84，P<0.05）；结论宏基因组测序注释效率远高于16S rDNA测序；两种测序方法在门水平物种丰度、物种α多样性上具有较高的一致性。

简介：目的探讨前列腺液16srDNA检测对慢性前列腺炎的临床诊断和治疗意义。方法选择符合美国国立卫生研究院（NIH）诊断标准的Ⅱ型前列腺炎和Ⅲ型前列腺炎患者67例。常规前列腺液镜检和细菌、支原体、衣原体检查，并对前列腺液中的16srDNA进行PCR检测，治疗全部采用以抗生素为主的综合治疗。以慢性前列腺炎症状指数（NIH-CPSI）为疗效指标，治疗4周后进行疗效比较。结果Ⅱ、ⅢA和ⅢB型前列腺炎16srDNA阳性率分别为100％（11／11）、62．5％（20／32）、66．7％（16／24）。Ⅱ型前列腺炎治疗显效率100％；在Ⅲ型前列腺炎中，ⅢA、ⅢB组无差异，而16srDNA阳性组治疗总显效率（80．0％）明显高于16srDNA阴性组（52．4％）（P〈0．05）。结论前列腺液16srDNA表达与前列腺炎的疗效有良好的相关性，可作为Ⅲ型前列腺炎选用抗生素治疗的依据，并对前列腺炎分型有一定参考价值。

简介：摘要目的比较甲真菌病患者病甲与健康甲细菌和真菌微生物菌群差异。方法收集2020年8月至2021年6月于大连市皮肤病医院门诊就诊的31例甲真菌病患者的病甲及健康甲的甲屑样本，提取甲屑菌群总DNA，以细菌16S rDNA的V3-V4区序列及真菌内转录间隔区（ITS）作为目标序列进行基因扩增及Illumina测序，对所测序列采用USEARCH和mothur软件进行OTU聚类分析，采用Wilcoxon rank sum test方法进行α多样性分析，采用相似性分析（Anosim）进行β多样性分析，采用LEFSe方法进行物种差异分析。结果入组甲真菌病患者31例，男16例，女15例，按年龄分青年组（18 ~ 35岁）10例，中年组（36 ~ 60岁）11例，老年组（大于60岁）10例。α多样性分析显示，病甲组标本Shannon指数明显低于健康甲组（W = 290，P = 0.007），而Simpson指数明显高于健康甲组（W = 663，P = 0.010），病甲组细菌菌群的多样性及均匀度低于健康甲组，病甲在真菌菌群的多样性与健康甲无明显区别。β多样性分析显示，基于unweighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组细菌和真菌微生物的组成差异无统计学意义（细菌菌群：R = 0.0052，P = 0.331；真菌菌群：R = 0.0036，P = 0.337）；基于weighted-unifrac距离矩阵分析结果，病甲组与健康甲组在细菌菌群及真菌菌群的丰度方面差异均有统计学意义（均P = 0.001）。在物种组成上，病甲组较健康甲组丰度显著降低的细菌菌群有拟杆菌门及变形菌门、β-变形菌纲、伯克氏菌目、罗尔斯顿菌属、鞘氨醇单胞菌属、链球菌属，而芽孢杆菌纲、芽孢杆菌目、葡萄球菌属明显高于健康甲组。病甲组显著升高的真菌菌群有散囊菌纲、爪甲团囊菌目、未分类锤舌菌目、关节皮肤真菌科、黑团孢属、白粉菌属、铁艾酵母属、毛癣菌属、十字花科白粉菌、红色毛癣菌、合轴马拉色菌，而酵母菌纲-酵母菌目-酵母菌科、隐囊菌科、念珠菌、链格孢菌较健康甲组显著降低。结论甲真菌病患者病甲与健康甲细菌菌群的多样性及丰度均有明显的差异，真菌菌群仅丰度存在一定的差异，其中某些真菌和细菌菌属可能具有相关性。