简介：利用生物信息学手段，结合公共大豆基因组数据库和大豆发育表达芯片数据获得大豆GST家族基因序列、蛋白序列和染色体位置等信息并进一步对基因的组织表达等进行分析。结果显示大豆中含94个GST家族基因，根据系统发育分析将这些GST基因分成5个亚家族；定位分析表明，94个GST基因分布于大豆的16条染色体上。表达分析结果表明，14个不同发育阶段，大多成员至少在一个组织中表达，11差异表达的基因中有7在根中表达，另外4在其它部位优势表达，基因表达具有一定特异性。本研究为进一步研究GST家族的功能及其抗逆利用提供基础。

简介：水稻粒形相关基因,对于调控作物产量和品质都具有十分重要的作用,但关于其进化缺少一个系统的、全基因组尺度的比较基因组学分析。研究以已鉴定的水稻粒形相关基因为目标序列,在8个禾本科植物中进行比较基因组学分析,旨在全基因组范围揭示不同粒形基因在多个禾本科作物种系中的进化规律。基于同源比对分析发现,不同基因组中粒形相关基因数量不具有明显差异,平均每个基因组中粒长和粒宽相关的基因分别有364和75,其中较多的是谷子,有423粒长、71粒宽调控基因。基因组同源共线分析,发现全基因组加倍和串联重复对于家族基因拷贝数增加具有重要贡献,但是重复基因丢失可能维持了基因数量的稳定。通过粒形基因中旁系同源基因对间的同义核苷酸置换率（Ks）比较,揭示不同的粒形基因具有不同的进化速率,进化最快的是粒长调控相关基因An-1。本研究为认识水稻粒形调控相关基因进化提供了重要的理论基础,对于禾本科粒形相关基因从全局尺度到单基因的进化具有极为重要的意义。

简介：普通小麦（T.aestivumL.）为一个异源六倍体物种,具有A、B、D三个染色体组,它们具有不同程度的同源性。对各个染色体组进行有关起源、进化、基因定位及基因与产量、性状的关联分析,可更好的发掘和利用各染色体上的有利基因,拓宽小麦的遗传变异基础,为在小麦育种中如何引进新的遗传变异及杂优选育提供理论依据。遗传多样性是进行小麦改良的基础,B基因组含有丰富的抗病、抗虫、抗寒、优质等有益基因,多态性最高。本文对小麦B基因组的组成特点、起源、遗传多样性及基因定位等进行了综述,并对其以后的研究进行了展望。

简介：为了解香蕉NBS抗病基因的密码子使用特点,掌握其基因编码规律,以香蕉全基因组NBS基因的74条高置信蛋白编码信息为数据来源,借助CodonW等软件对蛋白质的每个氨基酸编码数据进行了统计分析。结果表明,G＋C含量范围为32.8%~45.4%,共鉴定获得了GUC和UAC等8个最优密码子且全部以G或C结尾。中性绘图分析发现,大部分基因分布在对角线及其附近区域,ENC与GC3的关联分析显示大部分基因落在标准曲线附近,这些都表明密码子偏好性受到碱基突变影响较大。密码子各参数相关性分析表明,ENC和G3s、C3s的大小都呈显著负相关,在基因表达密码子使用时,更倾向于选择第三位碱基是G/C的同义密码子。本研究分析了香蕉全基因组NBS基因的密码子偏好性,为通过密码子优化来提高NBS基因在香蕉中的表达,对香蕉进行抗性改良具有十分重要的指导作用。

简介：《基因组学与应用生物学》（ISSN1674-568X，CN45—1369／Q）是由广西大学主管和主办，公开发行的月刊科学期刊，创刊于1982年，由北京大学教授朱玉贤院士任主编，广西大学教授陈保善博士和海南省热带农业资源研究所所长方宣钧博士任执行主编。

简介：UXS基因参与植物细胞壁的合成过程,在植物生长发育中起着重要作用。本研究采用生物信息学方法鉴定了玉米全基因组中全部UXS结构基因,对其命名和检测相关属性,并对玉米中UXS结构基因家族进行构建进化树和染色体定位。通过对进化树的分析可清晰地看出基因的相似程度和基因之间的亲缘进化关系,染色体定位图的分析可看出基因在染色体上的位置,为进一步了解UXS结构域基因家族的在玉米植株中的作用及功能分析提供了重要依据。

简介：基因组印迹是指基因依其亲代来源的不同,等位基因呈现出差异表达的一种表观遗传现象。印迹在哺乳动物和显花植物的胚胎或胚及胚胎营养组织（胎盘或胚乳）中都有发现,并有独立趋同进化的倾向,而在植物中发现的印迹绝大多数只存在于胚乳中。就表观遗传机制而言,目前发现的印迹表达主要是受到DNA甲基化、PcG蛋白家族介导的组蛋白修饰和ncRNAs共同作用影响。植物印迹基因的全基因组分析揭示出许多印迹基因定位在转座子和重复序列附近,暗示转座子和重复序列的插入与印迹位点的演化存在相关性。

简介：《基因组学与应用生物学》,期刊曾用名《广西农业大学学报》、《广西农业生物科学》,创刊于1982年。从2009年开始,《广西农业生物科学》更名为《基因组学与应用生物学》,已入编《中文核心期刊要目总览》2011年版(即第六版)之综合性农业科学类的核心期刊,是中国科学引文数据"中国期刊方阵",先后被国际知名检索系统——英国国际农业与生物科学研究中心(CABI)、美国《化学文摘》(CA:JYYSAZ)、美国《剑桥科学文摘:自然科学》(CSA:NS)、英国《动物学记录》(ZR)和俄罗斯《文摘杂志》(AJ)等收录。

简介：本文介绍了一种用于PCR的植物基因组DNA的快速制备方法。该方法只需将少量（4～6mg）植物叶片、适量（200μL）TE缓冲液、和一粒钨合金珠放入1个2mL离心管，在多功能组织细胞研磨器中振动5min破碎组织后，直接取1μLDNA溶液作为PCR的模板。本方法具有简单快速、操作效率高、成本低、扩增效果好等优点，特别适合于大量样品的基因型检测。

简介：《基因组学与应用生物学》,期刊曾用名《广西农业大学学报》、《广西农业生物科学》,创刊于1982年。从2009年开始,《广西农业生物科学》更名为《基因组学与应用生物学》,已入编《中文核心期刊要目总览》2011年版(即第六版)之综合性农业科学类的核心期刊,是中国科学引文数据"中国期刊方阵",先后被国际知名检索系统——英国国际农业与生物科学研究中心(CABI)、美国《化学文摘》(CA:JYYSAZ)、美国《剑桥科学文摘:自然科学》(CSA:NS)、英国《动物学记录》(ZR)和俄罗斯《文摘杂志》(AJ)等收录。

简介：作为植物特有的转录因子家族，TCP基因处于植物多种信号传导途径的中心节点位置。对蒺藜苜蓿全基因组进行检索，共获得21个TCP基因序列。蒺藜苜蓿TCP成员间在蛋白质大小、等电点等方面具有明显的差异。对蒺藜苜蓿TCP基因进行基因结构、染色体定位和系统进化分析，发现蒺藜苜蓿TCP基因结构较为简单，一般不含有内含子，仅一个外显子。21个基因中仅有5个基因有内含子。系统进化关系上其中4个基因亲缘关系非常近。这4个基因位于1号、4号、7号染色体上TCP基因聚集存在的位置。蒺藜苜蓿TCP基因在各个器官间特异性的表达。TCP基因参与蒺藜苜蓿根瘤发育的过程，也响应外界盐胁迫和病菌侵染刺激。本研究发现的蒺藜苜蓿TCP基因家族信息，可为蒺藜苜蓿乃至豆科植物育种提供有价值的信息。

简介：简单重复序列（SSR）广泛存在于基因组中,是亲缘关系分析、DNA指纹图谱构建和遗传多样性研究领域中非常重要的遗传标记之一。红豆树群体已处于濒危状态,且属无参基因组,其近缘种开发的SSR引物亦很少,为满足红豆树遗传多样性研究及制定合理的保护策略,本研究基于SLAF-seq（specific-locusamplifiedfragmentsequencing）技术对天然群体中典型红豆树进行简化测序,利用MISA软件对测序获得所有SLAF片段进行SSR位点搜索,并对SSR位点特征进行统计分析,最后利用PrimerPremier5.0软件进行引物批量设计。与日本晴水稻的测序数据相比,红豆树参考基因组的双端比对效率为90.14%,酶切效率为92.37%,说明SLAF建库正常;测序Q30为92.32%,GC含量为37.17%,说明达到测序要求。本研究共获得6426462reads和592221个SLAF标签,其中16653个多态性SLAF标签,含有17868个SSR位点,平均每6.98kb就分布有1个SSR位点。不同核苷酸重复类型的基元类型数量及SSR位点数量间差异较大,除单核苷酸外,二、三核苷酸重复类型数量较多,分别占总SSR位点的17.15%和15.02%,其中AT/TA和GAA/TTC基元重复数量最多,分别为1090个（43.1%）和349个（15.2%）。通过批量引物设计共得到2817对引物,以二、三核苷酸类型较多,两者所占比例高达94.8%。结果表明：SLAF-seq技术可以很好的应用于红豆树（无参基因组）SSR位点的开发,基于简化基因组测序数据发掘的SSR位点能够为SSR分子标记开发提供信息,并有助于后续群体遗传多样性和交配系统分析等。

简介：本研究利用MISA工具筛选灯盏花基因组测序获得的462622条scaffolds,对其SSR位点信息进行分析,Primer3设计SSR引物,随机选取200对引物对60株灯盏花进行多态性扩增分析。研究结果表明：从灯盏花基因组中搜索到的231852个SSR位点中,二核苷酸基序是主要的重复类型,占总SSR的47.14%;AT/AT是最多的二核苷酸重复基元,占二核苷酸重复基元的74.60%,AAT/ATT是出现最多的三核苷酸重复基元,占三核苷酸重复基元的15%。PCR扩增发现,200对引物中有30对（15%）表现出稳定的多态性差异。灯盏花基因组中SSR位点出现频率高,类型丰富;大量的SSR为灯盏花的遗传多样性分析和遗传图谱构建提供了丰富的候选分子标记,利于开展灯盏花的遗传育种研究。

简介：构建能够通过农杆菌介导转化植物的人工染色体文库可以加快突变基因的精细定位和克隆的速度.为了克隆水稻突变基因的需要,我们利用pYLTAC7载体构建了籼稻品种H359基因组的TAC文库.该文库包含41088个克隆,保存在107块384孔板中.插入片段大小在50-100kb之间,平均插入大小为77kb,推测该库覆盖水稻基因组接近7.4倍.

简介：为了明确苹果三倍体杂种后代中基因组DNA甲基化水平及模式的变化特征，本文以‘金冠’ב四倍体嘎拉’苹果的6l份三倍体后代为试验材料，采用MSAP分子标记技术对其进行了分析。结果表明：（1）61份三倍体杂种后代的总甲基化率在10．74％～28．86％之间，全甲基化率在7．87％～24．22％之间，半甲基化率在2．10％～11．84％之间。与母本相比，总甲基化和全甲基化呈上升趋势，半甲基化呈下降趋势；与父本相比，均呈下降趋势。（2）在苹果三倍体杂种的基因组加倍和重组过程中，发生了大量过或超甲基化和去甲基化变异，少量发生了次甲基化现象，极少部分的甲基化状态介于双亲之间。（3）共获得4条DNA甲基化差异片段，有3条能够在苹果基因组中检测到，且同源性较高，分别位于第1条和第12条染色体的叠连群上，但是具体功能没有描述。研究结果表明，苹果三倍体杂种后代的DNA甲基化水平与倍性相关性不大，在其形成过程中发生了大量的过或超甲基化变异，为苹果三倍体育种中表观遗传变异的研究提供了依据。

简介：分子标记辅助选择育种已成为水稻分子育种的主要策略。明确目标基因在染色体上的物理图谱定位与功能标记的开发应用是开展分子标记辅助选择育种的前提条件。本研究对已报道的40个抗白叶枯病基因在染色体上的定位、分子标记详情进行了整理总结,并将31个水稻白叶枯病抗病基因在水稻基因组物理图谱上进行定位标注;此外,本研究还归纳xa5、xa13、Xa21、Xa27四个抗病基因的功能标记,新开发了抗性基因Xa10、Xa23的功能标记。本研究将给育种工作者更好地利用水稻抗白叶枯病基因与鉴定抗性材料提供便利。

简介：根据2015年4月7日,中国科学院文献情报中心公布2015-2016年度中国科学引文数据库(ChineseScienceCitationDatabase,CSCD)收录来源期刊目录(网址http://sciencechina.cn/cscd_source.jsp),《基因组学与应用生物学》榜上有名,入选中国科学引文数据库来源期刊核心库。中国科学引文数据库(CSCD)被誉为"中国的SCI",是中国最具权威的收录数据库之一,被CSCD收录标志着入选期刊在该领域的领先水平。

简介：用超级杂交稻协优9308的母本协青早A的保持系协青早B和父本恢复系中恢9308杂交，以单粒传方法建立含281个株系的重组自交系（RIL）群体。选用695对简单重复序列（SS鼬引物进行亲本多态性筛选，共有186对检测到多态性，频率为26．8％。构建成的水稻分子遗传图谱共包含163个标记座位，总图距约1578．9cM，覆盖整个基因组的87．5％，标记间平均图距为9．69cM。群体和标记中母本等位基因频率平均为0．52，群体中标记偏分离情况较严重。该图谱的构建为研究超级杂交稻协优9308各种性状的遗传规律及QTL定位打下了基础。

简介：本课题组利用圭630/台湾粳的DH群体,建立了一个水稻RFLP连锁图.该图谱含175个标记,总长1224.6cM,相邻标记间平均距离为7.0cM.但该图标记分布不够均匀,存在较多空白区,且在第4和第8染色体上分别存在一个断点.本研究试图在原有RFLP图谱的基础上,添加一些SSR标记,以使该图谱标记更加密集和均匀,并消除两个断点.共筛选了361对RM引物,获得了183对多态标记,在12条染色体上共整合了57个RM标记,染色体连锁图总长度为1811.2cM,比原图谱增长了47.9%,相邻标记间平均距离为7.8cM,与原图谱相近.不过,两条染色体上的两个断点仍无法消除,暗示这两个断点区域多态性较低或重组率较高.

简介：为了筛选陆海杂交后与海岛棉具有相近遗传背景的材料,利用海岛棉做轮回亲本,通过回交使杂交后代背景与海岛棉一致,将具有供体陆地棉的目标性状,分别构建陆地棉和海岛棉的指纹图谱,利用指纹图谱进行杂交后代遗传背景选择。选取供体陆地棉与三种受体海岛棉作为实验材料,采用分子标记技术,对实验室已有的1300对SSR引物进行筛选,对扩增条带清晰、重复性好且分辨能力强的核心引物进行统计分析,确定不同棉花材料的指纹图谱。筛选出63对陆地棉和海岛棉之间差异性大、多态性好的引物,分别分布于棉花26条染色体,并分别构建了供体陆地棉和三种海岛棉的指纹图谱。筛选出的这63对引物具有良好的鉴别和区分能力,适用于作为首选的核心引物。本研究为开展海岛棉与陆地棉杂交后利用回交快速获得纯合遗传背景的杂交后代提供了研究思路。