简介:摘要全表型组关联研究(PheWAS)是一种反向遗传学分析方法,旨在研究哪些表型可能与给定的遗传变异相关联。随着生物医疗数据库和电子病历信息的开放获取,PheWAS已逐渐成为探索暴露因素与多种健康结局之间关联的有效方法。这种方法具有同时探索某一种暴露与多种疾病表型之间的统计学关联的独特优势,从而有助于揭示多重因果关联以及各疾病间共同的致病机制。然而,PheWAS目前也面临诸多挑战。该方法本身存在一定的局限性,包括工具变量的选择是否具有代表性以及繁重的多重校正负担。此外,如何应用生物学知识阐释研究结果是PheWAS的另一重点问题。本文将围绕PheWAS方法学进行概述,以期为后续更好地开展PheWAS提供思路和建议。
简介:摘要目的对临床分离的致关节感染的两株皮疽诺卡菌(Nocardia farcinica)进行全基因组测序并分析其耐药性。方法2020年1月收集两株导致老年患者膝关节感染的皮疽诺卡菌菌株,采用全基因组测序对细菌进行鉴定,根据CLSI M24推荐的微量肉汤稀释法和E-test法进行药物敏感性分析,通过ABRicate工具比对获得性耐药和毒力基因,Snippy等生物信息学工具进行同源性等基因特征分析。结果本研究的临床分离株均为皮疽诺卡菌,对头孢曲松、头孢吡肟、头孢噻肟、甲氧苄氨嘧啶/磺胺甲噁唑(TMP/SMX)耐药,对亚胺培南、利奈唑胺和含有酶抑制剂类抗生素阿莫西林/克拉维酸敏感。携带A类β内酰胺酶基因far-1、RNA聚合酶结合蛋白基因RbpA、多耐药外排泵转录激活因子基因MtrA和调节转录因子基因vanR-O,分别介导对β内酰胺抗生素、利福平、大环内酯类药物和万古霉素的耐药性。不含有获得性TMP/SMX耐药基因,二氢叶酸还原酶家族基因存在多个错义突变,均携带与结核分枝杆菌同源的icl、mbtH、phoP、relA毒力基因,SNP同源分析表明两株皮疽诺卡菌具有很近的亲缘关系,两株菌仅存在10个SNP位点、6个复合基因和1段基因缺失变异。结论全基因测序技术有助于研究诺卡菌的分子特征和耐药机制;皮疽诺卡菌对TMP/SMX耐药现象需要重视,参与二氢叶酸代谢途径的酶基因突变有可能是TMP/SMX耐药的原因之一。
简介:目的:比较RhE相同表型输血与不同表型输血的临床效果。方法:选择患者80例,在严密观察患者生命体征的情况下,输注红细胞悬液2个单位,观察2组输血前后血红蛋白(Hb)、血细胞比容(HCT)变化及发生的输血不良反应。结果:输血后相同表型组Hb和HCT均显著高于输血前和不同表型组(P〈0.05),不同表型组输血前后Hb和HCT,差异均无统计学意义(P〉0.05),相同表型组输血后仅出现2例发热患者,而不同表型组输血后则以出现血红蛋白尿和腰背痛为主,且两者均显著多于相同表型组(P〈0.05)。结论:针对存在输血史、妊娠史的患者,应该建议供血机构进行RhE血型鉴定和配型,以便更好的提高输血的有效性和安全性。
简介:摘要耐药细菌感染的不断蔓延对公共卫生安全构成重要威胁,早期诊断和目标治疗是治疗成功的关键。传统细菌培养及药物敏感性检测耗时长、敏感性不高,无法满足临床诊治需求,高通量测序等分子检测技术成为新的发展方向。本文对近年来有关高通量测序在革兰阴性菌耐药诊治中的进展做一综述。
简介:摘要目的探讨煤工尘肺临床特征分类,以指导各类煤工尘肺患者个体化治疗。方法于2018年3月至5月,采用整群抽样方法选取2014年1月至2017年12月于晋城煤业集团总医院住院的煤工尘肺患者121人为研究对象,收集各期别煤工尘肺患者的临床资料,并划分临床变量,通过主成分因子分析及聚类分析方法从其16个临床变量中[年龄、抽烟指数、井下接尘作业年限、尘肺分期、工种、家族史、主要症状、次要症状、症状评估测试量表(CAT评分)、影像学表现、用力肺活量占预计值百分比(FVC%pred)、1秒呼气容积占用力肺活量百分比(FEV1/FVC)、1秒呼气容积占预计值百分比(FEV1% pred)、一氧化碳弥散量占预计值百分比(DLCO% pred)、呼吸衰竭合并症、肺心病合并症]提取出2个主成分、8个相关变量,根据"立方聚类条件"值(cubic clustering condition value,CCC值)将煤工尘肺患者分为3型,用方差分析或χ2检验分析不同类型患者的临床资料特征,总结其临床资料特征。结果3型煤工尘肺患者中1型病例73例(占60.3%),以中年为主,肺功能损害小,临床症状轻微,影像学表现单一,壹、贰期尘肺为主;2型病例18例(占14.9%),以中老年为主,肺功能损害多以弥散功能下降为主,临床症状较重,影像学表现复杂,壹、贰、叁期尘肺均有;3型病例30例(占24.8%),以中老年为主,肺功能损害多(通气、弥散功能均下降),临床症状严重,影像学表现复杂,以贰、叁期尘肺为主。结论通过聚类分析方法根据临床特征将煤工尘肺患者分为3型,根据不同分型制定治疗方案在临床工作中有一定的指导价值。
简介:摘要目的分析北京批发市场肉类食品中沙门菌的表型和基因组特征。方法对分离自北京市批发市场的336株肉类食品来源沙门菌,采用微量肉汤稀释法对25种抗菌药物进行耐药性测试,开展全基因组测序并使用SeqSero2、SISTR软件分析血清型和ST型,使用Abricate软件的CARD、VFDB模块预测菌株的耐药基因和毒力因子,使用沙门菌分子血清分型试剂盒和血清凝集法验证部分疑难菌株血清型。结果336株沙门菌菌株对萘啶酸、氨苄西林的耐药率分别为62.5%(210/336)和55.1%(185/336),对替加环素、头孢西丁和碳青霉烯类抗菌药物均敏感;207株(61.6%,207/336)为多重耐药株,最高可同时耐受10类药物,最常见耐药谱为NAL-AMP-SAM。共检出24种血清型,主要型别为肠炎(34.5%,116/336)、德尔卑(17.3%,58/336)和印第安纳(10.4%,35/336);共检出27种ST型,主要型别为ST11,ST型与血清型较为相符。氨基糖苷类、氟喹诺酮类、β-内酰胺类、磺胺类、四环素类耐药基因的携带率均超过48%,耐药基因预测与耐药表型结果一致性较高;共预测出122种毒力基因,其中74种携带率达100%。结论北京市批发市场肉类食品中沙门菌中多重耐药比例较高、耐药谱复杂,血清型和ST型种类多样,耐药基因和毒力基因携带率较高,耐药表型和基因型较为一致。
简介:摘要目的构建基于O-(2-18F-氟代乙基)-L-酪氨酸(18F-FET)PET图像影像组学特征的回归分析模型,探讨其对未经治疗的脑胶质瘤患者异柠檬酸脱氢酶1(IDH1)基因表型的预测效能。方法回顾性分析2017年11月至2019年2月间复旦大学附属华山医院经病理学证实的58例脑胶质瘤患者[男36例、女22例,年龄(41.8±15.1)岁]的18F-FET PET/CT脑显像数据,应用PyRadiomics软件包提取105个影像组学特征,使用最小绝对收缩和选择算子(LASSO)回归构建预测模型,计算每个病灶的影像组学评分(RS),使用受试者工作特征(ROC)曲线量化模型RS的预测效能,并与18F-FET半定量参数{肿瘤靶本比[TBR,包括最大TBR(TBRmax)、TBR峰值(TBRpeak)和平均TBR(TBRmean)]、肿瘤代谢体积(MTV)及病灶总代谢摄取(TLU)}对IDH1基因表型的预测效能进行对比(Delong检验)。结果LASSO回归模型共纳入7个影像组学特征,分别为最大二维切片直径、一阶最大特征值、一阶灰度值范围、灰度共生矩阵_能量、灰度共生矩阵_反差方差、灰度相关矩阵_熵、灰度相关矩阵_大相关低灰度级增强。构建的LASSO回归模型对IDH1基因表型(突变型20例,野生型38例)的预测效能准确性为81.0%(47/58),灵敏度为65.0%(13/20),特异性为89.5%(34/38),曲线下面积(AUC)为0.842;18F-FET半定量参数中TLU诊断效能较优,其诊断准确性为60.3%(35/58),灵敏度为85.0%(17/20),特异性为47.4%(18/38),AUC为0.661;LASSO回归模型对IDH1基因表型的诊断效能优于传统参数(z=3.426,P<0.01)。结论基于18F-FET PET脑显像的影像组学分析可提高对未经治疗的脑胶质瘤患者IDH1基因表型的预测效能。