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  • 简介:摘要目的通过加权基因表达网络分析(WGCNA)识别脓毒症发生发展过程中的关键基因。方法从基因表达数据库(GEO)中下载基因表达数据集GSE154918,其中包含对照40例、无症状感染12例、脓毒症39例、脓毒症随访14例,共105例芯片数据。采用R软件筛选出脓毒症差异表达基因(DEG),用分布式访问视图集成数据库(DAVID)、检索交互基因的搜索工具(STRING)和可视化软件Cytoscape进行基因功能和通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析及关键基因分析,筛选出脓毒症发生发展过程中的关键基因。结果通过WGCNA并结合DEG表达分析得到46个候选基因,对这46个基因进行基因本体(GO)、京都市基因基因组百科全书(KEGG)途径富集分析得到基因功能和参与的信号通路。进一步使用STRING数据库构建PPI网络,通过PPI网络可视化软件Cytoscape选出5个关键基因,包括肥大细胞表达膜蛋白1基因(MCEMP1)、S100钙结合蛋白A12基因(S100A12)、脂肪因子抵抗素基因(RETN)、c型凝集素结构域家族4成员基因(CLEC4D)、过氧化酶增殖因子活化受体基因(PPARG),对这5个基因分别进行表达差异分析,结果显示,在脓毒症患者中上述5个基因表达水平较健康对照者显著性上调。结论本研究通过构建WGCNA方法筛选出有关脓毒症的5个关键基因,可能成为潜在的脓毒症诊疗相关候选靶点。

  • 标签: 脓毒症 加权基因共表达网络分析 差异表达基因 关键基因 蛋白质-蛋白质相互作用网络 功能富集分析
  • 简介:摘要目的探讨T细胞表面程序性死亡受体-1(PD-1)表达水平在预测脓毒症患者预后的价值。方法入选2017年9月—2019年5月6所医院重症医学科的脓毒症患者,流式细胞术测患者外周血T细胞表面PD-1表达水平。Logistic回归分析影响脓毒症患者死亡的独立危险因素,受试者操作特征(ROC)曲线分析T细胞表面PD-1表达对脓毒症患者预后的预测价值。结果共纳入脓毒症患者64例,生存者32例,死亡者32例。第1、2、3、5、7天死亡者PD-1+/CD3+T细胞百分比、PD-1+/CD4+T细胞百分比高于生存者(P<0.05)。相关性分析显示,PD-1+/CD3+T细胞百分比、PD-1+/CD8+T细胞百分比与降钙素原呈正相关(r=0.313, P=0.015;r=0.375, P =0.003)。Logistic回归分析显示,第3天PD-1+/CD3+T细胞百分比、PD-1+/CD4+T细胞百分比、PD-1+/CD8+T细胞百分比是影响脓毒症患者死亡的独立危险因素。PD-1+/CD3+T细胞百分比为3.63%,预测脓毒症患者28 d死亡的敏感度 96.43%,特异度 59.38%。PD-1+/CD4+T细胞百分比为4.65%,预测脓毒症患者28 d死亡的敏感度 96.43%,特异度 62.50%。PD-1+/CD8+T细胞百分比为3.91%,预测脓毒症患者28 d死亡的敏感度 64.29%,特异度81.25%。结论脓毒症死亡者T细胞表面PD-1表达水平更高,T细胞表面PD-1表达增加是影响脓毒症患者死亡的独立危险因素,对脓毒症患者28 d死亡有较好的预测价值,联合使用PD-1+/CD3+T细胞百分比、PD-1+/CD4+T细胞百分比、PD-1+/CD8+T细胞百分比进一步提高对预后的预测价值。

  • 标签: 程序性死亡受体-1 脓毒症 共抑制分子 预后